1999年12月4日のダイヤ改正で中央線名古屋-中津川間に設定される。従来から毎時2本が運行されていた名古屋-中津川間の快速のうち1本をこれに置き換える形での誕生だった。
従来の快速より停車駅を減らしたことで中津川・多治見から名古屋への所要時間が短縮され、1枚310円の乗車整理券さえすれば着席が保証されるためセントラルタワーズ人気と相まって休日には増結用の車両が不足。373系や383系といった特急型車両が駆り出される事態となった。翌2000年に専用車両である313系8000番台が増備され特急型車両による応援運用は消滅した。（373系のヘッドマークや側面方向幕にはセントラルライナーの表示が残っているので幕回しを見る機会があれば探してみるといいだろう。）
使用車両
専用車両として313系電車のアップグレード版8000番台が投入された。同時期に投入された一般的な313系からの変更点は
- シートピッチを910mmに拡大（他の313系転換クロス車は875mm）
- 扉横のクロスシートが転換可能（他の313系は固定クロス）
- 車端部の座席はボックスシートで大きめのテーブルを設置
- ブラインドではなくプリーツカーテンを搭載
- 塗装を有料列車であることをアピールするため変更
- ドア横に遮風板を設置（373系のデッキ・客室仕切りに近い構造）
- 中間ドアに締切表示器を設置
- 車内LED表示器をドア上から通路上に移設
313系は片側3ドアだがセントラルライナー運用時の8000番台は中間ドアを締めきっていた。
先述したが運転開始直後増結用の車両が不足し373系や383系が使われたことがある。383系にはグリーン車があるが締切扱いで普通車5両のみで客扱いをした。
停車駅
名古屋-金山-千種-大曽根-高蔵寺-多治見から中津川は各駅停車
（参考）快速の停車駅
名古屋から大曽根は各駅停車-勝川-春日井-高蔵寺-多治見から再び各駅停車
特例
セントラルライナーは乗車整理券を持っていない場合は原則として乗車できないが多治見から中津川の間の各駅を相互に発着する場合は乗車整理券不要で乗車できる特例があった。しかし乗車整理券を持っている乗客があとから来た場合、乗車整理券を持っている乗客に席を譲らなければいけなかった。
廃止へ
運転開始直後は人気を博したが、通過駅での停車列車の間隔が不等間隔となり通過駅の利用者からはあまり評判は良くなかった。また所詮は転換クロスシートなので310円の整理券を「ぼったくり」と捉える人も居り、「銭取られるライナー」や「ぼったくりライナー」というありがたくないあだ名で呼ぶ人もいた。
2013年3月のダイヤ改正で廃止された。車両はそのままの仕様で神領車両区に在籍しており、普通列車、快速列車だけでなくホームライナーにも使用されているが、今後はアコモデーション改善等によりオリジナル仕様に改装されるのも時間の問題となっている。
