ストーリー
遠い昔、ルミナスという種族が放浪の果てに惑星エーテルを発見し定住した。しばらくは繁栄の時代が続いたが惑星のエネルギーが枯渇している事が判明する。この危機を乗り越えるために、惑星内部のエネルギーを吸い上げ地表全体に供給するエネルギー制御装置を3つ製造し、ルミナス大聖堂とリンクさせた。これにより危機を乗り越え再び平和と繁栄の時代を築いた。
しかし平和は突然終焉を迎える事になる。エーテルに巨大隕石が衝突し、隕石の爆発と衝撃により次元が歪み別の次元にもう一つのエーテル「ダークエーテル」を作り出してしまう。ダークエーテルからは凶暴な闇の種族「イング」が攻め入ってきた。
イングはライトエーテルの生物をスナッチ（憑依）し、これによりライトエーテルで戦う事が出来る。しかしルミナスは瘴気が渦巻くダークエーテルでは長くは活動できない。ルミナスたちは次第に追い詰められていくが、ルミナスはダークエーテルのエネルギーをライトエーテルに集めればダークエーテルは消滅する事に気づく。
この計画を実行に移すが失敗に終わり、さらにエネルギー転送モジュールがイングに奪われてしまった。この奪われた転送モジュールによりライトエーテルのエネルギーが奪い取られ、ルミナスとライトエーテルは消滅の危機に瀕している状態になってしまった。
その頃、スペースパイレーツを追っていた銀河連邦ブラボー中隊が惑星エーテルにて消息を絶つという事件が発生する。その8日後、銀河連邦は消息を絶ったブラボー中隊捜索のため、サムス・アランを惑星エーテルに派遣する。
新たな敵
本作ではダークエーテル誕生によって誕生したイングに加え、サムスに酷似した敵ダークサムスが登場する。
