大学卒業後は、幾つかのコンテストでライトと競い合う事になる。周囲からの理解が得られないためそれが評価に響きライトの陰に隠れていたものの、純粋な技術力では引けを取らないどころか、ある意味でライトをも上回る天才であったとも言われる（例を挙げるならば、ライト博士は時間を遅くするタイムマンを開発したがワイリーは時間を止めるフラッシュマンを製作している。この他にもシャドーマンは地球外の技術が使われているとされる）。ワイリーは、いつも1番の座をライトに取られてしまい、自らは万年2位の座に甘んじざるを得なくなる。

この屈辱に我慢がならなかったワイリーは、やがてロボットのみに愛情を注ぐようになり、その後ロボット工学界から姿を消す（『ロックマンロックマン』では目に余るほどの悪質な理論によってロボット工学界から追放されたということになっている）。

自らを理解しようとしなかった周囲への復讐として、世界征服の野望を画策し始めた。

予算のやりくりには苦慮しているが、それが却って面白い発想のロボットを作り出す事も。例えばレーシングカーのような見た目のターボマンは昔の愛車をロボットに改造したものである。

こらそこ、「毎回基地作ってるから予算がないんじゃないの？」とか言わない。

シンボルマークはWあるいはドクロマークで、ドクロはワイリーマシンによく取り入れられるモチーフである。

結構な作品でUFO型の乗り物に乗っているのだが（幌が開くタイプが有名）、UFO好きなのであろうか?

これらのメカの操縦に代表されるように意外にアクティブな爺さんであり、アマゾンの奥地へ向かう際には自家用車を乗り回している。

この他にも恐竜が好きなようで6ではメカザウルス、7ではキング・ガジュラスという恐竜型メカを投入している。

ロボットに対する愛情やワイリー自身の実力は確かなものがあるが、その一方で他人の作ったロボットを強奪・改造して配下にする（『1』、『4』、『6』、『9』はそれが顕著）、世界征服には全くの無関心であったDr.コサックを人質を盾に脅迫し悪事を働かせる、邪魔な存在であるブルースに無実の罪を着せるなど、やってることは基本的に外道であり、その行いによって犠牲になった人間やロボットの数は半端ではない。ゆえに純粋な悪とみなされ抹殺されても仕方ないレベルである（実際、温厚で優しい性格のロックマンですら、度重なる悪行に怒り7のEDではロボット三原則の第一条「ロボットは人間に危害を加えてはならない。また、その危険を看過することによって、人間に危害を及ぼしてはならない」を自らの意志で破ってまで殺害を試みた（海外版に至っては「死ね」と言い放った）ほどである）。詭弁とはいえ、『ザ・パワーファイターズ』ではロボットを倒し続けるロックマンに対して自分と同類だと皮肉るシーンがある辺り、弁も立つようだ。

ロックマンロックマンでロックマン以外のライトナンバーズを選ぶと選んだロボットに対して以下のような理由で罵倒してくる。

エレキマン：ビリっとくるのが苦手
ファイヤーマン：熱いのがものすごく苦手
ボンバーマン：チャキチャキ具合が大嫌い
オイルマン：油っこいものが苦手
カットマン：木を切ることしか能のないポンコツ
ガッツマン：力はあるが鈍い
アイスマン：寒さが取り柄の役立たず

本当にロボットへの愛情はあるのかこの人は…?

