変更点
ストーリー
パーティバトルシステムなど、追加要素の開設のために一部ストーリーが変更されている。
リベレートミッション
- リベレートミッション中にフォルダ編集が可能になった。
- セーブはGBA版ではリーダーナビかサポートナビだけが可能だったが、１プレイヤーフェイズに１度だけ好きな時にできる様になった。
配信チップ
「リーダーズレイド」や「ロードオブカオス」といった一部のチップがナンバートレーダーで手に入れられるようになった。
チップトレーダー
チップをまとめて１０回分まで入れられるようになった。
PET画面
タッチパネルでも操作が可能になった。
BGM
電子音が無くすことで音質が向上している。
グラフィック
プラグイン時など一部のグラフィックが変更、画質が向上。
周辺機器
ゲームボーイアドバンス版で使用できたカードeリーダー＋、プログレスチップゲートといった周辺機器がDSに非対応の為、使用不可。
その他
通信プレイはDS版5DSツインリーダーズ同士のみとなる為、GBA版5ブルース/カーネルと通信は不可。
追加要素
- OPデモとしてアニメ「ロックマンエグゼStream」のOPテーマ、「Be somewhere」のショートバージョンが追加された。
- プラグインやボス戦、P.A発動時やソウルユニゾン/カオスユニゾンの際に熱斗やロックマンのボイスほか、ブルースとカーネルのボイスが追加されている。
- 顔グラの種類が増えた。
- ココロウィンドウ（危機）の追加。危機状態でニンテンドーDSのマイクを使ってロックマンを応援することでHP回復と状態がフルシンクロに変化する。
パーティーバトル
新たに追加された「ナビチェンジマシーン」を使うことでナビ２体を連れてパーティを組んで戦うことができるようになった。
- ナビチェンジ
戦闘中、連れている仲間ナビをタッチすると操作するナビをチェンジすることができる。
１回の戦闘で通常３回までチェンジ可能。(ナビカスパーツで変更可)
- サポート
連れている仲間ナビにサポートするプログラムを組み込んでいると、サポートをしてくれる。
- ダブルアタック
ナビがフルシンクロ時に特定の組み合わせでチェンジすると、２体のナビによる必殺技が発動する。
トランスポーターチップ
リベレートミッション時に別のチームの同じ役割を持つナビを入れ替えることができる。
Ｗスロット
ＧＢＡ側のスロットにＧＢＡのエグゼシリーズかボクらの太陽シリーズを入れることで、
- ＢＧＭの変更
- オマケ要素の追加
- リベレートミッション時の特定ナビのパワーアップ
といった追加要素が発生する。
一覧
エグゼ1：戦闘中BGMがエグゼ1のものになる。電脳世界の特定のエリアに「対戦フォルダ」をくれるナビが現れる。リベレートミッション時にリーダーナビが強化される。
エグゼ2：戦闘闘中BGMがエグゼ2のものになる。現実世界の特定のエリアに一部のサブチップを通常の半額で購入できる人物が現れる。リベレートミッション時に防御ナビが強化される。
エグゼ3：戦闘闘中BGMがエグゼ3のものになる。電脳世界の特定のエリアにナビカスプログラムを販売するネット商人が現れる。リベレートミッション時に偵察ナビが強化される。
エグゼ4：戦闘闘中BGMがエグゼ4のものになる。電脳世界の特定のエリアの掲示板にプログラムアドバンスの情報が追加される。リベレートミッション時に攻撃ナビが強化される。
エグゼ4.5：戦闘闘中BGMがエグゼ4.5のものになる。電脳世界の特定のホームページに金のプログラムが現れて、イベントが追加される。リベレートミッション時にブレインナビが強化される。
エグゼ5：GBA版で編集したチップフォルダをコンバートして予備フォルダとして使用できる他、クリア済のセーブデータであればトランスポーターチップが1枚追加される。リベレートミッション時にサポートナビが強化される。さらにフォルテ撃破マークがついていれば「フォルテクロスロックマン」を使用できるようになる。
ボクらの太陽シリーズ：シャチホコ城のキクの間でみんなのトラウマである100人斬りのミニゲームが1000人斬りになる（何考えてんだスタッフ…）。ミニゲームの成績によってゾクタイトレーダーで使えるクロスオーバーポイントがもらえる他、『新・ボクらの太陽 逆襲のサバタ』をWスロットすれば「ソルクロスロックマン」を使用できるようになる。
