尚、この戦争で終始、両陣営の首脳であり続けたのはへリック・ムーロア2世とゼネバス・ムーロアの兄弟だった。彼等が指導者として戦争を続けたのは実に70年間以上にも及ぶが、これはバトルストーリーの惑星Ziの人間が地球人よりずっと長い寿命を持っているという設定があるためである（成長するまでは地球人と同程度のようだが、成人後はゆるやかに、おおよそ地球人の2倍ほどの時間をかけて老いていくようである）。そのため、両者ともZAC2051年の終戦時で既に実年齢は100歳近いが（ヘリック94歳、ゼネバス92歳）、地球人での壮年期後半程度（60代手前位）の容姿や言動の人物として描かれている。

戦争初期

戦いの始まり

惑星Ziにある中央大陸デルポイ。かつての部族間紛争を経て、そこを統治しているヘリック王国がZAC1978年に国王ヘリック・ムーロアが死去した後に後継者であるヘリック・ムーロア2世が王政を廃止し共和制国家ヘリック共和国へと改変、そしてヘリック2世が大統領となり、その弟であるゼネバス・ムーロアがヘリック共和国軍の最高司令官へと就任し、デルポイは新たな時代へ突入した。

だがゼネバスが他の大陸への武力侵略と言う強硬姿勢を取り始めた為に平和主義を支持する議会がそれを危険視し、ゼネバスを追放する。だがゼネバスは地底族を率いて大陸の西にゼネバス帝国を建国する。

そしてゼネバス帝国建国から2年後のZAC1980年に国境線を巡って対立を深めた共和国と帝国の双方が遂に激突し、戦争へ突入した。

が戦争と言っても、双方とも元が同じな為か使用しているゾイドはガリウスで、戦いものどかと言えるレベルであった。

地球人の来訪

開戦から半世紀が経ったZAC2029年、地球を出発した銀河開拓船グローバリー3世号が船内の冒険商人たちの反乱によって損傷を受け、中央大陸のど真ん中に不時着してしまう。そしてそれを見た共和国軍と帝国軍の双方は生き残った乗員と乗客たちの取り合いになった。宇宙船墜落の原因となった冒険商人のランドバリーはゼネバス皇帝に取り入って帝国側につき、またクローネンブルグ博士のように共和国側に手を貸すものも出た。こうして地球人達は共和国派と帝国派に分かれ、更には地球人の高度なテクノロジーにより当時は前時代的だった両軍のゾイドがビーム砲などの強力な武装を持つようになっていった。ガイサックはこの頃にロールアウトしている。

ゴジュラス誕生

ZAC2030年、共和国軍は地球人のテクノロジーにより常識を遥かに超えた巨体とパワー、武装を持った巨大ゾイドゴジュラスを完成・ロールアウトした。

当初はのろま呼ばわりされていたゴジュラスだが地球人の技術と武装により強力なゾイドとして完成した。対して帝国軍はランドバリーの協力でレッドホーンを開発した。これらのゾイドによってそれまでのどかだった戦いが苛烈な近代戦へと移行した。

同年には共和国は更にゴドスを投入、そして輸送用だったゴルドスも戦闘ゾイドとして投入された。

戦争中期

第1次ゾイド開発競争

ZAC2031年、地球の技術を取り入れたゴジュラスとレッドホーンの投入以降からビガザウロやガリウスなどのそれまでのゾイドは完全に旧式となり、両軍は新型ゾイドの開発に力を入れるようになっていく。

この頃に作られたゾイドは共和国軍ではサラマンダーとバリゲーターで、対する帝国軍ではザットン、マーダ、ゲルダー、モルガ、シンカー、マルダー、ゲーターが作られた。

アルダンヌ会戦

ZAC2032年10月にアルダンヌの森で近代的ゾイドによるZi初の大会戦が勃発した。この戦いの結果はゴジュラスの大活躍によって共和国の勝利に終わった。

アイアンコングの登場

アルダンヌ会戦の後、帝国軍は打倒ゴジュラスの為に大型ゾイドアイアンコングを完成させた。アイアンコング150機が共和国領土に侵入し、200機のゴジュラスと交戦。どうにか共和国軍は領土を防衛出来たものの、ゴジュラス部隊はコング部隊を上回る損害を出す結果となった。とうとうゴジュラス無敵時代が終わりを告げてしまったのであった。

