インターネットによる妖怪の通信交換機能を実装
- 通信対戦もインターネット対応となり、公式対戦(対戦時のみ妖怪のレベルが60に調整されるフラットルール)が追加された。
- Sランク妖怪とAランク妖怪はそれぞれ最大2体までしか投入出来ない。また、大型更新「鬼進化」追加の連動限定妖怪である赤鬼・青鬼・黒鬼は何れか1体までしか投入出来ない。
妖怪ウォッチ零式入手後は必殺技の強化版「ガッツ技」が使用可能
- 男女問わず腕時計型の零式で固定される為、フミちゃんを主人公として使っている場合、以降は懐中時計型ではなくなる(他ゲームで見られる着せ替え要素等による任意換装も不可)為、トレードマーク没収と見られがち。
まじめ度改悪
- 妖怪のランクが高いほどサボりやすくなった。
- 例外的にBランクのケマモンは宣伝の都合上、低ランク妖怪と同等のまじめ度となっている。
- 通信対戦のゲームバランスにも深く関わっている。詳細はランク(妖怪ウォッチ)を参照。
魂へんげの導入
- 要らない妖怪とお別れするのではなく、魂へんげの素材として使える。
- 初代に存在した一部の装備が魂へんげで入手出来る「レア魂」に移行されているが、苦行レベルの入手難易度に跳ね上がっている。
友達妖怪の基本ステータスが総じて弱体化
- 特にムゲン地獄ではボス妖怪の強さが初代のまま据え置きとされ、前述のまじめ度改悪の件も併せ、(初代と比較すると)実質的にプレイヤー側が一方的な弱体化補正を喰らうハードモード状態となり、影響が浮き彫りとなっている。
- 弱体化の度合いは初代から続投している妖怪同士で比べると分かる。
- 次作『3』で更に弱体化された妖怪も多数存在する。

現在…

リメイクを望む声が多いが、まだ初代のリメイクが出ていない(他機種移植はあるがSwitchは操作面でメンバーサークルバトルとの相性の悪さが露見)ので来る可能性は0に等しい。

特に最近は『初代』及び『3』以降(シャドウサイドや妖怪学園Y含む)をプレイしたユーザーからの評価は、前述の通りシステム・世界観・キャラクターを悉く改悪、『2』信者(所謂「〇〇キッズ」)が各地で荒らし行為(主に『3』以降の作品をクソゲー呼ばわり、更に酷い場合だと初代すら否定、また指摘された問題点を揉み消す目的で削除荒らし)を行っている等、民度の問題もあり、下がり続ける一方である。

※但し、2信者全てが民度の低い連中ばかりではない事に留意されたし。

また、公式対戦において改造が横行しており、酷い場合は不死身で倒せない、裏ボスを繰り出す等やりたい放題で、深刻なマナー悪化が問題視されている。

更に、換金目的で特定の場所でアイテムを無限入手し続けるバグが発売初期から存在するが、近年その方法で入手した個数が累計99個を超えるとセーブデータが壊れる凶悪なバグがある事が発覚した。

他にも離れた人と協力して遊べるモードがない、入手が絶望的な妖怪など今になって出てくる懸念点がある。マルチプレイを楽しみたい人は『バスターズ赤白月』や『3』『4』など、以降の作品で楽しんでいただきたい。