なにはともあれ、肝心のロボットから信頼を寄せられている作品がないでもない。突っ込みどころが多いゲームとされる『スーパーアドベンチャーロックマン』では2から3までのボスのコアパーツを大事に保管していたと思しき描写があり、クイックマンからはDr.ワイリーが自分たちを破壊する筈がないと信頼されていた。

後に作られた『ロックマン9』では使用期限が過ぎて廃棄予定だったライトのロボットを改造して使用したことでロボットの使用期限がなくなったらしい描写があり、『ロックマン10』ではロボットに感染するウィルス「ロボットエンザ」を作成するなど、ロボットのイレギュラー化をもたらす「ロボット破壊プログラム」という、Ⅹシリーズへ繋がる伏線が追加されている。

また、『ロックマン11』ではワイリーが過去に開発した「ダブルギアシステム」の試作型をロックマンに搭載されるのだが、ワイリーが創り出した技術をロックマンが直接装備するというシリーズ初の展開となった。

また、あくまでも世界に自分を認めさせるのが一連の行動の本質なので人類やロボットが滅びることは本意ではないと『スーパーアドベンチャーロックマン』と語っている。Xシリーズでは彼らしき人物が世界を滅亡寸前に追い込んだだけでなく、ワイリーとライトの因縁から始まったイレギュラー戦争が尾を引いて人類が滅亡してしまっているのだが…。まあ、スーパーアドベンチャーが正史に組み込まれているわけではないので矛盾はないといえばそれまでだが。

最強のロボットを作成するという野望の過程で発見した「フォルテニウム」を組み込んで完成したのがフォルテである。しかし、フォルテニウムが最強なのは現在だけだと胡座をかく事なく熱心に研究を続け、遂に文字通りの最強のワイリーナンバーズを完成させている。

ダブルギアシステム

過去にワイリーは「ダブルギアシステム」なる技術を開発していたが、問題視され開発は凍結されてしまった。どうやらこれが学会を去りライトとワイリーの間柄が決裂した要因らしい。

これまで明かされなかった過去として、ワイリーのロボットの思想は「ロボットは心を持つだけじゃなく強くなくてはいけない、人間に認められるにはロボットはヒーローとしてあるべきだ」との考えがあった模様。

しかし、「ダブルギアシステム」はいわゆるオーバードライブ装置であり、ロボットの性能を飛躍的にアップさせる反面、ロボットに大きな負担をかける言わば諸刃の剣であった。

また、仮にこれが採用されれば、ロボット達はワイリーの望む「ヒーロー」と言うよりも「使い捨ての消耗品」や「戦争の道具」の様にしか扱われず、積極的に軍事利用されてしまう弊害があり、ロボット達を「家族」や「友人」として扱い共に歩んでいく事を理想とするライトが受け入れられず反対するしかなかったのも、当然と言えば当然であった。

なお、『ロックマン11』でワイリーが使用したダブルギアシステムの対策として、ライトがかつてワイリーの造った試作品をロックマンに組み込んだ事実を知った際は、ライトの事を「発明泥棒」呼ばわりして憤慨している。

自分が過去にブルースの改造を利用してライトの技術を盗んだり、彼の作ったロボット達を私兵にして散々利用してきた時の事実を完全に棚に上げた身勝手発言である。

実はロックマンが装備した試作品のダブルギアシステムはパワーギアはともかくとして、スピードギアは何故か試作品の方が稼働限界までは短いものの、ワイリーが使うダブルギアのスピードギアの性能を超えている。つまり、相手がスピードギアを使ってきた場合、ロックマンもスピードギアを使うとロックマンの方がスピードを上回る状態になっている事になる。もっと言うとスピードギアの性能をパーツで上げるとロックマンの動作が通常の速度と同じになる為、最終的にロックマンの方が上回る事となる。

皮肉にもロボットはヒーローであるべきという彼の原点は遠い未来にて実現する事になる。

Xシリーズ

方法は不明であるが、シグマが老人と認識する姿で彼との接触を図っていることも明らかになっている。また、明言こそされないが、後述関連項目にもあるサーゲスやアイゾックという2体のレプリロイドが如何にも彼ら自身がワイリーであるかのような言動を行ったり、ワイリーの作ったゼロに対する執着が強いなど深い関係性を感じさせるものとなっている。

以下はそんなサーゲスやアイゾックがワイリー自身であるという仮定の話になるが、無印の頃のワイリーが時折見せていたコメディチックな性格は鳴りを潜め、徹底的にライトとその遺作たるロックマンXを憎むマッドサイエンティストになっている。

