学園都市でも屈指の名門校常盤台中学の頂点に君臨するレベル5コンビ。
一応同級生らしい。
現時点の公式における二人の関係だが、
美琴は操祈を「同級生よ。一応ね」と上条に語っている。
操祈は美琴を「私ぃ、御坂さんのお友達の食蜂操祈っていいますぅ」と上条に自己紹介し、（これに美琴は誰が友達だァーと返した）その後、「御坂さん私のことキライみたいでぇ～いっつもピリピリしているんですよぉ～」と語っている。
さらに、時系列の進んだ禁書目録本編では操祈は未登場ながらも、美琴がたびたび第5位について言及している。それによると、美琴と関係の深い上条当麻の記憶喪失を操祈に治して貰おうと考えたが、操祈を信用することが出来ないため頼むまでもなく却下している(実際のところはやってはみるだろうが頼まれても「無理」だっただろうが)。
このようにお世辞にも良い関係とはいえない二人だが、美琴は操折に対して強い不信感があるものの、一応学友の一人とは認めているようだ。そしてなぜか息ピッタリの事もある。
操祈側は能力により思考を読み取れない美琴に対して「何考えてんだかわからない アナタと組む気なんてはなからないの」と言ったこともあるものの、実際のところ思考が読み取れない美琴とは相性の良い描写が多く、天賦夢路編ではツンデレ的な反応も見せている。
気になる殿方の存在といい、似た者同士ともいえるかもしれない。
ハッキングから戦闘までこなせるワンマンアーミーな能力を持つ美琴と、多くの人間の精神に介入することが出来る操祈。能力の相性だけなら短所を補いあえる良いコンビかもしれない。超電磁砲のドリームランカー編では実際に完全犯罪を成立させ、縦ロールちゃんを震え上がらせていた。
そしてそんな二人の関係は新約禁書目録18巻にて……
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