概要
四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグの2リーグによる連絡組織として「独立リーグ連絡協議会」が任意団体（権利能力なき社団）として2010年から存在していたが、法人格を持たないことから、『社会人野球や学生野球といったアマチュア野球団体に対して責任ある交渉団体』として約1年の準備期間を経て、2014年に一般社団法人として設立。
機構はアマチュア野球団体との交流に加え、海外の野球組織間を結ぶ機能を持つこともめざしている。
また、
- 2014年には日本野球連盟（社会人野球の統括組織）は独立リーグについての取扱要領を改訂、独立リーグを退団した選手のクラブチームへの競技者登録の制限期間（1年間）を、当機構所属リーグの選手に限って適用対象外にした。
- 2015年、日本学生野球協会（大学野球・高校野球の監理組織）との間で、「学生野球資格を持たない者との交流に関する規則」を改正、IPBL所属リーグの選手が協会加盟校野球部に対して、交流戦（高等学校を除く）や母校施設での練習、講習会等をおこなうことが可能（同年6月）になったほか、リーグ出身者が指導者になる条件が緩和（同年8月）されている。
- また日本野球機構（NPB）との間ではプロ志望の選手については、所属初年度から指名することが可能(元は四国アイランドリーグが発足した2005年にリーグからの要望を受けて行われたもので、その後発足したBCリーグでも踏襲された。因みに非加盟の「関西独立リーグ」（旧・BASEBALL FIRST LEAGUE、2020年から「さわかみ関西独立リーグ」）および「北海道ベースボールリーグ」（2020年創設）は社会人野球同様の規定を受ける。（中卒や高卒での入部の場合は入部後3年、それ以外の場合は2年を経過しないと指名できない。ただしIPBL加盟球団でもプロ志望届を出さないで入団すると同じ扱いを受ける。）
加盟団体
＜社員/会員＞
(株)IBLJ(四国アイランドリーグplus)
(株)ジャパン・ベースボール・マーケティング(ルートインBCリーグ)
＜賛助会員＞
琉球ブルーオーシャンズ…2020年、単独で加盟。
今後、2021年に九州に発足予定の「九州独立プロ野球リーグ」が加盟を検討中。また「さわかみ関西独立リーグ」も将来は（加盟を検討）。
またアイランドリーグとBCリーグの間で2007年から独立リーグ日本一を争う「日本独立リーグ・グランドチャンピオンシップ」は2014年から日本独立リーグ野球機構所属リーグのチャンピオンシップ大会にもなっており、九州独立プロ野球リーグも加盟すれば参加する予定である。
