バリエーション
本機には様々なオプションパーツが用意されており、同時に機種統合計画の恩恵から既存のMSのパーツを接続する事が可能となっている。
その結果として様々なバリエーションが存在しており、主な装備バリエーションとして大型MAのファイバーⅡ、ダンディライアンⅡ、両者の合体形態であるインレ、高機動形態のハイゼンスレイⅡ、インレ護衛用のキハールⅡなどがある。
ガンダムTR-6［ウーンドウォート］
ガンダムTR-6の基本形態。
グリプス戦役中に開発されたMSとしては小型で手足も細く、基本フレームに必要最低限の装甲が施されている事から非常に華奢な印象を受けるが、これは各種オプションパーツを装着する「素体」であり、この素体に各種パーツを組み付ける事で様々な戦闘形態へと派生する為である。
脚部も四肢の換装を考慮した結果細く設計されているが、陸戦運用も視野に入れてのソールユニットも開発されており、これを外装する事で脚底部の接地面積を増やすことが可能。
また、胸部ドラムフレームを中心に各部を折りたたむ事でモビルアーマー形態へと変形が可能。MA形態時は機首部分から冷却フィールドを発生させる事で大気圏突入が可能となっている。
分類上は第3世代MSだが、一般兵の搭乗を想定した準サイコミュ「強化人間人格型OS」を搭載しており、様々なメガ粒子砲オプションを装備するため、第4世代MSの性質も有する。さらにオプションのダイダロスユニット（ミノフスキークラフト）を装備した形態は第5世代MSの先駆けでもある。
「ウーンドウォート」のバリエーションとしてGパーツ「フルドドⅡ」を装備したウーンドウォート・ラーⅡ形態があり、大型ユニットの接続具としてフルドドⅡのドラムフレームが利用される。
ガンダムTR-6［ハイゼンスレイⅡ］
ウーンドウォートのほぼ全身にわたって、高速戦闘用の強化パーツを装備した形態。高速戦闘形態、ウーンドウォートEXとも呼ばれる。
エゥーゴの「Ζ計画」で開発された分離合体構造を持つ次世代可変機への対抗策であり、ティターンズ上層部が欲した「フラッグシップ機としてのガンダムタイプ」への回答でもある。
MS形態とMA形態の両方でガブスレイの形状をベースにした機体であり、脚部がクローアーム状になった中間形態を経てMA形態へと変形する。このためガブスレイ形態とも呼ばれ、事実上のガブスレイの後継機としての採用が予定されている。
肩部にはガブスレイと同様のメガ粒子砲を備える他、武器収納コンテナを有し、ミサイルやガトリングなど様々な装備を収納可能。
腰部にはウーンドウォートの胸部とドラムフレームの間にもう1基ドラムフレームが追加され、二つのドラムフレームによって上半身と下半身が接続されており、後のバウ、Vガンダムのようにトップ・ファイター、ボトム・ファイターに分離・変形する事が可能となっている。ブースターポッドのスペースにプリムローズⅡを搭載することで、ボトム側もパイロットが搭乗できるようになる。
また、脚部強化パーツには設地面を増加させるヒール･ギアが装備されており、着艦時や地上任務での安定性を増すことができる。
本形態にGパーツ「フルドドⅡ」および強化ウインチキャノンを装備する事によって「ハイゼンスレイⅡ・ラー」となる。
火星ジオン残党軍「レジオン」によって運用された機体はリアスカートがジェネレーター搭載型のテールスラスターに換装されており、機体出力・機動力が強化されている。
グリプス戦役中に運用されたのはこの形態。
キハールⅡ
決戦兵器インレの護衛機として開発された形態。アッシマー系の形状を模した円盤状の小型可変機で、空戦用のオプションを装着している。
機種統合計画におけるアッシマーとバイアランの後継機であり、ウーンドウォートに試作アッシマーTR-3［キハール］のデータを基に開発された強化パーツを装着し、MA形態やMS形態、中間形態への変形も可能。
他のMSを乗せて航行するサブ・フライトシステムとしての機能も有しており、ハイゼンスレイⅡとはクローアームを介してドッキングする事が出来る。
また、キハール以外のT3部隊で運用されたTRシリーズのデータも反映されており、中間形態ではヘイズル改のイカロス・ユニットによるMS単体での空中戦闘能力のデータが、MS形態ではロゼットのホバリング・スカート・ユニットを元にした高速制圧戦闘能力のデータが活かされている。
バリエーションとしてブースター・ポッドをレドーム・ユニットに換装したEWAC仕様の機体も存在する他、拠点防衛形態とのドッキング用形態であるアドバンスド・キハールⅡがある。
