しかし、レベルシステム導入によるボス敵の体力増加や強制的なエイリアとの無線通信会話の導入によりゲーム進行のテンポが悪くなったり、ストーリー分岐の条件が完全な運任せ、さらに前作ではボス敵にもキャラボイスが実装されていたのに本作ではエックスとゼロ、本作の新キャラであるダイナモしか声が収録されていない(しかも敵となったエックスは一応喋るのにゼロが喋らないのを見るとゼロのは前作の汎用ボイスの流用のようだ)など、演出面においての評価があまりよろしくない。

これらの要素から、クソゲーと呼ぶまでには至らぬものの、単体のアクションゲームとして見てもかなりクセがある為、結果的に賛否両論の声があがる作品という総評を受ける事となった。

実は本作でシリーズそのものを完結させるつもりでいたらしいが、その後いつの間にかX6の開発が始まっており、そのままシリーズ継続となったらしい(ロックマン・ロックマンX　オフィシャルコンプリートワークスより)。

つまり、ヘタをしたらロックマンゼロシリーズ及びロックマンZXシリーズそのものが存在しない可能性もあったわけである。

ロックマンシリーズでも恐らく初の早い段階で最終ステージが出現する進め方がある作品である。

ストーリー

レプリフォース大戦から数ヶ月、地球に平穏な時間が続いていた。

大戦の影響で被害にあったスペースコロニー群の修復もほとんど終わり、残すは、月のラグランジュポイントに浮かぶ超巨大コロニー「ユーラシア」の工事のみとなっていた。

だが、そんな平和は一瞬にして崩れ去る……

何者かによってユーラシアが占領されたのだ。

人工重力装置のコントロールを奪われ、地球へと向かう軌道に乗ってしまったユーラシアは、このままでは16時間後には地球と激突してしまう事態に。ユーラシアが衝突すれば地球はほぼ壊滅状態になり、最悪の場合、消滅の恐れまである。

地球存亡への残る手段は、旧時代のギガ粒子砲「エニグマ」の砲撃による撃墜か、マニュアルでしか動作しない「スペースシャトル」に乗りこんでユーラシアを破壊する他にない。

さらにこの任務をこなせるのは、イレギュラーハンターのエックスとゼロ以外には存在せず、地球の未来は二人に委ねられる。

地球消滅まで、16時間。

エニグマとスペースシャトルの再起動パーツを求めて出撃するエックスとゼロだったが、謎の傭兵「ダイナモ」の妨害、そして何者かによる暗躍が、2人の秘められた運命を加速させていく……

登場キャラクター

メイン

ゼロ (CV:置鮎龍太郎)

ボスキャラクター

クレッセント・グリズリー体力半減後はクレッセントショットの巨大化版メガクレッセントショット

ボルト・クラーケン

シャイニング・ホタルニクス体力半減後はプリズムレーザー攻撃が追加

タイダル・マッコイーン体力半減後はスピードの速い氷ブロックを連射

スパイラル・ペガシオン

スパイク・ローズレッド体力半減後は分身やローズカッター(バラの花びら落とし)が追加

ダーク・ネクロバット体力半減後は巨大な超音波ダークウェーブ

バーン・ディノレックス体力半減後はグランドファイア⇒バーンタックル

シャドーデビル

ランダ・バンダW

エックス：ゼロを使用して零空間3へ行くとボスとして登場、アルティメットアーマーを装備して前作X4の特殊武器を使用する。

ゼロ：エックスを使用して零空間3へ行くとボスとして登場、OPステージでバスターが破壊されても平然と使用している。

覚醒ゼロ：シャトルも失敗またはゼロでVIRUS状態を13回もなると、ゼロが使用不可になり本来ゼロと戦う場所で代わりに出てくる。一定時間が経つと常時無敵になり即死技を連発してくる。

シグマヘッド

サイコシグマ

ファイナルシグマW

新しい基本操作

しゃがみ

地面に立っている時、下ボタン

立ち止まり膝を折ることで、ダッシュ中と同じだけ姿勢を低くする。

上半身部分の当たり判定を無くすことで、一部の敵の攻撃を避けることができる。

また、しゃがみ時の攻撃は通常時より高さが一段階低くなるため、地面沿いの敵に攻撃しやすくなる。

この操作は、ロックマンX7まで続いたが不評だったらしい。

後にアプリのロックマンXDiVEで再登場した。

ロープつかまり

ステージに設置されているロープのそばで方向キー上を押すと、ロープにつかまることができる。

つかまっている間はロープの伸びている方向にのみ移動ができ、ダッシュも可能で降りる際はジャンプボタンを押す。

ちなみに、ロープにつかまっている時にダメージを受けるとロープから落ちてしまうが、この時方向キー上を押し続けていればすぐにつかまり直して落ちずに済む。

新システム

エイリアからの通信

ステージの各ポイントにて強制的に現れる、エイリアからのサポートメッセージ。

ステージ攻略のヒントなどを聞くことができるが、ON/OFFの機能がないためゲームのテンポを悪くする要因となってしまっている上に下手をしたら被弾や即死に繋がるためサポートどころか邪魔になっている。

