概要
野座間製薬が遂行した街中に潜伏する4000匹ものアマゾンを一網打尽にする為の駆除作戦。アリアマゾンの事件の際に使用された対アマゾンガスを人体に無害なように改良した物を大量のドローンに搭載して散布する。ただし、このガスの元となる薬品は液体であり水と混ぜる事で気化して初めてガスとなる事や、街を覆い尽くす程のガスを発生させられる分の水を用意する事は出来ないので決行には十分な量の水が発生する豪雨の日が条件となる。
しかし、ガスを人体に無害なものに改良したのと引き換えに駆除率は8～9割程度に落ちている事が明言されている。野座間製薬の会長の天条隆顕も「生命に絶対はない。」、「100％駆除する事など不可能」、「そこから生き残る者は必ず出る」と予想しており、天条にとっては単なる駆除作戦と言うよりは『生き残った強いアマゾンを選別する』という意味合いが強い様である。
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経過
野座間製薬の特殊研究開発本部長である水澤令華の指示で作戦が開始される事となっていたが、街に息子でありアマゾンでもある水澤悠が残っていた為に決行を渋っていた。これに業を煮やした鷹山仁は以前に野座間製薬に勤めていた事を利用して社の不祥事をネット上に暴露する事を脅迫。そこに天条の作戦開始の命令も合わさり、急遽決行される運びとなった。
その頃、街では土砂降りの雨の中で146体もの兵隊アリアマゾンの集団覚醒によりパニックが生じていたが、ガスにより覚醒・未覚醒問わず多くのアマゾンが死に絶えていった。
仁はアマゾンアルファに変身しこれまで見せなかった狂乱と共に、覚醒したアマゾンの群れへと向かっていく。
マモルは空腹の末に同じ駆除班のチームメイトの三崎の片腕を貪り喰らってしまった事実に発狂しガスが降り注ぐ街へと駆け出していってしまった。
悠はアマゾンオメガとして多くのアマゾンと戦っていく内に「勝手で済まないけど、僕はこれでいい！ 僕は、僕の声に従う！」と自分の線引きが定まった事で自らを追ってきた美月に別れを告げ、マモルを含めた生き残ったアマゾンを探す為に豪雨の中へと消えていく…。
かくして、多くの人物の思惑が絡んだ一大作戦は、同時に多くの人物の転換点となりながら終了するのだった。
結果
3週間後に回収された腕輪の数を数えた所、過去に駆除したものと合わせて3000弱、つまり1000匹ものアマゾンの生存が判明した。
駆除班は一旦解散したものの、ある海岸で調査班が襲撃されたことを切欠に再結成される。
仁はトラロックのガスの影響で顔の半分以上が溶け爛れながらも生存し、アマゾン狩りを続けていた。
悠もまた生き残りマモルや他の未覚醒のアマゾン達と共に生きていく事を決意。駆除班の面々から姿を消すのだった。