これに対抗するべくZAC2033年に共和国軍はゴジュラスの強化パーツを作り、その9種類の中からバスターキャノンを採用、ゴジュラスMk-2が誕生した。

第2次ゾイド開発競争

ZAC2034年、新型ゾイドの開発はさらに過熱し、去年くらいまで作られたゾイドがすぐに旧式化していくほどの進歩であった。共和国軍のプテラスとカノントータス、スネークス、そして帝国軍のイグアンとハンマーロック、サイカーチス、ヘルキャットはこの年に作られた機体でどれも画期的な機体ばかりであった。イグアンの誕生は最強小型機として君臨したゴドスの無敵時代が終わった事を意味していた。

ちなみに同時期にはそれまで戦闘用に向いていなかったグスタフが輸送用ゾイドとして両軍で使われるようになった。

史上初の高速ゾイドサーベルタイガー

ZAC2035年、帝国軍は史上初の高速大型ゾイドサーベルタイガーを開発した。共和国諜報員がこの事実を掴み、ゴジュラスは単独で帝国の特殊工場への強行偵察を敢行し、サーベルタイガーの情報を入手に成功した。

翌年ZAC2036年に決戦ゾイドとしてロールアウトしたサーベルタイガーはそのスピードで共和国軍を震え上がらせ、「戦場の赤いイナズマ」と言う異名が付いた。

これに対して共和国軍司令部は各部隊へサーベルタイガーに遭遇したら極力交戦せずに空軍に援護を求めて撤退するように呼び掛けた。

超巨大ゾイドウルトラザウルス登場

ZAC2037年、共和国軍は決戦兵器としてゴジュラスよりも巨大なゾイドウルトラザウルスを開発した。これを知った帝国軍は天才スパイコマンド「エコー中佐」を繰り出し、完成したばかりのウルトラザウルスの奪取した。だがロイ・ジー・トーマス中尉の活躍で奪回される。

エコーはウルトラザウルスに対抗するべくアイアンコングの強化改造を開始、アイアンコングMk-2が誕生する。中央大陸最北端のザブリスキーポイントでウルトラザウルスを襲ったがトーマス中尉のゴジュラスMk-2により撃破された。

ZAC2038年にはウルトラザウルスが帝国軍包囲網を蹴散らす戦いを行った。

ゼネバス帝国首都陥落

ZAC2039年、共和国軍はウルトラザウルスを中心に帝国首都を陥落させるが皇帝ゼネバスはパイロットのトビー・ダンカン少尉と共にシュトルヒに乗ってバレシア基地へ脱出した。基地司令官ダニー・タイガー・ダンカン将軍が基地攻撃を向かうサラマンダー部隊を壊滅させた。

そして共和国軍はバレシア基地攻略作戦を開始、帝国軍はゼネバス皇帝と共に暗黒大陸ニクスへと脱出、亡命する。この戦いでダニー将軍はヨハン・エリクソン大佐操縦のウルトラザウルスの砲撃からゼネバス皇帝を庇って戦死した。

戦争後期

帰ってきたゼネバス帝国軍

ZAC2041年、共和国軍は鹵獲したサーベルタイガーを元にして攻撃型高速ゾイド開発へ乗り出した。だが同年に暗黒大陸のガイロス帝国と結託したゼネバスが新型ゾイドであるディメトロドン、ウオディックを率いてバレシア湾に上陸。そのまま防衛線を突破して帝国領土を取り戻し、翌年のZAC2042年に全軍に対し共和国侵攻作戦を命令した。この頃にアルメーヘン橋にてプテラスの羽を付けた改造イグアンが活躍した「国境の橋争奪戦」が起こった。この戦いは激戦であり、帝国軍は犠牲を出しつつもアルメーヘン橋を奪取に成功した。

