TV・漫画版
ネルフ北米第一支部にて建造された正規実用型のエヴァンゲリオン。
搭乗者は鈴原トウジ。
コアは不明だが、ゲーム内ではトウジの母とされている。
概要
第二支部及び４号機の消滅をうけたアメリカ政府によって日本に譲渡されることとなり、気象観測機エクタ64と輸送機ネオパン400によって空輸され、松代の地下実験場に移送される。
この輸送途中、到着時刻遵守のため航路上の積乱雲を回避しなかったが、この積乱雲において第13使徒バルディエルに接触、寄生されたものと思われる。
そして起動実験の最中、３号機の起動と共に内部の使徒が覚醒し、機体の制御を乗っ取り暴走。実験場を破壊して、ネルフ本部に向けて侵攻を開始する。この時未確認移動物体として、ネルフ本部に捕捉されていたが、ＡＴＦのパターンからは使徒かどうかを判別できなかった。
野辺山にて姿を捕捉された際には、緊急活動停止信号及びプラグ排出コードを認識しなくなっていることがわかり、３号機としては破棄され、使徒として識別されるようになる。
その後、"使徒"殲滅のため派遣されたエヴァ３機と交戦し、そのうち２体を戦闘不能にし、初号機の首を絞めて窮地に追い込むが、ダミープラグに切り替えたEVA初号機に機体を徹底的に破壊され、鈴原トウジが閉じ込められたエントリープラグも握り潰される。これによって使徒は完全に活動を停止し、３号機は沈黙した。
アニメ版では左足を失ったものの生存、漫画版では死亡となっている。
新劇場版
ヱヴァンゲリヲン新劇場版におけるEVA3号機。
こちらも同じく北米第３支部で建造された正規実用型のエヴァンゲリオン。キール曰く最新鋭機とのこと。細部カラーリングが異なっている。
搭乗者はTV版と異なっており、式波・アスカ・ラングレーが搭乗する。
概要
TV版同様、使徒に寄生され、機体は破棄、使徒として識別される。
しかし、この時の迎撃の経緯などがTV・漫画版とは異なっており、
・バチカン条約によってエヴァの運用可能な機体の保有数が限られているため、凍結状態にあった２号機は出撃できなかった。（※緊急の事態だったため、ユーロ支部への凍結解除の要請が間に合わなかったと思われる。）
・零号機改の修復が完了しておらず、零号機改も出撃できなかった。
などの理由から、エヴァ初号機の単機での出撃を戦車隊を主力とする阻止部隊が支援する形をとる事となった。
ちなみに新劇場版では、エントリープラグに浸食した使徒のATFのパターンから青が検出されたため、正式に３号機は破棄され使徒として識別された。
初号機と３号機との戦闘などにおいても若干の変更があり、
・一度首を絞められた初号機が３号機の腕をひきはがし、抵抗している。
・３号機、上記の状態を打開すべく、４本腕の形態へ変化。
などがあげられる。
結局、こいつもダミープラグに切り替えた初号機によって処理されることになるのだが、破壊される描写が追加された（胸部装甲を剥がして内臓をかみちぎる、右腕のみならず左腕もちぎっているなど）り、３号機の残骸回収の描写が追加されたりなどで機体パーツの細かいデザインを見てとれるようになっているのではないだろうか。（需要のあるなしは別として）
最後の変更点として、エントリープラグを握りつぶしていたTV版とは違って、新劇場版ではかみ砕くようになっており、かみ砕かれる際には使徒の断末魔の悲鳴ともうけとれる、女性の悲鳴が聞こえる。(ちなみにこの場面を円盤で字幕を入れて視聴した場合「アスカの悲鳴」と表示される)
なお、式波・アスカ・ラングレーは生存しており、Ｑにおける描写にはアスカがこの使徒の力を宿しているのではないかと思われるものがある。
ゲーム作品での登場
・NINTENDO64版新世紀エヴァンゲリオン
隠しモード等で使える程度で本編で使う機会はない。
・スーパーロボット大戦F完結編
条件を揃えると行ける最終話で登場。カヲルが搭乗したその最終話の実質的なラスボス。
・スーパーロボット大戦α
・スーパーロボット大戦MX
条件を満たすと自軍に参加(α)、無条件で参加(MX)で、スペックが他のEVAより高い。
・新世紀エヴァンゲリオン2
条件を満たすとバルディエル化を回避してEVA3号機として配備される。
新世紀エヴァンゲリオンバトルオーケストラ(およびPORTABLE)
初号機、零号機、弐号機のストーリーモードを統一した難易度でクリアすると
ストーリーモードの選択機体に追加される。
