初期メンバー
黒字は車両。
のぞみずほ
初登場は「バトレールproject special～1周年！映画祭！バトレールを救え！～」。
初勝利は「バトレールproject pii wataさん、km2693133さん、simakaze 50000keiさんと交流戦 part2」の2戦目。モデルはN700系みずほで、左半分はのぞみ号カラーになっている。
色合いが明るいのは悪の車両のメンバー中で数少ない特徴。基本的にどんな競技であっても最序盤に出場するため勝率は低い。その反面、「組織のメンバー」として登場していない回ではそこそこ強く、特にN700系統との勝負にめっぽう強い。そのうちの一つである「バトレールproject N700系型限定バトル」では脱落しながらイワビーの指人形を台座から投げ落としたりもした（それでも2勝を記録）。
黒ビスタカー
初登場は「バトレールproject special～1周年！映画祭！バトレールを救え！～」。
初勝利は「バトレールproject pii wataさん、km2693133さん、simakaze 50000keiさんと交流戦 part2」の4戦目。モデルは近鉄ビスタカー。
卑怯な性格で、デビュー早々に自分たちが定めたルールを勝手に破ったり、負けそうになったら人質を取るなど、勝つためには手段を選ばない。また身代わりを使ったり、ポイントを固定したり、脱落した後もフックを引っ掛けて相手車両を足止めし時間稼ぎするなど、バトルそのものにおける駆け引きも上手な策略家。さらに、組織のメンバーで唯一ジャングルランを完全走破した経験を持っている。
パープルキハ40
初登場は「バトレールproject special～1周年！映画祭！バトレールを救え！～」。
初勝利は「バトレールproject pii wataさん、km2693133さん、simakaze 50000keiさんと交流戦 part1」の4戦目。モデルはキハ40系鬼太郎列車。
敵キャラとしてデビューする前は会長職を持っていたが、デビュー後は悪の車両を取り仕切るリーダー的役割になっておりほとんどの競技でラスボスとして登場する（ただし、後述する山手線が主役のエピソードで一度だけ中ボスに格下げになったことがある）。2020年8月現在、推薦者バトルで山手線が敗れたことにより、勝率は組織中でトップである。またこの推薦者バトルでは決勝に進出し総合2位を記録した。
古明地紫緒里(現在は改心)
コレミス(現在は改心)
追加メンバー
黒字は車両。
E231系500番台山手線
初出場は「バトレールproject 特別編 〜悪の組織との2日間〜 part2」。
初勝利は「バトレールproject 悪の車両の機密バトル」の2戦目。改造はなし。
E235系山手線を恨んでいるらしく、デビューしてから執拗に付け狙っている。「バトレールproject E231系山手線の襲撃」シリーズはE231系山手線が主役のエピソードであり、シリーズ後半ではラスボスとして登場。主人公級ポジションの車両を5両抜きして引き分けに持ち込んだ。このようにバトルの実力は高い方だが、仲間が負けそうになっているバトルへ勝手に乱入するなど卑怯な面が目立つ。
黒200系
初出場は「バトレールproject 特別編 〜悪の組織との2日間〜 最終回」。
初勝利は「バトレールproject E231系山手線の襲撃 part2」。モデルは銀200系。
デビュー時点で1年半ほど前から組織に加担しており、初期は黒100系と名乗って味方のように振舞っていた。ところがそれを見破られたことによって本性を表し、組織に本格的に加入。また、サバイバル系競技で一般車両に勝利した最初の車両である（バトレールproject 迫り来る組織の影 part4でパープルキハ40も達成）。そしてそれも一人で相手車両の全10両を撃破という驚異的なものだった（実際はのぞみずほが最初に入っていたが、一両も撃破できず脱落したため）。
E3系つばさ2000番代新塗装
初出場は「バトレールproject 怪しき車両 part3」。
初勝利は「バトレールフレンズ 第18回」の7戦目。改造はなし。
E231系山手線に協力してE235系を狙っている。卑怯なメンバーが多い組織の中では数少ない誠実な性格であり、バトルのルールを理不尽に逸脱するようなことはせず、「バトレールproject 2nd Edition 32話 バトレールproject大会2 最終競技」でも競技が終わった後には約束通り主人公達が求めていたインプラーの情報を教えた。また、ジャパリパークのことをメンバー中で一番知っているようであり、ブラックジャガーの愛車として組織のメンバー中で唯一スピンオフ作品のバトレールフレンズにも登場している。同19回では、平面交差でフルル、ジェーン、プリンスを撃破する活躍を見せた。
黒阪急
初出場は「バトレールproject special 秘封倶楽部絶体絶命」。
初勝利は「バトレールproject Summer Vacation推薦者バトル 予選1 後編」の16戦目。モデルは阪急9000系。
組織のメンバーでは一番新しく、公式ホームページにも一切その情報は記載されていない。黒ビスタカーとは相性がよく、彼と黒ビスタカーの2両がコンビを組んだダブルスバトルはデビューから引き分けを挟んで無敗の4連勝となっている（ちなみに、上記の初勝利を決定づける時に撃破したのも黒ビスタカー）。なお、彼より立場が下であることが言及されているが初登場回で黒ビスタカーと会話した時は普通の口調で話していた。
漆黒の隼
初出場は「バトレールproject 怪しき車両 part3」。
初勝利は不明（上記の推薦者バトル回で勝利したが、それ以前に初勝利した可能性がある）。モデルはE5系はやぶさ。
上記の初出場回でEつばさ2000とともにデビューしたがpart4ではなぜか組織の車両の中に入っていなかった。その他の情報求む。
黒つばさ
初出場は「バトレールproject special プラレール大決戦！」。
初勝利は不明。モデルはE3系つばさ。
デビューのきっかけとなった「プラレール消滅計画」を提示した張本人であり、全ての黒幕。プラレールの全てを憎んでおりミサイルまで使って滅ぼそうとするなど極めて残酷で無慈悲な性格。こちらも情報求む。
ブラックジャガー
ハシブトガラス
サマリ
インプラー(コウテイペンギン)
ファルコン
ヤタガラス
潜入調査メンバー
黒字は車両。
レールスター
初出場は「バトレールproject 特別編 〜悪の組織との2日間〜 part2」。
初勝利は「バトレールproject 怪しき車両 part4」の2戦目。改造はなし。
205系や0系と示し合わせ、一般車両を裏切るように見せかけて組織に潜入。情報を探るスパイとして活動しており、このことは組織にはばれていない。E231系山手線のことを警戒しており、「彼奴はマジ（の危険車両）だ」「立派な悪人」などと評している。また黒ビスタカーとは仲が悪いのか、「バトレールproject 悪の車両の機密バトル」などで何度も仲間割れをしている。
スカイライナー
初出場は「バトレールproject 特別編 〜悪の組織との2日間〜 part3」。
初勝利は確認できず。改造はなし。
レールスターとともに諜報活動をしているが他の2両と比べてどこか影が薄く、2020年8月現在ではこれといった活躍をする回や主役回は存在しない。
683系
初出場は「バトレールproject 怪しき車両 part3」。
初勝利は確認できず。改造はなし。
3番目に判明した調査メンバー。Eつばさ2000を専門に監視しており、デビューと同時にEつばさ2000がE235系を狙った時にはそれを見抜いた。
霍青娥