このあたりは、無印～Xの間に本編では描かれていない大きな確執が生まれたのか、あるいはワイリー自身が狂気に飲まれたのか、もしくは単にサーゲスやアイゾックがワイリーの知識・技術・意識・記憶の一部等を何らかの形で継いだだけの全くの別人なのか色々な可能性が考えられるが、本編では深く語られていないため不明となっている。

ゼロの過去と思われる光景ではもはや世界征服というよりも最強のロボットを創り出す事に病的なまでに執心していたと思われる。ロックマンたちと戦う内にいつしか彼らを倒す事あるいは戦いそのものに生き甲斐を見出すようになったのだろう。

ただ無印シリーズの時点でロックマンワールド2で未来のロックマンが拐われてクイントに改造された並行世界が存在するため、このワイリーも無印シリーズで“何かがあった”世界線の人間なのかもしれない。

無印シリーズにおいては善と悪の関係でこそあれ、ロックマンがワイリーを救ったり（『ロックマン&フォルテ』）、ワイリーもロックマンを気遣ったり（『スーパーアドベンチャーロックマン』）、ワイリーがロボットエンザのワクチンを置いていったり（『ロックマン10』）するなど、憎しみ合う中で戦っているわけではないようであった。実際、『ロックマン11』ではライト博士からあらためて共同研究の道を提唱されている。

それからすると、Xシリーズのワイリーの性格はあまりにも歪みすぎていて、まるで別人のように成り果ててしまっている。

ワイリーが変貌したきっかけはなんだったのかは未だに不明のままである。

池原版でのワイリー

現在休刊となっているコミックボンボンで、最も最初にロックマンの漫画を描いた池原しげとの漫画でのワイリーについて。

数多くのロックマンの漫画の中でも、「冷酷非道なマッド・サイエンティスト」としての面が最も強調されており、良心的な部分など欠片も見せた事が無かった。

特にオリジナルストーリー（『ロックマン5』やロボット博覧会のロボット達を洗脳・拉致する要素から『ロックマンワールド4』のパラレルストーリーとも言える）である「甦るブルース」では、多くのロボット達を洗脳して戦闘用ロボットに改造させた上に、自らが造った偽のブルースであるワイリーブルースを黒幕にして全ての罪をブルースに擦り付け、更に自身は被害者を装っただけでなく、改心したと見せかけてワイリーパトロールを編成し、市民が自分を支持するよう誘導する等、悪辣極まりない手段に出ている。

おまけに本物のライトを自身が作成したロボットと入れ替えて、混乱の隙にビートやエディー、ロールちゃんまでバラバラに解体させ、ロックマンを半ば孤立に近い状態にまで追い込んでいる。

最も最後に描いたロックマンの漫画である『ロックマン7』では、ロックマンとの直接対決で、「お前達ロボットは世界征服の為の道具に過ぎん!!」「何体壊れようと知った事か!!」「お前（ロックマン）を倒す為なら、これからも戦闘ロボットを造り続ける!!」とまで宣った事からも、完全にロボットを自分の欲望を満たす為の道具としか思っていないのが窺える。

しかし、フォルテに関しては敗れた知らせを聞いた時に「心を持たせて失敗だったか?」という描写はあったものの壊されたと思い驚いていたりフォルテに助けられた時は

「強くしてやる。ワシが必ず強くしてやるとも」

と涙ながらに言っている等特別な感情を持っているように見える（ただし、池原版なので仮に8以降が出ていたとしたら扱いがどうなるかはわからないが）。

ありがひとし版でのワイリー

自他ともにトップクラスのロックマンファンと認めるありがひとしの漫画でのワイリーについて。ちなみに、ロックマン生誕20周年記念誌『ロックマン×ロックマンXコンプリートワークス』でありがひとしはワイリー、ワイリーナンバーズ、イエローデビルやメカドラゴンなどのイラストを寄稿している（カバー裏にロックやロールも描いている）。

