元々はデストロンのどの組織にも属さない異分子だったが、休戦状態のデストロン本部で反乱を起こし(トリプティコン評議会と言った一部の組織は開戦の時期を窺っていたがメガトロンはそれを生温いと判断した)、サイバトロンからエネルゴンが豊富な場所が記されたゴールデンディスクを盗み仲間を連れて戦艦テラクラッシャー※に乗り逃亡。サイバトロンとの追撃戦の末に惑星エネルゴアに不時着した彼らは、豊富なエネルゴンを利用してデストロンの復権と、全宇宙の支配を企む。

※ちなみにこの名称は日本語版独自の設定。原語版では単にプレダコン・ウォーシップ、またはダークサイド(Dark Syde)と呼称。

性格

悪のボスらしく冷酷・残忍・狡猾であるが、再生プールに風呂のように浸かってリフレッシュしたり、ティラノヘッドの歯磨きをしたり、部下たちに頭を悩ませるといった人間味も見られる。一人称は「俺様」だが、稀に「私」も使う。

初代メガトロン同様に部下から裏切られたり離反されることもあるが、彼自身は自分の部下が裏切ることは百も承知であり、それどころか裏切るようにと自分から仕向けたりもしている。

こうすることで自身の精神を鋭敏にさせるのみならず、デストロンの部下たちにも互いに腹の探り合いをさせて、結託や協力をさせないことにも役立っている。そうしてリーダーである己の地位を脅かすのを防いでいるのだ。

部下のことは道具としかみなしていないが、戦力の必要性から余程のことがない限りは切り捨てたりはせず、指示も的確に出している。

裏切りが日常茶飯事でも最低限の纏まりがある辺り、伊達にメガトロンを名乗っているわけではないことが窺える。

日本版

日本版では演者の千葉繁の印象もあって、悪ではあるがユーモラスでコミカルな面が強くなっており、『ビーストウォーズメタルス』では次回予告を「真面目にやったらみんなから非難される」流れを作った元凶となった。それ以外にもタランスの「真面目にやれ」発言に対し、「真面目にやったらビーストじゃない」と却下。奇しくもサイバトロン側も同様であり、ラットルが真面目に次回予告をやったら、外野からは「笑い取らなきゃ」「がっかり」とブーイングの嵐だった。

オープニングや次回予告のフリートークでは番組の視聴率を考えておいしいラーメン屋特集や温泉特集をやろうと発案したり、『メタルス』のファイナルリミックスでは、みんながオープニング曲を合唱している最中一人だけエビチャーハンを探していた（結局、エビチャーハンは歌の終わりにチータスに食われたらしい）。

メタルス第9話での「花瓶を割ったのは僕じゃない」と言う寝言と第10話におけるトリプティコン評議会のシークランプの「メガトロンはさあ、花瓶割っちゃうからねえ～」と言うセリフから見て子供の頃は悪ガキであった模様。

さらにはモノマネ大会を考案し審査員を勤めたが、ここでの態度は真面目かつ厳正（敵味方は問わず、モノマネの質で評価、かつ中の人ネタは即座にお仕置き。一番気に入ったのはブラックウィドーの薬師丸ひろ子らしい）だった。

以上のように、日本語版『ビーストウォーズ』を声優無法地帯にした元凶。その影響力は強く、この流れは『ビーストウォーズ』シリーズは勿論、以降の海外製TFシリーズにも受け継がれた。

(なお、このスタイルは『マイクロン伝説』等の日本制作の作品では上のスタッフに怒られるから出来ないらしい。また、過剰なアドリブ芸は、映像が完成している輸入作品だからこそ可能で、音声吹込みと映像制作が前後する国内制作では技術的に不可能という事情もある。)

彼がこうなったのは日本語版『ビーストウォーズ』の方向性と彼の声を演じた千葉繁のアドリブが大きい。これは音響監督の岩浪美和（そして千葉繁自身も）が「CGアニメだから造形がリアリティであり、普通に見たら子供には怖く映ってしまう」と懸念していたことに端を発する。さりとていきなり作品の雰囲気をぶち壊したり正義の味方が遊び始めるとスポンサーの心象を悪くするのは岩波の経験から明白であった。

そのため岩波は千葉に対し「悪のボスである千葉さんが隅っこの方からシロアリみたいに食っていって、気づいたら屋台骨が無くなって家が壊れていた、という風にしてください」とオーダーした。これを受けた千葉自身もノリノリで「誠心誠意壊します」と応じ、作品の雰囲気を変えていったという。最初は怪訝そうな顔をしていたスポンサーであったが、やがて後ろからスポンサーの笑い声が聞こえるようになり、自然と認められていったという。

