「エリーのアトリエ」において『錬金術の店を開く』というエンドを迎えたところに、折よく(?)マルローネがザールブルグを訪れ、話の流れと酒の勢いで2人で店を共同経営することとなる・・・・・・というところから始まる、完全オリジナルのストーリー。
ベースはGB版「マリーのアトリエ」「エリーのアトリエ」となっており、ゲームに登場する二人の妖精さんのほか、ゲームキャラクターも登場する。
なお越智善彦は本作には非常に強い思い入れがあるらしく、連載が終了した後も同人誌として続きが描かれており、現在はエンターブレインより「マリーとエリーのアトリエ セカンド・シーズン」として同人発表作が商業ベースにまとめられて出版されている。現在第6巻まで発売中。