4コマ時代からのサングラスとドクロネクタイがトレードマーク。ちなみに、これはカプコンから許可を得たので、『ロックマンリミックス』以降も定着。また、普段は眼鏡をかけている（ギガミックスで書かれる若き日のワイリーも眼鏡をかけている。老眼鏡である可能性もある）。

『ロックマンメガミックス』では、ゲームに近い性格であり、またオチの一コマを担当することが多かった。しかし「地球の掃除を始める。対象は諸君ら人類」と冷酷に言い切ってみせたり、その一方でDr.コサックが「戦闘のない世の中では不必要」としたスカルマンの封印を「かわいそうだから起こしてやった」「貴様の説くことは偽善にすぎない」と言って大元の原因が自分であることを思いっきり棚に上げて説くなど、その後に窺える思想やゲームで幾度も描写された醜悪な本質も垣間見える。また、『史上最強の敵』で、自らが開発したコピーロックマンの暴走でライトが投獄処分にされてしまった際は、「あとは一刻も早いライトの『死刑』を祈るのみじゃー!!」とまで宣っている。後の復刻版では、さすがに問題的と見なされたのか、『死刑』から『極刑』に変更されているのだが…あまり大差はないか…。

『ロックマンギガミックス』においては、若い頃は「ロボットに心を持たせる」という提案を上層部に認めてもらえなかったライト博士の唯一の理解者で共に「心を持つロボット」の制作していた過去があり、「罪のないロボットはたとえライト博士のロボットでも傷つけたくない」という言葉や、「ロボットの生き方はロボット自身に決めさせるべきで、造物主といえどそれを運命づけることは許されない」とライト博士に詰め寄るなど、それまで悪役としてしか描かれなかったワイリーのロボットに対する熱い想い、哲学が示されている。

また、デューオ（正確には元となる白いロボット）が、ワイリーシティを襲撃して、ナンバーズ達を問答無用で破壊しようとした際には、これまでのようにロックマンに負けて我先に逃げ出そうとせず（ロックマンの場合、残されたナンバーズ達に乱暴な処置はしない為）、負傷の身を圧してでも直接デューオに戦いを挑もうとする姿勢を見せる等、自らの造ったロボット達に親の情を持っている面も垣間見せており、シャドーマン、シェードマンなどのナンバーズがその想いゆえに従っている、という描写がなされた。

もっとも、ゲーム版同様に他人のロボットを改造・洗脳して悪事に利用したり、捨てられていたとはいえ玩具ロボットの電子頭脳を本人の意志を無視して戦闘用のボディに入れた挙句、自分の思い通りに動かないから処分するといった自分の身勝手な都合でロボットを平気で踏み躙る行為を度々行っており、デューオからは状況によって善にも悪にも立つ身勝手な者たちと指摘されている。

なお、ロックマン6の設定を土台とした『メガマックス』「史上最強の敵」編の設定資料によると、「ワイリーの5回に渡る世界征服計画に手も足も出なかったロボット連合が、Mr.エックスによる多額の出資金と技術提供によりロボット連盟に再編され（構成員は「連合」の面々をほぼ引き継いだ）、エックスの意向に基づき彼が初代会長に就任した」という旨が記載されている。

…………賢明なる諸氏は既にお気づきであろうが、「エックス＝ワイリー」と云う事実が判明している以上、彼が目論んでいた計画の真意について凡人の視点から理解しようとすると自家撞着しているふうにしか思えない。

とりわけ、『メガミックス』各話ではお世辞にも綺麗とは云えない「ワイリー基地（仮）」に居住し、莫大な借金を抱えてフィフスナンバーズを「時給戦隊アルバイター」（ダークマン4体も同様にあちこちで働いている）にせざるを得なかった当人が「多額の出資金」をどこから捻出したのであろう。

