2012年10月から放送開始。なお、話数は遊戯王ZEXALから継続。
エクシーズモンスターを魔法カードでランクアップさせることで召喚する対ナンバーズ・モンスター、「カオス・エクシーズ」や、バリアン世界の刺客が使用するオーバーハンドレッド（100越え)ナンバーズなど新たな要素が登場した。また、凌牙の妹璃緒や謎の転校生真月零などの新キャラクターが登場した。
WBCで優勝した九十九遊馬がある日、仲間達と一緒にデュエルを楽しんでいた時、アストラルの記憶のかけらナンバーズを狙う暗躍達の影がいた。その奴らの正体は、アストラル世界と敵対するバリアン世界だったのだ！
概要
九十九遊馬が優勝を手にした
WDC（ワールド・デュエル・カーニバル）が幕を閉じ、
平和が訪れたハートランド・シティ。
遊馬とアストラルも、仲間たちとともに学園生活に戻り
デュエルを楽しんでいた。
一方その陰で、アストラルの記憶のかけらである
No.（ナンバーズ）を狙い、暗躍している者たちがいた。
それはアストラル世界と敵対するバリアン世界。
彼らはモンスター・エクシーズをカオス化する
「RUM（ランクアップマジック）」を切り札に、
遊馬たちの前に立ちはだかる！
遊馬とアストラルは、想像をはるかに上回るバリアンのデュエルに驚愕する…。
しかしこの危機に、
「アストラル世界を救いたい！」という遊馬の強い想いに動かされた
カイトと凌牙が再び集結。
3人は仲間との絆を胸に、エースモンスターを従えデュエルに挑む！
遊馬とアストラルの新たなる闘いが、今始まる！！
(公式サイトより引用)