なお日本語版では終始ふざけている様に見えるが話の要所では真面目なトーンで喋る。特に自身の思想を語る時や、コンボイに優勢で勝ち誇る場面では千葉の真面目なトーンが聞ける。千葉自身も真面目な部分と遊んでいい部分のメリハリは意識していると語っており、特に序盤のシリアスシーンや、部下を脅して叱りつけるシーンなどは親玉としてのピリピリした威厳がある、また、無印最終回でコンボイ相手に勝ち誇るシーンも必聴である。

尤も真面目な場面が特大ネタをぶちまける為の伏線だったりする（特にリターンズ）が、その時の真面目な千葉トロンは原語版に劣らぬ悪役ぶりなので是非とも注目してもらいたい。というよりこのキャラ付けのおかげで笑いながら平気で殺戮を行う冷血漢というキャラをかえって際立てたとも言える。少なくとも当時本編を見ていた多くの子供達はビーストメガトロンがただの愉快な親父でなかったという印象を強く持っているはずである。

国内版DVD収録のオリジナルテーマソング『メガトロン音頭』では、『ビーストウォーズ』の方針に関して「お笑いばっかじゃないんだから、そこんとこよろしく！」と、視聴者（お笑い路線を快く思わない層）からすれば「ギャグ中心にしておいて何言ってやがる」と言いたくなる迷言を炸裂させている。また、自分の本性を棚に上げて不甲斐ない部下を愚痴ったり、『リターンズ』で度々電話している人物（恐らく夜の商売の女性）に告白して失敗、ヤケになったりしている。

そして『リターンズ』のリミックスでオラクルがビーストの面々に「はずばなー（フリートーク対決・恥ずかしい話）」を振った際のメガトロンの第一声がこれ。

「えーと、メガトロンの千葉です」

遂に役すら放棄した。

真面目な口調で電車のドアに首を挟まれた話とケツが洋式便器にハマった話を披露。

ついでに披露したモノマネは

「小学校3年に聞いた裏山のタケノコの叫び」
「中学の修学旅行で聞いた奈良の大仏のため息」
「7月24日にだけする渋谷駅前のハチ公のオナラ」

わけがわからないよ。

因みに彼の私室には、ゴールデンディスクの他、初代メガトロンの融合カノン砲やジェットロンの頭部が飾られている。

口癖はドラゴンメガトロンでは「アチョー！」、リターンズでは「秋葉原」。

時折、「カーッぺッ！」とタンを吐き捨てたりもする。

メタルスメガトロン

メタルスでは前作のラストでエイリアンが用いた惑星破壊兵器が破壊されその因子がエネルギーになったクォンタムサージを浴びてメタル化し、パワーアップ。腰部(ロボットモードでは背部装甲)のファンを展開し飛行可能、爪先を畳んで車輪を展開したビークルモードへの変形能力も獲得。尻尾はゴールデンディスクに対応可能な再生機にもなる。

ドラゴンメガトロン

『メタルス』後半の第22話ではパワードコンボイに対抗すべく、アーク内部で眠っていた初代メガトロンのスパークを取り込み、その直後タランスとクイックストライクの手で溶岩に落とされた事でドラゴンメガトロンになる。パワーアップしてからは「アチョー！」と連呼する様になった。

ドラゴンの口から炎や冷気を吐き出し、噛みつくと同時に相手に電流を流し込む。

地上を滑走するグランスピーダーモードへも変形可能。

しかし、本人は有機体の体を嫌っており(有機生命体を蔑視する初代メガトロンのスパークの影響らしい)、『リターンズ』では自身の体を有機体と分離する研究をしていた。普段は有機体を封じ込めるカプセルに入っているが、分離処置の影響でビーストモード時は部分的に機械化しており、汚い色に変色（玩具のサイズは小さくなった）。こちらでは「秋葉原～！！」と連呼。

メガヘッド

『ババ、バ～ン、ババババ～ン！』

『でっかいわー、でっかいわー、石……川さん……』

『よい子のみんな、ずんだ餅のずんだって……なんだろうね～？』

第12話の決戦で有機体の分離に成功、機械を消し去るプラズマエネルギーを浴びて有機体が失われたボディは塵となったが、代わりに用意していた巨大要塞にスパークを移した姿。当初はスパークが有機体の変異した存在ノーブルに移ってしまったので、防御システムが働いている以外は浮かんでいるだけ。

またコンボイがスパークに呼び掛けようとした際は『沖縄県！那覇、ナハ、ナハハハハハハハハ………ゴーヤチャンプル………』と支離滅裂で呼びかけた本人は疎か視聴者すら困惑させた。

通常形態は巨大な顔で戦艦型への変形も可能で『秋葉原式大トランスフォーム』と掛け声を出す。体内では立体映像で、ジェネラルビーコン達に指示する。普段はバリアーで守られており、下部のハッチを展開してトラクタービームを放ち、対象を内部で無重力状態にして捕獲する他、多数のチューブを首の部分から出してウイルスを送りこむ。