彼ほどの「天才」ならば、わずかな元手から投機などでたんまり稼ぎ出すことなど容易なのだろうか（事実、『ギガミックス』ではどこかの離島を完全に偽装した本拠地「ワイリーシティ」にガードロボットを多数配備しており、スペースルーラーズ事件解決後にも『ロックマン8』の「ワイリータワー」と同形状の基地を設立しているなど、資金難に喘いでいる言動はあまり見られない。シャドーマンが「博士の研究資金の足しとしてフィフスナンバーズがアルバイトに出ている」ことには言及しているのだが）。

尤も、ワイリーの視点に立って考えてみると「ロックマンとライトを自分の遣り方で跪かせる」という最大の目的を達成するためであればどのような回りくどい手段を用いても気にならないのかもしれない。

尚且つ、選りすぐりの精鋭が所属するロボット連盟を統括する立場にあること（その上、自分が提供した技術を基盤にして優秀なロボットが開発されていく事実）は彼にとって痛快でならなかったであろう。

『ギガミックス』「バーニングホイール」編でも「バトル&チェイス」にブラック4ローダーズに変装して出場し、レース途中で「あっさり正体をバラしおって！」とフォルテに激昂していることを鑑みるとエックスとしてもブラックリーダーとしてもロックマンを倒した時点で正体を明らかにして優越感に浸ろうとする「天才」特有の傲岸さと屈折した思考回路が為せる業と云えよう。

ロックマン9の前日談である『ロックマンメガミックス　誰が為に』では『自らの利益よりもロボットの権利を優先し、(物理的な手段とは言え)新法を利用して改正を行わせた』と取れる様な描写となっている(11以前のワイリーからすれば新法が改正されない方が性能の高いワンオフのロボットが廃棄されるので改造したり新規開発の材料として使えるはずである)。

これはロックマン11におけるワイリーの理想により補完されている。

ワイリーに取って新法は『本来なら人間から慕われ認められるロボット達をより人間の道具と強調する』という自分の理想を踏み躙る悪法以外の何でもなかったのである。

なお、このバランスを調整する為かありがひとし版では逆にフォルテが池原版のワイリーさながらの外道となっている。

ロックマンちゃんでのワイリー

本作では、ライトに恨みを持つロボット工科大学時代の級友達と『MEN's 6』を結成してロックマンに戦いを挑む。

性格はゲーム版のロックマン11に近く、コミカルではあるが非常に迷惑な人物として描かれており、ライトがMEN's 6との最終決戦を「一度でも私が頼んだり望んだりしたのか？この戦いを」と無視しようとした時には各国の主要都市をロボットで襲撃すると脅して他のメンバーから引かれてしまっている。

MEN's 6が総力を結集して製作したメカ・オロチがロックマンに敗れた後はランファント遺跡群に眠る古代のスーパーコンピューターラ・ムーンを利用して世界征服を企てていたのだが、ラ・ムーンが人類文明の破壊を開始してしまったためライトとロックマンに助けを求めてくる。

ラ・ムーンとその配下であるラ・トールに苦戦するロックマン達を援護するために、ロールの髪形とライトットの胸部パーツとラッシュのカラーリングを取り入れた次世代ロボットプロトレッドを送り込むが…。

ランファント遺跡群での戦いが終わった後はラ・ムーンのバリアを解析して、ロックマンの武器チェンジシステムを打ち破る機能を付けたロックマンキラー第1号エンカーを作り上げる。

ロックマンさんでのワイリー

カプコンが監修を務めた初代ロックマンの後日談を描くこの漫画では世界征服の野望を捨てた設定となっている。

現時点では本人の登場はないものの彼が作ったエアーマンやウッドマンなどのロボットは登場しており、世界征服のために作られた彼らが平和な社会に何とか順応しようとしている様子が描かれている。