シールドライガーとコマンドウルフ

ZAC2042年、国境を越えた帝国軍が共和国の防衛線ハドリアンウォールへ迫り、空陸から攻撃を開始する。その時、かねてから共和国軍がサーベルタイガーに対抗するべく開発した高速ゾイドシールドライガーとコマンドウルフが出撃、防衛戦に勝利した。

死竜デスザウラー降臨

ZAC2043年から帝国軍がゴジュラスを上回る巨大ゾイドの開発を行っている事を知った共和国軍はエリクソン率いるシールドライガーとコマンドウルフからなる高速機動戦隊をダリオス市の北方100km先にある帝国軍の研究所へ送り込むが研究所は機密保持の為に自爆し、謎のゾイドも取り逃がしてしまう。

そしてZAC2044年、遂に帝国は国力の総力を結集して作った最強最大のゾイドデスザウラーをロールアウトした。ちなみに共和国軍はこの年にダブルソーダをロールアウトしている。トビーの乗ったデスザウラーは共和国軍の空軍基地を襲い、更にはゴジュラスの部隊を単独で全滅させる。エリクソンはウルトラザウルスで戦いに挑むも返り討ちにされて戦死。そのまま帝国軍は共和国首都ヘリックシティを陥落させた。

しかし大統領は民衆や兵士達と一緒にトンネルで脱出し、ゲリラ戦を展開していく事になる。

共和国の抵抗

ZAC2045年、首都を失ったものの共和国軍は各地で抵抗を行っていた。この時期に帝国軍はシュトルヒを上回る飛行ゾイドレドラーを投入している。

この年に帝国軍のコマンド、フランツ・ハルトマン大尉によりヘリック大統領が拉致されかけるも大統領親衛隊所属のローザ・ラウリ大尉に阻止された。

ZAC2046年、ヘリック大統領は改造ゾイドケンタウロスで戦いに出た。だが大統領への恨みを抱くフランツは改造デスザウラーデスドッグで彼に戦うを挑むも引き分ける。

帝国軍はブラックライモスを投入する一方で共和国軍はディバイソンを投入した。

そしてこの年の12月にヘリックとローザが結婚した。

改造ゾイドの戦い

ZAC2047年～ZAC2048年、この頃はアロザウラーやベアファイターと言ったゾイドがロールアウトした一方でグレートサーベル、シールドライガーMk-2と言った武装を強化した改造ゾイドが多く投入された。

雷神マッドサンダー

ZAC2048年9月。デスザウラーにより苦しめられてきた共和国軍だったがチェスター教授の指揮のもと、対デスザウラー用ゾイドの開発に乗り出し、遂にマッドサンダーを完成させた。

マッドサンダーを先頭に共和国軍の反攻作戦が開始され、マッドサンダーはデスザウラーを撃破し、ヘリックシティ駐留部隊も倒し、遂に共和国首都の奪回に成功する。

ゼネバス帝国滅亡と終戦

ZAC2051年、マッドサンダー部隊を中心にした共和国軍は首都へ殴り込むもゼネバス皇帝は既に脱出した後であった。ゼネバス皇帝はというと全将兵を引き連れてニカイドス島に立て篭もり、ガイロス帝国に援軍を要請した。ヘリック大統領は再三に渡る降伏を勧告するが無視された為、ヘリック大統領の命令でニカイドス島上陸作戦が決行される。新型機レイノスが投入され、ウルトラザウルス部隊が島の要塞へ上陸する。だがそこに現れたガイロス帝国軍が共和国軍を攻撃、虚をつかれた共和国軍が一時後退すると、ガイロス軍は返す刀でゼネバス帝国軍を無理やり拘束する。ゼネバス皇帝が親衛隊と共に立ち向かったがガイロス側のゾイドデッド・ボーダーとヘルディガンナーに返り討ちにされて皇帝も又拘束されてしまう。ゼネバス軍が皇帝共々ガイロス軍に連れ去られた事によりゼネバス帝国は滅亡、70年以上にわたる戦争はヘリック共和国の勝利で終わった。尚、取り残されたゼネバス帝国の民はヘリック共和国に受け入れられた。

だがこの戦いも次の大戦である大陸間戦争の序章に過ぎなかった…