神話では
天地開闢で神代七代の最後にイザナミとともに生まれた男神。
イザナミと天沼矛を使って海をかき回してできたオノコロ島に降り立ち、天御柱を回って結ばれた。最初はイザナミから声をかけたが、それにより異形のヒルコが生まれてしまい、今度はイザナギから声をかけて、国や万物の神々が生まれた。
しかし、イザナミは火の神・カグツチが産んだこと亡くなり、イザナギはカグツチを殺してイザナミを葬った。
イザナミを忘れられないイザナギは黄泉の国へ向かい再会するが、「見るな」の約束を破って、使者の姿のイザナミを見てしまったために、イザナミや黄泉の住人達に追われ、黄泉比良坂でイザナギは大岩で入り口を塞いだ。イザナミから「日に地上の人間を千人殺す」という呪詛を投げかけられたイザナギは「ならば日に千五百の産屋を建てる」と言い返した。
日本書紀ではここでククリヒメという謎の女神が登場し、イザナミの言葉を伝えたとしている。
地上に戻ったイザナギは禊をすると天照大神・月読命・スサノオの三貴子が出現した。イザナギは三柱に昼・夜・海を各々で治めるようにしたが、スサノオは母のいる黄泉に行きたいと騒ぎ、スサノオを追放し、自身も隠遁したという。
ペルソナ4では
電撃属性スキルと物理スキルをそれなりに使いこなす。
所詮は初期ペルソナとして合体素材に使われることになるのだが、その見た目のかっこよさが人気となり、使い込むプレイヤーも少なくない。
それどころか、その見た目が番長っぽい為に、ペルソナ4の主人公自身も『番長』と呼ばれるようになっている。
なお、最終的には『伊邪那岐大神』へと転生する。
また、とある人物は亜種のような『マガツイザナギ』を覚醒させる。