ロボットを利用する正体不明のテロリストの正体が発覚したことで、ワイリーが間接的に関係していることが明らかとなり、その過程で隠遁している彼が登場する。

ロックマンXシリーズでのワイリー

「ゼロ・・・ワシの最高傑作・・・」

「倒せアイツを！ワシの敵！ワシのライバル！ワシの・・・生き甲斐！」

「行け！そして破壊しろ！アイツを！！」

ライバルであるライト同様、既に故人、ライトナンバーズを元にロックマン2以降、戦闘用ロボットを創造（つく）り出し世界を恐怖に陥れた『マッドサイエンティスト』として知られている。

シリーズの主要キャラゼロの製作者として『ロックマンX2』でその存在が発覚（しかも中ボスの一人として出ていたことが示唆されている）し、『ロックマンX4』では彼と思しき人物がゼロの夢に登場し、遂には『ロックマンX5』ではシグマの背後にワイリーが協力者として存在している事が（名前こそ出なかったものの）明かされ、『ロックマンX6』ではこれまた声と人相が非常によく似ている敵が登場するなど数タイトルにその存在を匂わせていた。主にストーリー中で破壊されたゼロの強化修復及びゼロの覚醒を目的に行動している。

実はワイリーが背後に存在することは判明前から伏線は張られており、『X1』ではボスキャラクターのライフバーにワイリーの象徴である『髑髏の紋章』が刻印されている。 X5においては以前倒されたボスキャラクター・イエローデビル、ランダ・バンダを強化復元し、シャドーデビル、ランダ・バンダWに強化しており、シグマに至っては『ロックマン3』で自身が搭乗していた未完成品である『ガンマ』のボディを与えており（ファイナルシグマW）、Xシリーズの中ボスは彼が設計したとされている。

ただし、延命装置により生身のまま生き延びたのか、ライト博士のようにプログラムとして存在しているのか、はたまたクローンを使って次代を乗り越えたのかは不明である。

なのでこの時間軸のワイリー＝ロックマンXのワイリーとは限らないという見方も存在する。

ちなみに『ロックマンX7』以降は音沙汰が無くなっている。

『ロックマンゼクスアドベント』では彼の名を冠する三賢人の一人として「マスター・アルバート」が登場しているが、関係は不明。

ロックマンエグゼシリーズのワイリー

ネット犯罪組織『WWW』（ワールドスリー）の総帥。

かつてはロボット工学の第一人者であり、ネットワーク研究者だった主人公の祖父、光正（ひかり　だたし）と共に2大巨頭として科学省で名を馳せていたが、技術の共倒れを防ぐためにネットワーク研究のほうへ資金が集中させる決定が下され、科学省を追われてしまった。それゆえに、自らの研究場所を奪ったネットワーク社会そのものを憎み、壊滅させるためWWWを結成した（とはいえ、ロボット工学が本分なだけであって、ネットワークの研究を行なっていなかったわけではない）。

詳細はDr.ワイリーを参照。

ロックマンDASHシリーズでのワイリー

シリーズ第一作目「鋼の冒険心」に登場。

物語の舞台となるカトルオックス島にある貸しボート小屋の主人として登場。やや偏屈なところはあるが善良な一般市民。貸しボートの殆どをボーン一家に盗まれて途方に暮れていたところを水中遺跡の探索を行なおうとしていたロックとロールに出会い、一隻だけ残ったボートを提供する。

ボートには遺跡探索をするための設備があった為、かつてはディグアウターではなかったのではないかとロールは推測している。

流星のロックマンシリーズでのワイリー

流星のロックマン3にてワイリーによく似たヨイリー博士が登場。サテラポリスの科学者で、星河スバル達を温かく見守る好人物。ワイリーとは違い、頭は禿げておらず、お婆さんである。

