レプリフォースの反乱の際には、ゼロがイレギュラーハンターを離脱、イレギュラー認定されながらも戦っていた所を、敵味方の区別なく救助活動を続けていたアイリスの部隊に匿われ、残されたエックスは守るための闘いを続けるが、己の無力さを痛感するあまり禁断のアーマーに手を出して闇墜ちするなど、ドラマ性の強い独自の展開を見せる。

編集方針変更のアオリを受けたのか展開が少々駆け足気味になってしまい、序盤で強敵として持ち上げられていたマグマード・ドラグーンが、再登場時には既に残骸と化していたりする。

（復刻版コミックスにはドラグーンとの闘いが書き下ろされている。）

最後はゲームのエンディングを先走る形でジェネラルが身を挺して最終兵器の発動を食い止め、残すところはシグマとの決戦のみという状況で、別々の道を歩んでいた二人が再会、共に最終決戦に向かう…というところで終わっている。

ボンボンでの『ロックマンX』連載はこの「X4」をもって完結した。

登場キャラクター

イレギュラーハンター

エックス（CV:伊藤健太郎）

ゼロ（CV:置鮎龍太郎）

ダブル（CV:松本保典）

レプリフォース

アイリス（CV:水谷優子）

カーネル（CV:山野井仁）

ジェネラル（CV:大友龍三郎）

ウェブ・スパイダス（CV:二又一成）体力半減後は部屋の中央に巨大な蜘蛛の巣を張る

フロスト・キバトドス（CV:岡和男）体力半減後は氷をまき散らす攻撃

スラッシュ・ビストレオ（CV:長嶝高士）体力半減後は飛びつき攻撃が追加

ストーム・フクロウル（CV:岡和男）体力半減後は部屋の中央から四方への竜巻攻撃が追加

ジェット・スティングレン（CV:細井治）体力半減後は吸い込み攻撃が追加

イレギュラー

マグマード・ドラグーン（CV:長嶝高士）体力半減後は火山弾攻撃が追加

スプリット・マシュラーム（CV:まるたまり）体力半減後は毒ガス攻撃が追加

サイバー・クジャッカー（CV:二又一成）

シグマ（CV:麦人）

イレギオン

その他

ライト博士

ワイリー（CV:青野武）

小話

主題歌『負けない愛がきっとある』は、当時歌手として活動していた仲間由紀恵である。
- 雑誌の１コーナーで主題歌と共にゲームの宣伝もしていた。
本作の限定版仕様『リミテッドパック』では、当時展開していた「メガアーマー」シリーズが同梱していた。内容はエックスの専用素体と隠し装備であるアルティメットアーマー。設定イラストにあるアーマー単独での飛行形態も再現できる優れものであった。しかし、これを最後に国内での「メガアーマー」シリーズの展開は終了している。
マグマード・ドラグーンステージでは、ライドアーマーに乗ったままドラグーンに挑むことができる。今までのシリーズで「ライドアーマーでボスと戦えたら・・・・」というファンの望みが叶ったが、動きが鈍いために攻撃が避けづらく、大抵相手の体力を1/3程度削ったところで壊れてしまう。しかし、上達していくと攻撃を避けられる様になるため、ライドアーマーに乗ったまま倒してしまうということもできなくはない。
ロックマンXDiVEの公式Twitterにて発売日記念で初めてプレイしたキャラはどっち？という投票ツイートを行ったらなんとエックスの方に票が多く、シナリオ面で優遇されているゼロは後回しにしていたプレイヤーも多かったらしい。