これまでに発行された千円紙幣は全5種類存在する。
甲号券
1941年（昭和16年）に製造を開始。表画は日本武尊と建部神社。
1942年（昭和17年）の大蔵省告示で発行の宣言をしたが発行後数年間は日本銀行に死蔵され、終戦直後の1945年（昭和20年）8月17日に他の新紙幣の発行とともに流通が開始。
しかし第二次世界大戦後のインフレーション解決のための金融緊急措置令などの新円切替がに伴い発行から1年も経たず、1946年（昭和21年）3月2日限りで失効。現在は使用できない。
B号券
1950年発行。表面は聖徳太子、裏面は法隆寺夢殿。1965年停止されたが現在でも使用できる。
C号券
1963年発行。表面は伊藤博文、裏面は日本銀行。 初期の記番号の色は黒色、1976年からは青色。1986年停止されたが現在でも使用できる。
D号券
1984年発行。表面は夏目漱石、裏面はタンチョウ。（この為、俗語で当時発行された一万円札は雉、千円札は鶴と呼ばれることも。）
B千円券とC千円券は同じサイズだったがそれらより14mm短くなり、以後はこのサイズに。記番号は黒色→青色→褐色→暗緑色と変更され、マイクロ文字、紫外線発光インキ等の偽札防止技術を使用。
E号券
2004年から発行、現在流通しているのはこれ。表面は野口英世、裏面は逆さ富士（本栖湖からの富士山の眺め）と桜。
視覚障碍者が判別できるように紙幣の下端の左右に、指触りで金種を識別するために凸凹の印刷で＿（下線）が付けられている。
F号券
2024年から発行予定。北里柴三郎が肖像画に描かれている。