戦艦形では下部に装備された一対のビーム砲が武器。ナイトスクリームの活躍で一時はサイバトロンに奪われたが、武装はメガトロンのスパークでしか使えないようになっており、サイバトロン側はバリアーしか使えなかった。玩具ではロボットモードも存在している。

ロボットボディ

メガトロンのスパークが他のトランスフォーマーの体に乗り移った時の姿。基本的にスパークは青く発光するが、この時のスパークは常に赤い。次々と憑依を繰り返してサイバトロンを混乱させた。乗り移っている際には『シュワちゃん! シュワちゃん!』と連呼しながら動いていた（これは「ターミネーター」終盤に登場するT-800に似ている為）。

フライングコンピューター

ラットルの機転でスパークが小型ドローンのボディに閉じ込められた姿。

このボディの時は、一時的に上擦ったような声を出していた。

パワードボディ

最終決戦で登場。コンボイへの皮肉を込めてパワードコンボイを模したボディで、顔がメガトロンである以外はほぼ同じ（但し、ビーストモードは存在しない）。

姿こそパワードコンボイだが、明らかにパワードコンボイよりもスペックは高い（鈍重だったパワードコンボイと比べて動きが軽やかになっている。タンク・ジェットモードも本人よりも使いこなしていた。特にジェットモードは水中潜行、魚雷発射もしている他、腕にライトが付いてるのが確認されてる）。また再生能力も高いらしく、パーツが千切れてもくっつければ元通りになる。

正式名称が存在しない為、日本語吹替版の視聴者の間でパワードメガトロンと呼ばれている。

日本版ではメガトロン曰く「パワードコンボイの使いまわし」で、少し痛んでる上に抜け毛が残っており、汗臭いそうだ。「これだから有機生命体はイヤなんだよねぇ~」

無印ビースト編

宇宙征服のために同志たちを集めた後、サイバトロンが保管していたゴールデンディスク（後にエイリアン・ヴォッグのゴールデンディスクと区別するためにボイジャーディスクと呼ばれることも）を強奪。エネルゴンを求めて、テラクラッシャー号で400万年前の地球に向かう。

追跡するコンボイ部隊のアクサロンとの戦闘の末、両軍ともに地球ではなく、惑星エネルゴアに不時着するが現地はエネルゴンの宝庫だったことから良しとし、ティラノサウルスのビースト戦士になった後、サイバトロンとのビーストウォーズを繰り広げる。

最終章においてはエイリアンディスクを入手したことから、サイバトロンと停戦を結びつつ、プラネットバスターへの対抗策を用意。

彼の対抗策とは「1人用の救命ポッドでエネルゴアを脱出しようとしているタランスに気づかれぬように電磁ロックシステムを施したポッドをプラネットバスターの発射口にぶつけ、内部から爆発させる」というもの。

最終的にはコンボイも同じ体当たり作戦を思いつき、そのことを皮肉に思いながらもメガトロンはプラネットバスターとコンボイの両方を消し去ることに成功した。

メタルス編

プラネットバスター爆発で生じたクォンタムサージを浴びたことでトランスメタルスに進化。

コンボイを欠いたサイバトロンを一気に倒そうとしたがコンボイもメタルス化して復活したためにビーストウォーズは続いていくこととなった。

このシリーズでメガトロンの真の目的はゴールデンディスクに隠されていた初代メガトロンの遺言である「タイムワープで過去の地球に向かい、歴史を変える」にあったことが判明。

エネルゴアが実は太古の地球であることにも最初から気づいていた。

第1の歴史改変である人類誕生阻止はダイノボットの捨て身の行動で阻止され、ゴールデンディスクも破壊されてしまう。

第2の歴史改変である休眠中の初代コンボイ暗殺も一度は成功させながらもブラックウィドーの裏切り・離反とパワードコンボイ誕生で失敗に終わる。

後にドラゴンメガトロンに進化し、戦艦ネメシスの復活にも成功するが自身が創り出したメタルスダイノボットの裏切りで敗北・逮捕され、サイバトロンシャトルに括りつけられた状態でセイバートロン星に連行されることになった。

『バ～イバ～イキ～ン！』

リターンズ編

時間移動中にサイバトロンシャトルから脱出に成功すると一足先にセイバートロン星に到着。ウイルス爆弾でセイバートロン星を掌握した後、感情を持たないドローン兵を量産し、ヴィーコン軍団を結成した。

自分1人の遠隔操作に限界を感じるとかつて敵味方に分かれたビースト戦士（ライノックス、シルバーボルト、ワスピーター）のスパークを洗脳し、新たな肉体に移し替え、ジェネラルドローンとしてヴィーコン軍団を指揮させる。

