概要
異能という公にしずらい現象を特権的に扱い、自分たちもまた特権的に異能を駆使することを許された表向きは存在しないことになっている秘密組織。
国木田曰く「世間に存在すら知られていない特務機関」
フィッツジェラルド曰く「表向きはないことになっている秘密組織」
紅葉曰く「国内最高峰の秘密異能組織」。
その仕事は国内の異能者を統括する事と異能組織犯罪を取り締まるという主に二つ。しかしながら、後者については「監視ばかりで自ら裁くことのない特務科のことを《ウォッチャー》と呼んで揶揄する人たちが多い」と書かれていることからあまり機能していない様子である。
メンバー
作中の表現から所属する人間はほぼ全員が異能者で構成されており、極めて強力な異能者を有する。
作中では「相手の記憶を引き出す専門家」や「対異能者制圧では国内最強と云われる黒い特殊部隊、通称『闇瓦』」の存在は判明しているが、名前と異能が分かっている人物は僅か2人である。
また、武装探偵社社員の泉鏡花の両親は、2人とも特務課に勤めていた優秀なエージェントだったが、現在は死亡している。鏡花の異能『夜叉白雪』は元々は母親の異能である。
CV：立木文彦
内務省異能特務課長官。異能は不明。福沢が武装探偵社を立ち上げる際にも尽力した人物で、福沢には『種田先生』と呼ばれる。
また、ポート・マフィアを抜け「人助けが出来る仕事がしたい」と言った太宰を武装探偵社へと入社させた人物。
CV：福山潤
内務省異能特務課参事官補佐。異能は『堕落論』
4年前まではポート・マフィアに潜入し太宰からは『マフィアの凡てを識る男』と呼ばれたマフィア所属の情報員でもあった。
太宰の友人であったが今現在は会うと互いに殺伐とした雰囲気を見せる。だが、忠告を促すなど完全に仲が切れたわけではない様子。
辻村にとっては上司で先輩。その説明によると『凄腕の特務科エージェント。かつて幾つもの秘密作戦を成功させてきた、対異能犯罪の達人』。
CV：高橋李依
（外伝小説『綾辻行人VS.京極夏彦』のPVで担当。）
内務省異能特務課配属2年の新人エージェント。異能は『きのうの影踏み』。影の中に確かな形を持たない異能生命体が能力でほとんどの人間には『影の仔』と呼ばれている。
辻村自身は知らないことだが元々は娘やほとんどの同僚には死んだと思われている母親の異能でありその母親が与えた『娘が殺そうとした相手を、娘より先に殺せ』という命令を着実に守っている。但し、あくまで辻村自身は知らないので自身の命令を聞かないという点が悩みになっている。尚、この異能は外伝の最後で綾辻行人によって潰された為現在は存在していないと考えられるが詳細は不明。
仕事は、特一級危険異能者で『殺人探偵』、『凍った血の死神』と呼ばれる綾辻の監視・管理。
ただ実際には、頭の良い綾辻に良いように使われている。本人にも「扱いやすい人間」だと言われている。
母親は同姓同名で娘は知らないが元は異能戦闘のスペシャリストで特務課のエージェントだった。しかし敵を作りすぎた為に一線を退かざるを得なくなり、殺すはずだった綾辻に生存を保証する代わりに自らの死の偽装を依頼した。現在は局長補佐だが綾辻には「決して表に出ず特務課を取り仕切る影のボス」だと言われており、本人も否定はしなかった。
仕事内容
敵異能組織への潜入や壊滅、危険だとされる異能者の監視など異能関係の仕事はほぼすべてである。そのせいで司法省などとは折り合いが悪いらしい。
また異能の研究などにも力を入れており、異能の特異点などはその1つである。
その他、要注意監視リストと云うものも作っており4年前時点では太宰もその常連だったようだ。
