機器がゲームボーイアドバンスからNintendoDSに変わったことにより、登録方法が流星1では周辺機器である「ウェーブスキャナー」でのカード読み込み、流星2以降は「タッチスクリーンになっている下画面にカードを置き、カードに書かれた順番で画面をタッチすることで入力、コマンドを識別する」方式に変わった。Nintendo3DS等の後継機で画面サイズが合わない場合は、セレクトボタンを押しながらゲームを開始することでサイズを当時の対応機種と同じ物にすることができる。

ただし、カードのデータ自体はソフト側に入っている物である為、入力順を知っていればカードを持っていなくても強化可能であり、様々なサイトで入力順の漏洩が横行し、当時流行していた改造コードによるチートと共に問題になっていた。更に、これらが合わさり同様の理由でカードのデータを改造コードで呼び出し、無理矢理使うといった行為まで行われていた。

このような理由に加え当時はマジコン全盛期だったこともあり、Wi-Fiの対戦環境は荒れに荒れまくった(一応エグゼシリーズ同様カードの使用不使用の設定も可能だったが)。

コードの流出については(カードが入手困難になった現在ではやや仕方ない部分があるにせよ、)当時においては立派な営業妨害行為であり、実際に注意書きもなされていた。

各作品における詳細は以下の通り。

ウェーブバトルカード

流星のロックマン1にて登場。周辺機器である「ウェーブスキャナー」を使用することでバトルカードの威力を上げたり様々な追加効果を付加したり、特定のスタンダードカードをメガクラスやギガクラスに変化させるものもある。

ウェーブコマンドカード

流星のロックマン2にて登場。様々な種類が存在している。

現在は(当然絶版だが)「流星のロックマン2 ウェーブコマンドカードパーフェクトファイル」にほぼ全てのコマンドが記載されており、入力用カードも同梱している。

バトルカード

ゲーム中に手に入る黒いカード「ブランクカード」にコマンドを入力することで、描かれたバトルカードに変化させる。これで生成されたバトルカードはフォルダ中では青字表記されるが、フォルダの編集ルールは従来と同様。

別バージョンや前作限定のカード、更には通常プレイでは入手不可能なウェーブコマンド限定カードまで存在する。

ブランクカードはゲーム上入手できる枚数が限られている為、それ以上使いたい場合は適宜カード内容を入力し直す必要がある。

レジェンドカード

コマンド入力すると、レジェンドカード(レジェンドコンボが記録されたカード)を入手可能。

通常のレジェンドカードと同様戦闘で1度使用すると無くなるが、コマンドを再入力すれば何度でも手に入る。

トライブアタックカード

コマンド入力すると、レジェンドマスター・シンから「トライブアタック」というレジェンドカードがもらえる。

おおよそはレジェンドカードと同様だが、カードの中身はキズナフォースビッグバンになっており、この内「アトミックブレイザー」と「フウマシップウジン」はそれぞれのバージョンのゲーム先行購入特典であった。

ロックマンデータカード・ロックマンブライカード

コマンドを入力することで、ロックマンを強化させる。強化内容はセーブデータにも残る。ウォーロック画面で強化データのON/OFFを切り替えることも可能。

強化には段階が設定されており、最大段階ではゲームバランスを崩壊させるレベルになっている。

また、ロックマンブライカードは最大段階の物でのみ、使用することで戦闘開始からロックマンブライに変身できる。

トライブキングカード

コマンドを入力すると、戦闘開始からトライブオンやトライブキングの状態で戦闘を開始できる。

ストーリーでオーパーツを手に入る前から使用可能で、前者は別のバージョンのトライブオンも使用可能。

後者は2におけるバランスブレイカーとして上記の「最大強化」と並んで悪名が高く、コマンドの入力が容易なことから通信対戦でも流行しまくった。

ただ、ロックマンデータカード等と違い、セーブには反映されず起動する度に打ち直さなくてはならない。当然重複も不可能。

Gカード

コマンドを入力すると、対応する電波ウイルスが大型のGウイルスとして強化され出現するようになる。Gウイルスは通常プレイではレアな存在であるが、彼らからは同種のバトルカードを強化できる「スターカード」が手に入る為、それらがしやすくなる。セーブには反映されず、重複不可能。

DXカード

コマンドを入力すると、対応するボスSP(ランダムエンカウントするもの)が更に強化された金色のボスDXとして出現する。セーブには反映されず、重複不可能。

アイテムカード

コマンド入力すると、アイテムやゼニーを入手。入手は、1つのセーブデータにつき1度まで。

なお、この内「ゴールドカード」、「プラチナカード」、「ブラックカード」の3枚はウォーロック画面で使用することはできず、裏TKタワー2の電波で電波商人に話しかけコマンドを入力することで、特定のバトルカードを買えるようにする物である。

ノイズ改造ギア

流星のロックマン3に登場。3種類が存在。

なお、3には他にも「シークレットサテライトサーバー」というシステムもあり、同名の書籍に記されたコマンドを入力することで流星サーバーの一部にアクセス、通常状態でもその一端のカードを扱えるようになる(中には、3本編では入手出来ないカードも含まれている)。

ノイズドカード

入力することでロックマンを強化させるカード。最大で5枚まで入力可能。また、作中のストーリーにも同名のキーアイテムが登場する。詳しくは当該記事参照。

ホワイトカード

ゲーム内でも様々な方法で設定できる選択ルールに縛らない4枚の白いカード「ホワイトカード」を、こちらに描かれた4枚の組み合わせに上書きできる。(弱体化されてはいるが)ゲーム先行購入特典のカードにはノイズフォースビックバンが含まれているものもあった。

特に、「同種のカード(バージョン違い含む)を同時に選択と性能が強化される」能力を持つエドギリブレードシリーズが4枚入った組み合わせが有名であり、ソード系と相性の良いブライノイズ等で使用される(しかもあろうことか、エドギリブレードは1~3の3枚を順に選ぶことで何故かギャラクシーアドバンス「グレイブ・ジョーカーGA」が作成できるというオマケ付き)。

レゾンカード

ブラザーバンドとは別に存在する「チーム機能」に関わるカードで、チームの目標である「レゾン」をカードのものに上書きし、ファイナライズ形態を強化させる。ファイナライズは3ターンしか持たず一部ノイズドカードの強化が乗らない為か、強化内容は非常に強力なものが多い。

また、ゲーム本編クリア後は自分の所属チームを変更することができるようになり、別のレゾンカードを使っている人物とチームを組めば使用されているレゾンカードの数分、ファイナライズの強化が加算される(チャージショットの変更等は後に登録された方を適用)。しかも、上記の理由によりブライノイズでも使用及び効果の重ね掛けが可能。

この中でも特に「アルティメットガードマスター」は強力で、「ファイナライズ変身時にオーラ+ホーリーパネルを展開」というかつてのドリームオーラを擬似的に再現させるものとなっている。