火星ジオン残党「レジオン」に於いて量産され、サイコミュを追加して同組織のアリス親衛隊の専用機として運用された。
ファイバーⅡ
コアとなるMSにTR-5［ファイバー］の運用データを基に開発された「ファイバーⅡ」ユニットを装着した形態。ガンダムTR-6［インレ］の上半身を構成する事から、「インレの翼」とも呼ばれている。
「侵攻・制圧兵器システム(invasion and subdue weapon system)」というカテゴリーを与えられており、超音速侵攻と圧倒的な火力、攻撃ユニット「キハールⅡ」の空間制圧能力による敵地制圧を目的とする。
主武装のビームキャノンはTR-2［ビグウィグ］のビームキャノンをさらに強化したもので、精密射撃の命中精度と威力が向上しており、ビグウィグキャノンⅡ、またはビグウィグキャノン改と呼ばれる。
バインダー基部のIフィールド発生器は変形時も分割されず、自由にIフィールドを展開できる。拡散ビーム砲は基部ごとウィンチユニットとして射出可能。また、頭部に相当するユニットには複数のウェポンコンテナが搭載可能となっている。
［ファイバー］と同様にバインダー内にモビルスーツを収納可能となっており、搭載可能数はキハールⅡで六機、通常サイズのMSで二機である。
コアMSとの接続は大型アームをフルドドⅡに接続する形で行われるため、TR-1［ヘイズル］にも装備可能。
グリプス戦役中ではインレにドッキングした状態でアレキサンドリア級アスワンに駐機されていたが、ダンディライアンⅡ部分が被弾した為にパージ。無事だったファイバーⅡはヘイズル・アウスラが装備して使用された。
ダンディライアンⅡ
TR-4［ダンディライアン］と同様の大気圏突入モジュールを装備した形態。
変形･換装を行うことで、内部のコアMSを展開し、大気圏突入モジュールが巨大な脚部ユニットとなったMS形態となる。MA形態の頭部（MS形態のシールド）には拡散ビーム砲を備える。ミノフスキー・クラフトを装備し、飛行が可能なほか、大気圏突入の性質上堅牢な装甲を持つ。
また、MS形態から更に換装を行う事で侵攻・殲滅形態となる。
コアMSとの接続は腰部に装備したフルドドⅡを介して行う。
グリプス戦役終盤、最後の激戦にてインレにドッキングした状態でアレキサンドリア級アスワンに駐機されていたが、ダンディライアンⅡ部分は被弾し、誘爆を避ける為パージされた。
インレ
TR計画の集大成にして、TR-6の最高到達点。全長は100メートルを越えており、あまりにも肥大化した兵器構想から戦略兵器に分類されている。
ファイバーⅡを上半身に、ダンディライアンⅡを下半身とした両者のドッキング形態。機体管制にはコアとなるTR-6が二機必要であり、ダンディライアンⅡ側が機体操舵、ファイバーⅡ側が火器管制を担当する。
リブートの設定では、TR計画は元々このインレの開発を目標としていた。さらにインレ運用拠点である衛星軌道基地「スターシップダウン」の開発や、外惑星侵攻を想定した惑星間航行用の大型ブースター「フリス」の装備なども予定されていたようだ。
もう一つの大型オプション「インレのゆりかご」は、大気圏離脱用ブースターであると同時に惑星間航行ブースターでもあり、長距離航行を想定している。大出力ジェネレーター、大型格納スペースなどを備えた一種の牽引型拠点と言える代物であり、これ自体が独立したバイオスフィアとしても機能する）。
ファイバーⅡとダンディライアンⅡの全ての兵装（ビグウィグキャノンIIと拡散ビーム砲内蔵シールドは合体させて運用）、及びオプションの大型ミサイルポッド等を運用でき、さらに、頭部相当のユニットには各種オプションが装備出来る。
なお、異なる二種類のモビルアーマーを連結させ、小型随伴機の簡易母艦兼橋頭堡とするコンセプトは旧ジオンのビグ・ラングに通じるが、インレはTR-6の開発における到達点として設定されているので、兵器としての完成度はインレに分がある。
この形態にサイコミュを組み込んだサイコ・インレと呼ばれるプランも存在したが、こちらはペーパープランに終わっている。
グリプス戦役に於いてはインレにドッキングした状態でアレキサンドリア級アスワンに駐機されていたが、エリアルドはインレを装備せずにハイゼンスレイⅡ・ラー形態で出撃した為戦闘には投入されなかった。
その後、ティターンズ残党と共に火星へ流れた実機が、火星ジオン残党軍「レジオン」によって運用れており、火星を根城とする複数のジオン残党軍をこの武力を以って併合している。
サイコ・ガンダムⅡ
TR-6の拠点防衛形態であり、サイコガンダム系の代替後継機。
