奈良時代初期に編纂された歴史書。現存する日本最古の正史である。
ほぼ同時期に編纂された『古事記』と合わせて「記紀」と称される。日本の地方史を記述した『風土記』の大部分が失われているため、記紀の記述が日本の古代史を知る主なよりどころとなっている。
『古事記』が完成した8年後の養老4年に、舎人親王を代表とする撰者によって編纂された。
全30巻に系図1巻という壮大なもので、第1巻、第2巻は神話を扱う「神代」の巻である。
文体は漢文で、その形式はおおむね起こった出来事を年代順に記す編年体で書かれている。
また特徴の一つとして、官選の公式な歴史書として、実証的な姿勢が取られていることが挙げられる。
正文に依拠したのとは異なる資料からの引用も「一書に曰く」として載せて、異なる説もきちんと示している(一方『古事記』の場合はさまざまな伝えを集大成して明確に一つの筋立てを持っている)。
「神代」の巻の存在や、異説の列挙といった『日本書紀』の公正で厳格な編纂態度は、中国正史や史記とはまったく異なっている。
人類学者レヴィ=ストロースが「『日本書紀』は、より学者風」と評している。