人物像
コロニーが落下した状態で、零空間ステージ3 ～覚醒～ にエックスで行くと登場するボス。
ウィルスによって真の力に目覚め、エックスの敵となったゼロである。
シグマウィルス反応は発していないものの、妖しげな紫色のオーラを纏っており、
この姿こそがDr.ワイリーが本来想定していたゼロの姿と思われる。
覚醒前に比べて攻撃力が上昇しているうえ、HPゲージもボスレベルLv.96クラスの量を持つ。（難易度を「やさしい」にしても、ファイナルシグマWと同じ量（Lv.96の20％引き）である。）
覚醒前の攻撃に加え、専用技である円月輪、一定時間が過ぎると即死攻撃である幻夢零を放つ。
使用技
真月輪（しんげつりん）
ゼットバスターのエネルギーを円形にして、エックスと同程度の大きさの光輪を2発放つ。
さらにこの光輪には追尾能力があり、エックスの手前で静止したのち、
ゼロが電刃零を放つと同時に再追尾してくる。
電刃零（でんじんぜろ）
エックスの位置を狙って、ゼットセイバーの刃部分を飛び道具のように放つ。
真月輪と併せて、ロックマンX2で使用した「ダブルチャージウェーブ」の強化型と言える。
覚醒前のゼロも使用してくるが、覚醒ゼロが使うものはスピードが増している。
電刃の強化版らしいのだが、電撃は纏っていない。
ダッシュ
エックスに近づくように、ダッシュを使ってくる。
真・滅閃光（しん・めっせんこう）
滅閃光の強化版。
腕に溜めたエネルギーを開放。拳を地面に叩き着けて地面から複数のエネルギー弾を放つ。
攻撃範囲は広いが、滅閃光とは違って全て上方向に飛ぶうえ、発動中も無敵になったりはしない。
幻夢零（げんむぜろ）
戦闘が長引いた場合に発動される最強技。
全エネルギーをセイバーに集束し、セイバーで部屋全体に及ぶほどの巨大な衝撃波を放つ。
即死技であり、喰らうとライフの上限に関係なく1ミスとなる。
ギガアタックなどを使用して回避することは可能だが、たとえ回避したとしても
ゼロは無敵状態となってこの技を出し続けるため、発動した時点で１ミスは確定してしまう。
戦闘開始から1分52秒後に発動されるため、それが覚醒ゼロ戦のタイムリミットとなる。
撃破した直後に放ってくるイベント演出用の技。
何故エックスの特殊武器であるソウルボディを使えるのかは不明である。
（同様の技である疾風という説もある）
関連イラスト