次回作の「ロックマンX6」からは改善されている。

ウィルスゲージ

本作特有のゲームシステム。ゲーム中に現れる「シグマウィルス（もしくはゼロウィルス）」に触れることで、「NORMAL（ノーマル）」、「CAUTION（コーション）」、「DANGER（デンジャー）」、「VIRUS（ウィルス）」と段階的にゲージが上昇する。

VIRUSはウィルスに冒された状態であり、エックスの場合は体力が徐々に減少、ゼロの場合は体力が全回復し、更に一定時間無敵になる、しかしゼロの場合何度もVIRUSになってしまうと…。

ゲージは一定時間で回復する。

なお、本作の解説書ではイの字は大文字ではなく小文字で記載されている。

レプリロイド救出

ステージ各所に配置されている傷ついたレプリロイドに触れることで、残機が1つ増え、体力が回復する。回復量は救出したレプリロイドによって違う。

この救出システムは後の2作品でも使われたが、ストレスになるとの意見も多かった（特にロックマンX6）。

今作では救助待ちレプリロイドが死亡せず救助しても何度も出てくるためアイテムに近い存在である。

ミッションレポート*

ステージを攻略すると、エイリアがその経過をレポート形式で解説してくれる。

クリアタイム、倒した敵の数、受けたダメージ値、そしてそれらの総合成績である6段階のハンターランクが表示される。

MEH←PA←GA←SA←A←B

DNAセレクト

ボスを倒してステージを攻略した時のみに表示される。ボスから手に入れた「DNAプログラム」を解析し、エックスの特殊武器やゼロの必殺技、各種パーツを作り出す。DNAプログラムには3段階のレベルがあり、そのレベルに応じて入手できるアイテムも変化する。

強化パーツを入手するためはわざとゲームオーバーからのステージセレクトを繰り返してボスのレベルを上げないといけない場合もある。

また、上見を満たしてもすぐに完成するわけではなくゲーム内時間で一定時間が経たないと入手出来ない。

ウェポンセットアップ

コロニーを破壊するためのエニグマとスペースシャトル。両者をパワーアップさせるアイテムを集め、コロニー破壊率を上げる。ウェポンは特殊武器を持つボスキャラクターが所持している。

ちなみにエニグマは最初からパワーアップさせるアイテム無しでも起動可能であるが、成功確率は低い上に(特にエニグマ)この両者はどちらもアイテムを揃えたところで結局は運任せである。逆にいえば超低確率で即発射・シャトル発進しても成功することがある。

ちなみに成否を決めるのは発動前の直前のステージクリアで抽選しているらしく、ステージクリアでセーブした場合はその判定で固定される模様。つまりリセットして発動をやり直しても結果は同じになる。

またコロニー破壊成功or落下後に8ボスステージに行ったりボスを倒してウェポンセットアップパーツを入手すると「今さら手に入れても」的な辛辣な台詞を言われる。

アーマー

エックスはカプセルに入ることで新たなパーツを取得し、パワーアップするという特殊能力を持っている。カプセルはステージの特定の場所に隠されており、カプセルに入ればそのパーツを入手できる。本作では、機能的に異なる3つ（アルティメットアーマーを含めれば4つ。）のアーマー（フォースアーマー、ファルコンアーマー、ガイアアーマー）が使用可能。

各パーツは、シグマウィルスの影響でライト博士がデータの形で渡してくる。そのため、アーマー自体は該当する4つのデータを全て揃えないと使用することができない。データの取得自体はゼロでも可能である。なお、本作のカプセル発見時のBGMはシリーズ第1作のもののアレンジである

強化パーツ

本作から導入されたシステム。

ボスを倒すことで入手できるDNAプログラムによって作り出せる装備アイテム。装備はセットアップ画面にて行える。装備できる数はキャラクターや装着中のアーマーによって変わる。また、1回のプレイにおいてすべてのパーツは入手できない。周回システムも存在しないため、強化パーツ画面が全て埋まることはあり得ない。（但し、改造コードを使えば全て埋まる事が可能。）また、難易度を「やさしい」にするとボスのレベルが上がらないため使用不可、入手不可能になる。

ノーマル

スピードムーブ - 移動速度が上昇する。

ハイジャンプ - ジャンプ力が上昇する。

ハイパーダッシュ - ダッシュ時の速度が上昇する。

エナジーセーバー - 特殊武器のエネルギー消費量が半減される。

スーパーリカバー - アイテム入手時の回復量が上昇する。

ウィルスバリア - ウィルスによるダメージを半減する。

バスタープラス - バスターの攻撃力が上昇する。エックスのみ、装備時は通常弾の色が赤色に変化する。

スピードショット - バスターの速度が上昇する。

ショックアブソーバー - ダメージを半減し、ノックバックを防ぐ。

ウィルスバスター - ウィルスを攻撃で掻き消せるようになる。

エックス専用