概要
ロックマンエグゼ3のラスボス。
光正を中心として作られた初期型インターネット。当然現在のインターネットのモデルにされた。
『自我』（「本能」と書く方が正確か）が芽生えてしまい、プロトが操作を受け付けなくなりウイルスやネットナビごとコンピュータのデータを根こそぎ盗み出しどんどん成長し始める事件が起こった。コンピュータウィルスのようだが、メインプログラムが停止するとコピーされ広がったプログラムも停止、メインプログラムが完全削除されるとコピーされ広がった分も自動的に消滅する点が違う。休んだ隙を付いた科学省の面々に捕えられた。この事件は『プロトの反乱』と呼ばれた。
光正は当時の科学省の一室のイメージファイルをプロトの中に製作、パルストランスミッションシステムを使い自身の精神データをイメージファイル内に移す。イメージファイル内から遠隔操作出来るプログラム「ガーディアン」をプロトに乗せ、ガーディアンを使いプロトの再起動を停止させていた。「テトラコード」も使用され、プロトは科学省エリアに封印された。
この封印が解かれた時の為『ギガフリーズ』というプログラムが製作されたが、インターネットの通路部分に当たるとインターネット全域を凍結させる程の性能であったので通常のネット回線から隔離された空間が設けられ、厳重に保管されていた。この隔離された空間が「ウラインターネット」になる。
ドリルマンによってWWWへと持ち出され、ロックマンの前に立ちはだかる。
初期型インターネットという設定から、ネットバトルの際は地面からゆっくりと姿を形成し現れ、プロトと戦う電脳世界の名前も『プロト』である。
戦闘時は両腕『プロトアーム』を前方＆ロックマンの頭上へ発射したり、両肩からバルカンを発射する戦法を多用する。
また体力が減ってくると、画面端で大爆発する『オメガロケット』を繰り出してくる。
弱点は胴体中心のコアだが、このコアは時間と共に再生する膜に覆われており、これを剥がさなければダメージを与えられない。
更にプロトの立っている場所は巨大な空洞になっている為、パネル変化系の技も一切無効である。
シリーズ恒例のエンブレムコンプリート時は、強化版『プロトSP』が登場。ロックマンの立つエリアを侵食し、パネルを毒沼などに変えてくる戦術が追加される。
このSPを倒すとプロトを召喚できるチップ『プロトアームΣ』『プロトアームΩ』を入手可能。
余談
本体は登場しないが、後作『ロックマンエグゼ5』でもプロトのチップ『オメガロケット』を手に入れる事が出来る。
光正はパルストランスミッションシステムを使い、プロトの中に入り「エグゼ３」までの間「肉体は消えても、魂は残る」という言葉を実現した。
アニメではプロトそのものは登場しないが、第4期『ロックマンエグゼBEAST』においてサイバーワールド誕生時に生み出され、老朽化して廃棄されたエリアとして「プロトエリア01」の名称が登場する。この事からアニメ世界でも初期に使われていたインターネットはプロトであると推測される。
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ドリームウイルス：こちらもゼータキャノンが有効である