サイコガンダムもしくはサイコガンダムMk-Ⅱの手足（ギガンティック・アーム/レッグ・ユニット）を接続。さらにサイコミュやビット・ファンネル、Iフィールド搭載型のウェポンカーゴを装備。
ギガンティックユニットはTR-1ヘイズル・アウスラやTR-5フライルーで実験された物で、TR-Sエルアライラーやサイコ・ギャプラン等の開発に繋がり、最終的にTR-6の拠点防衛形態に結実した。
火星レジオンでギガンティックユニットが複数生産されている。
クインリィ
インレの簡易形態。
ウェポンカーゴ5機とハイメガキャノンを装備しており、両サイドにTR-6アドバンスド・キハールⅡ形態を2機接続している。このウェポンカーゴが冠を連想させるため女王形態と呼ばれる。
戦略級のインレの投入は戦場によっては費用対効果が見合わず、政治的影響も考えられるため、代替兵器として用意された。
ガンダム試作3号機の事実上の後継機であり、GP計画が抹消されなかった場合デンドロビウムⅡと呼ばれていた可能性があった。
ギガンティックユニットを装備したフルアーマークインリィと呼ばれる形態も存在する。フルアーマークインリィ形態はTR-6の柔軟な換装のシンボル的要素が強いとされるが、後の火星レジオン建国戦争で実戦に投入されている。
リハイゼ
火星を拠点とするジオン残党軍「レジオン」が鹵獲したハイゼンスレイⅡを改修した機体。
ハイゼンスレイⅡを持ち込んだ元ティターンズメンバーをして「魔改造」と称される程の大幅な改修に伴う機体特性の変化に伴い、型式番号は「ARX-124R」に変更されている。
レジオンのフラッグシップ機であり、同組織の指導者アリシア・ザビの専用機。ジェネレーター直結型のハイパーメガ粒子砲とサイコミュを標準装備している為、第四世代モビルスーツに分類される。
装甲は総帥専用機としてサバイバビリティを高める目的でジオン規格の物が全身に渡って外装されており、ハイゼンスレイⅡの面影は殆ど見受けられない。
機体色の赤は火星の大地の色であり、組織のシンボルマークもジオン公国国旗に「火」を加えた物になっている（これは取り巻きとなるキハールⅡも同様）。
同時に機体各部に推進器が増設されており、これによって装甲増設をものともしない程の推力・機動力をリハイゼに与えている。これは火星圏では単独での飛行を可能とするだけの推力を生み出し、キハールⅡによるアシストを加える事で単独で大気圏離脱を可能とする。この改修に関しては、アリシアの「大空を飛び回る事で自身が火星の大地を支配している事を誇示する」思想が絡んでいる。
股関節部アーマーは当初他のTR-6バリエーションと同様にサブアームとしての機能を有していたが、パイロットであるアリシアの攻勢より守勢を重視する意向によりIフィールドジェネレーターに換装された。
可変機構はハイゼンスレイⅡからそのまま残されているが、機首部分にメガ粒子砲を装備する、一撃離脱戦法を強く意識した構成に改められている。
また、コンポジット・シールド・ブースターは推力の強化に加えつつ、搭載されたビーム・ライフルをヒート・ブレードを廃した連射型冷却バレルに換装しており、格闘戦装備としての機能を排除しながらも射撃兵装としての機能が強化されている。
バーザムⅡ
連邦系主力機の代替後継機として、TR-6の廉価版であったバーザムを模した形態。
四肢にはTR-1のパーツが装着されており、他のバリエーションと比較して統合性能で劣るが扱いやすく、練度の低いパイロットであっても運用が可能。同様のバリエーションとしてはハイザックの四肢を装備した「ハイザックⅡ」も存在する。
レジオンに於いては特務部隊の隊長ウェンディの乗機としてアリス親衛隊のダイアナ機を換装する形で建造された。
レジオン仕様の機体は四肢がバーザムの物に変更されているなど、細部がTR計画で想定されていた物と異なっており、地上走行用のグラン・ユニットを装備する事で砂漠地帯での運用も可能。
また、火星の対地監視衛星「エレノア」とのサイコミュリンク機構を持ち、その際には後のユニコーンガンダムと同じく頭部アンテナを展開する事でガンダム・フェイスが露出する。
ハイザックⅡ
TR-6をジオン系の代替後継にした形態。ハイザックの腕とマラサイの足を接続している。
フライルーⅡ
アドバンスド・フライルーⅡのパーツを追加した形態。
ギャプランⅡ
パーツ評価試験用の試作機。ギャプランの腕とヘイズルの足を接続。
ヘイズルⅡ
ブースターポッドはハイゼンスレイⅡのメガ粒子砲型に換装されている。コンポジットシールドブースターを2基保持しており、2門の高出力ビームキャノンとして扱う。