さらにジェネラルの身体には一定時間内の記憶をリセットしたり、自分に反旗を翻した時のために制御装置を内蔵しておいたり等の徹底ぶりを見せた。

一方でこの行動は個々のスパーク、つまり一人一人の意思が自由に活動できる世界では争いの種が残り、セイバートロン星を完全統一できないと考えたことからきており、「自由意志と引き換えに1つの意思の元純粋な機械システムが管理して、争いのない星を築く」というやり方は初代メガトロンの理想であった「圧制を通じての平和」に繋がる面もある。

歴代メガトロンの中で最もサイバトロンを追い込み勢力圏を広げたと言える。

最終的にはコンボイとの一騎打ちの末に共に惑星の核に落ちていき、セイバートロン星を有機物と無機物のバランスのとれた惑星にリフォーマットすることになった。

『お疲れさぁぁぁぁん！打ち上げは8時からだよ・・・・』

敵味方に分かれた恐竜たち

部下の中でもダイノボットには複雑な思いがあった様で離反後も何度か戻るよう誘っており、ゴールデンディスクを用いた計画に移った際、決別に関連した事を幾つも語ったり、彼の最後の攻撃での損傷を敢えて直さずにいた。

特に彼の最期の戦いで対峙した際には、人質とした猿人の姿を見て戦うことを躊躇ったダイノボットに「貴様は元々サイバトロンなのだ。貴様のような情け深いお人好しはデストロンではないわ！」と告げており、この言葉は裏を返せばメガトロンが誰よりも彼を「サイバトロン戦士」として認めていたともいえる。

原語版では「弱くなったなダイノボット…情なんぞ知るからだ…」と述べているがこちらも裏を返せばダイノボットの強さを認めていたことになる。

クローンのメタルスダイノボットを自分に忠実な存在として作ったのもダイノボットへの複雑な思いがあり、最終的に裏切られた際には信じられない様子を見せた。

これらのことから、メガトロン音頭では死亡した部下(切り捨てた者も含む)を思い返している中、彼の名は出さなかった。

漫画版

コミックボンボンで連載された今木商事による漫画版『メタルス』では、冷酷な悪役として描かれている。

一人称は「ワシ」で、初代メガトロンを「大始祖様」と呼ぶ。

ジャガーの銃撃で瀕死に追い込まれるが、初代メガトロンのスパークと同化しドラゴンメガトロンへと変化、アニメ版と違いパワードコンボイと死闘を繰り広げ、最期はスパークを握り潰されて死亡。

レジェンズ

『レジェンズ』では、「テラクラッ社」の社長として登場。ビーストコンボイが経営する「アクサロン商事」に対抗意識を燃やす。

レジェンズ世界の住人という設定で、ロボットモードとビーストモードの変形もこなすが、外見はかなりディフォルメされている。

ブラックウィドーが働くキャバクラに通っており、彼女に接近する為にワスピーターを先生とし、TF知識を勉強している。

性格はあくどいが原典とは異なり冷酷ではない。

G1メガトロン（ガルバトロン）がスタースクリームを射殺した話を聞いた際は恐れをなしている様子だった。

秘密結社コンカレンスのスネークとDr.アーカビルの手により、有機部分を排除したヘッドマスターに改造・洗脳されて、G2メガトロンとして生まれ変わった。G1メガトロンに会社を乗っ取られたことを恨み、現在は市長を務めている彼への復讐を果たそうとする。しかし、分離した生身の部分から生まれた存在であるノーブルと合体させられた事で正気を取り戻し社長に返り咲く。

上記のG2メガトロン用のトランステクターはそのままデストロン軍団に譲渡されたのか、レジェンズ世界の危機に際し、G1メガトロンがヘッドオンして使用している。

レジェンズ世界崩壊後は自分の部下とアクサロン商事の面々と共に（G2時代の）G1世界のビースト星へと流れ着く。そしてそこに襲来したガルバトロンⅡと人工要塞ネメシスからビースト星を守るべくコンボイと結託。レオプライムのエンシェントパワーを受けてビーストメガトロンへと変身し、人工要塞ネメシスの破壊に成功する。ただし、タイムパラドックスを防ぐ為に完全破壊はしていない。

解説

ヘッドマスタービーストメガトロンの誕生経緯とノーブルの設定は『リターンズ』の設定に準じているが、原典のノーブルの人格はメガトロンの演技だったのに対して、今回のノーブルは人格が完全に独立しており、メガトロンと合体した後も保たれている。尚、彼とは別にナイトスクリームのペットとしてサヴェッジも存在している。
彼をヘッドマスターに変えた人物であるスネークは『2010』の第22話にて登場したキャラクター。『G.I.ジョー』からのゲスト出演で、もともとコブラコマンダーという名前であった。また、Dr.アーカビルは初代アニメに登場。