シャイニング・ホタルニクス
しゃいにんぐほたるにくす
さあ、最後だ…。ワシを楽にしておくれ！
異名：知性の輝き
ホタル型老人レプリロイド。頑固な性格で姿も口調も老人派。レーザー装置を所有。
レーザー工学の権威であるが、自分の研究が兵器に利用されるのを恐れ、最近は彼の研究成果を目に見る事が少ない。
イレギュラーハンターのやり方に疑問を抱いており、常に非協力的。ただし、エックスルートでは、自身も既にウィルスに侵されてしまっており、あくまで間違ったことをしつつも意志を貫かせてほしいとのスタンスを取る。ゼロルートでは今でも解析されていないエックスとゼロのボディには興味を抱いており、戦いを挑む。
エグニマ発射後のエックスルートの場合では、駆け付けた際にはウィルスで意識を失いかけており、そのままイレギュラー化してしまう。
自身の趣味により、ラボの外見を城塞にしており、地図上の位置ではカムチャッカ半島辺りに位置している。
プリズムディスターブ
エネルギープリズムを応用した、瞬間移動のような移動を繰り返してくる。
体力ゲージが少なければ少ない程、スピードが増す。
ウイルレーザー
誘導機能がついた蛍型ミサイルを発射する。
体力ゲージが少なければ少ないほど、スピードが増す。
プリズムレーザー
尻の発光器から、爆破性質を持つレーザーを照射しながら、縦、もしくは横に移動してくる。
プリズムショット
床にエネルギープリズムを8個、一つずつ設置し、一つずつ回収していく。
ウイルレーザー（エックス）
通常：蛍を思わせる、ゆっくりと動く小型ミサイルを発射する。光の軌跡にも攻撃判定がある。
弾は方向キーでコントロールが可能。ただしその間エックスは操作できず、無防備となる。
狭い隙間にも侵入でき、先端のミサイルが何かにぶつかって消滅しない限り永久的に飛び続ける。
燃費は悪い。（アーマーを装着してエネルギー消費を抑えても、最大12発しか使えない。（特殊武器ゲージが初期状態の場合。））
ネクロバットステージにある、特定の壁を破壊できる。
チャージ：一定時間、前方に極太のレーザーを放つ。こちらは発動中も移動可能だが、梯子を降りる事ができない。
ちなみに、発動中に□ボタンを連打すると、レーザーの発射時間が少しずつ延長するという裏技が存在する。
滅閃光（めっせんこう）（ゼロ）
地上で、ギガアタックボタン。
拳にエネルギーを溜めて、「くらえぇぇぇ！！」の声と共に地面を殴り、それによって拡散したエネルギー波を9方向にまき散らす技。
発動中は無敵状態となる。エネルギー消費技。
ロックマンX4における落鳳破と比べて、エネルギー消費量が少なかったり、敵に当たっても消えずに貫通するなど性能が改善されている。
滅閃光の武器エネルギーは、ダメージで回復可能。
ダーク・ネクロバットの弱点。
