1999年12月4日のダイヤ改正で中央線名古屋-中津川間に設定された。従来から毎時2本が運行されていた名古屋-中津川間の快速のうち1本をこれに置き換える形での誕生だった。
従来の快速より停車駅を減らしたことで中津川・多治見から名古屋への所要時間が短縮され、1枚310円の乗車整理券さえすれば着席が保証されるためJRセントラルタワーズ人気と相まって休日には増結用の車両が不足。373系や383系といった特急型車両が駆り出される事態となった。翌2000年に専用車両である313系8000番台が増備され特急型車両による応援運用は消滅した。（373系のヘッドマークや側面方向幕にはセントラルライナーの表示が残っているので幕回しを見る機会があれば探してみるといいだろう。）
使用車両
専用車両として313系電車のアップグレード版8000番台が投入された。同時期に投入された一般的な313系からの変更点は
- シートピッチを910mmに拡大（他の313系転換クロス車は875mm）
- 扉横のクロスシートが転換可能（他の313系は固定クロス）
- 車端部の座席はボックスシートで大きめのテーブルを設置
- ブラインドではなくプリーツカーテンを搭載
- 塗装を有料列車であることをアピールするため変更
- ドア横に遮風板を設置（373系のデッキ・客室仕切りに近い構造）
- 中間ドアに締切表示器を設置
- 車内LED表示器をドア上から通路上に移設
313系は片側3ドアだがセントラルライナー運用時の8000番台は中間ドアを締めきっていた。
設計最高速度130km/hの313系を実際に営業運転速度として130km/hで走らせた列車である。但し運転開始直後は110km/hで、10km/hずつ増速したものの全て遅延時の回復時分として当てられており、速度向上後も所要時間には変化がなかった。空いた時間帯の実際の運転速度は120km/hで十分な余裕を持っていた。
先述したが運転開始直後増結用の車両が不足し373系や383系が使われたことがある。383系にはグリーン車があるが締切扱いで普通車5両のみで客扱いをした。
停車駅
名古屋-金山-千種-大曽根-高蔵寺-多治見から中津川は各駅停車
（参考）従来の快速の停車駅
名古屋から大曽根は各駅停車-勝川-春日井-高蔵寺-多治見から再び各駅停車
特例
セントラルライナーは乗車整理券を持っていない場合は原則として乗車できないが､多治見から中津川の間の各駅を相互に発着する場合は乗車整理券不要で乗車できる特例があった。先述の通り中津川快速の片方を置き換えたことによる代替措置である。しかし当該区間内で多治見以西への乗車整理券を所持している乗客が後から来た場合、乗車整理券を持っている乗客に席を譲らなければならなかった。
廃止へ
運転開始直後は人気を博したが、通過駅での停車列車の間隔が不等間隔となり通過駅の利用者からはあまり評判は良くなかった。また所詮は転換クロスシート(※)なので310円の整理券を「ぼったくり」と捉える人も居り、「銭取られるライナー」や「ぼったくりライナー」というありがたくないあだ名で呼ぶ人もいた。
多治見以西では例外なく有料のため、たとえ初乗り程度の区間であっても310円が追加となり、知らずに乗った人にとっては高い電車賃になるためである（190円→500円と大体2.5倍になる）。
一見客的にはJR東日本管内の首都圏にある普通列車グリーン車よりは評判が良いという見方もあるものの、全車両が別料金車両で、安くするために普通車に行くという選択肢が一切取れない上（毎時2本あった中津川快速の片方を置き換えた上、ロングシートなどの自由席車が併結されていない）、同じような名鉄の全車特別列車の内容からすればまだ見劣りするため（首都圏普通列車グリーン車のレベルで料金360円）、日々利用する地元の評判が良くなろうはずがなかった。
強いて言えば、名駅のデパート等からの買い物客が荷物を抱えて帰宅する場合、席が取りやすいあるいは空いているという点や､連結両数が少ない特急「しなの」自由席車利用客の遠近分離が図れる点などは一応のメリットではあったが、午前～昼頃の下りの便などの設定は､上記の買い物帰りというには時間的に早すぎた。
2013年3月のダイヤ改正で廃止された。廃止に際しては、1999年以前のダイヤに戻すというものではなく、日中毎時1本のセントラルライナーを廃止して、代わりに従来多治見止まりであった快速のうち毎時1本を中津川まで延長運転するという形を取ったため、トータルでは1999年以前のダイヤよりも本数が減る形となった。
車両はそのままの仕様で神領車両区に在籍しており、普通列車、快速列車だけでなくホームライナーにも使用されている。
(※)中京地区の鉄道の特徴として､自家用車に対抗する目的で転換クロス車両の割合が多く、そのために乗客側からは目新しくは見えない。また、背ずり上部の構造差から多少は快適性が増してはいるものの、910mmというシートピッチも、213系・311系など名古屋地区において料金不要で運行されていた転換クロスシート車のそれと全く同じである。
