（原題：『The Great Discovery』）
あらすじ
ダンカンに騙され、古い線路に入ったトーマスは荒れ果てた廃墟の町を発見します。その頃、ソドー島に新しい機関車スタンリーが到着し、復興作業のチームリーダーに任命される。更に他の仲間にちやほやされる彼を見てトーマスはへそを曲げて、スタンリーに重い貨車を引っ張らせた挙げ句、事故を起こさせ復興作業を遅らせてしまう。その夜、高山を見つけたトーマスは鉱山に入ってしまい、仲間の機関車達は彼が行方不明になったと思い、島中を探し回る。
新キャラクター
- スタンリー
(声：土田大)
銀色の小型タンク機関車。今作の準主人公。グレート・ウォータートンの工事のリーダーに任命され、仲間たちから注目を浴びる。しかし、トーマスから反感を買い悪戯の標的にされてしまう。
歌
- みなとにいこう（原題：『Thomas and James are Racing』）
- しごとがたくさんあるからね（原題：『Jobs A Plenty』）
- トーマスはどこ?（原題：『Where, Oh Where is Thomas?』）
- きかんしゃトーマスのテーマ2（原題：『Engine Roll Call (The Great Discovery Ver.)』）
- トーマスラップ（原題：『Thomas, You're the Leader』）
