概要
ロックマンエグゼ3のラスボス。
光正を中心として作られた初期型インターネット。当然現在のインターネットのモデルにされた。
『自我』（「本能」と書く方が正確か）が芽生えてしまい、プロトが操作を受け付けなくなりウイルスやネットナビごとコンピュータのデータを根こそぎ盗み出しどんどん成長し始める事件が起こった。コンピュータウィルスのようだが、メインプログラムが停止するとコピーされ広がったプログラムも停止、メインプログラムが完全削除されるとコピーされ広がった分も自動的に消滅する点が違う。休んだ隙を突いた科学省の面々に捕えられた。この事件は『プロトの反乱』と呼ばれた。
光正は当時の科学省の一室のイメージファイルをプロトの中に製作、パルストランスミッションシステムを使い自身の精神データをイメージファイル内に移す。イメージファイル内から遠隔操作出来るプログラム「ガーディアン」をプロトに乗せ、ガーディアンを使いプロトの再起動を停止させていた。「テトラコード」も使用され、プロトは科学省エリアに封印された。
この封印が解かれた時の為『ギガフリーズ』というプログラムが製作されたが、インターネットの通路部分に当たるとインターネット全域を凍結させる程の性能であったので通常のネット回線から隔離された空間が設けられ、厳重に保管されていた。この隔離された空間が「ウラインターネット」になる。
ドリルマンによってWWWへと持ち出され、ロックマンの前に立ちはだかる。
初期型インターネットという設定から、ネットバトルの際は地面からゆっくりと姿を形成し現れ、プロトと戦う電脳世界の名前も『プロト』である。
戦闘時は両腕を前方＆ロックマンの頭上へ発射したり、両肩からバルカンを発射する戦法を多用する。
また体力が減ってくると、画面端で大爆発するミサイルを飛ばす『プロトアームΩ』や上下・中央に交互に電撃を飛ばす『プロトアームΣ』を繰り出してくる。
弱点は胴体中心のコアだが、このコアは時間と共に再生する2段階の膜に覆われており、これを剥がさなければダメージを与えられない。
プロトの立っている場所は見た目上巨大な空洞だが、実際はパネル変化が有効なので草や氷、砂パネルによるダメージ変化を利用できる。
ウッド属性のスタイルならチャージショットのコガラシで簡単にコアにダメージを与えられる。
逆にチャージ時間が長いヒートやエレキ属性のスタイルではチャージ中に膜が再生してしまうことが多いので、連射性と攻撃力を上げたバスターで削った方が得策である。
膜に守られているため単発高火力なチップには強い反面、無敵時間が発生しないので多段ヒットするチップには滅法弱い。特に一定時間チップを連射できるゼータ系PAは強烈に刺さる。
シリーズ恒例のエンブレムコンプリート時は、強化版『プロトSP』が登場。ロックマンの立つエリアを侵食し、パネルを毒沼などに変えてくる戦術が追加される。
このSPを倒すとプロトを召喚できるチップ『プロトアームΣ』『プロトアームΩ』を入手可能。
ちなみに海外版ではブルースが『Protoman（プロトマン）』となっている都合上、名前が『Alpha（アルファ）』に変更されている。
余談
本体は登場しないが、後作『ロックマンエグゼ5』でもプロトのチップ『オメガロケット』を手に入れる事が出来る。
光正はパルストランスミッションシステムを使い、プロトの中に入り「エグゼ3」までの間「肉体は消えても、魂は残る」という言葉を実現した。
アニメではプロトそのものは登場しないが、第4期『ロックマンエグゼBEAST』においてサイバーワールド誕生時に生み出され、老朽化して廃棄されたエリアとして「プロトエリア01」の名称が登場する。この事からアニメ世界でも初期に使われていたインターネットはプロトであると推測される。
漫画版では鷹岬版、あさだ版共に登場するが、鷹岬版では一応番外編で「プロトの反乱」というキーワードは出ていたが暴走した初期型電脳世界という設定はいつの間にかなくなり、ダークロイドたちが現実世界にくるための中継地点として使われていた。そして最後はフォルテが現実世界に来た後フォルテに破壊されるという、散々な扱いであった。
一方、あさだ版では若干設定が異なっており、初期型電脳世界そのものではなく電脳世界を管理するプログラムとなっている。暴走により「電脳世界の全てを吸収し取り込むことが電脳世界を良くすること」と考えるようになり電脳世界のあらゆるものを取り込んでいき、さらにはワイリーの姿を借りてwwwの団員を操るなど知能も発達している。最後は鷹岬版と違いそれを阻止しようとする熱斗・ロックマンと戦闘になるも攻撃を無効化し苦戦させるが光正の精神データにより胸のコアが弱点であることが判明しロックマンにバリアブルソードで倒された。
しかし、その余波で電脳世界は機能停止してしまい世界中の都市機能が一時的に麻痺することとなった。
関連イラスト
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ドリームウイルス：こちらもゼータキャノンが有効である。