他者に対してはちゃん付けで呼ぶ。

もし、ワイリーがロックマンに全面的に味方する善玉だったらという発想に対するアンサーキャラともいえる。

しかし過去に過ちを犯しており…。

ちなみにワイリーの子孫かは不明。

名前の由来はワイリー→悪いりー→善いりー→ヨイリーと思われる。

外部出演

大乱闘スマッシュブラザーズシリーズ

『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS / Wii U』では「ワイリー基地」が選択ステージのひとつとして登場するが、ワイリー本人は『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS』でコレクション用フィギュアとして土下座シーンが再現されたもののみが登場（なお、『for Wii U』にもフィギュアは収録されているが、こちらは土下座シーンではない）。

『大乱闘スマッシュブラザーズSPECIAL』にてプレイアブルキャラクターでこそないが、アシストフィギュアとして参戦。『ロックマン7』のワイリーカプセルに搭乗している。

なお、同じくアシストフィギュアとしてゼロが参戦。この二人がまさかのスマブラで初共演となった。スピリッツバトルにおいてはワイリーは「LEGEND」であり、装備するスピリットの対策を練らないと強敵である。

なお、アシストフィギュアのワイリーを撃破すると土下座する。そしてクリアゲッターで「勝ちあがり乱闘」の「ロックマンでクリアする」を解除するとやはり土下座。

ROCKMAN 20XX 〜戦え！TEAM SHACHI〜

2019年に31周年を迎えた『ロックマン』シリーズとTEAM_SHACHIの楽曲「Rocket Queen feat. MCU」のコラボゲームには汎用型人工知能「Dr.ワイリーAI」が登場する。

本人（本プログラム？）曰く「世界を征服するためにAIとなって復活した」と豪語することからワイリー博士の人格と記憶を継承しているらしい。

ロボットと人間が共存するIoT化が進んだ平和な時代「AD20XX年」、高齢化して「老ボットホーム」で余生を送るロックマン（ロールちゃんやブルースの容貌も年齢を重ねたものになっている）らが観劇するTEAM SHACHIの慰問コンサートに急遽乱入、「邪悪なコンピューターウィルス」をロックマンに感染させることによりそれまでの人格を一切合切忘却させ、世界を攻撃する破壊兵器に貶めてしまうという、番外編とは云いながらもシリーズを通じて桁違いの悪事を決行した。

今作ではライト博士の人格と記憶を継承した「Dr.ライトAI」も登場し、TEAM SHACHIの4名にそれぞれ異なった戦闘能力を付与してロックマンを暗黒面から復帰させるべく共に戦う――初代『ロックマン』でロックを戦闘用ロボットにした時の葛藤はどこに行ったのだろう。

まあそれはひとまず置いておいて、最終決戦ではかの「Dr.ワイリーAI（往年の姿と瓜二つ）を頭部に頂く巨大破壊兵器」と戦うことになり、ロックバスター同様の銃火による弾幕と右腕の砲身から撃ち込まれるぎらつく奔流を避けながら弱点の眼部（防護が解除されたときのみ攻撃が通用する）を攻撃することになり、撃破すると機軸となっていたロックマンを救出することができる。

なお『ロックマン2』の8大ボスが全員登場する（それぞれ老化した容貌かつ戦闘能力を大幅に喪失している）のだが、その際「ワイリーに再び操られてしまった」と云う説明があることから、ワイリー博士が晩年に彼ら8人の自由意志を尊重したことが類推される。

ちなみにこの態度は『ロックマンギガミックス』第2巻でも強調されており、同様に「年老いたロックマン≒未来のロックマンを改造して配下にした」「ウィルスによってロボットの理性を喪失させて破壊行動に従事させた」「両博士が双方ともに没後の世界へ干渉するつもりだった」など、ゲーム本編や派生作品の設定から換骨奪胎を試みていることが窺える。

小話

ワイリーといえばやはり『土下座』がシリーズを通して（ロックマンワールド2を除く）名物であり、9でロックマンに今までの土下座シーンを見せられる程（ちなみに9のプロローグでいきなり土下座から始まる）。

ロックマンワールド5ではなんと撃破後に真のラスボスによって途中退場させられた為、エンディングの最後の最後で土下座する珍しいパターンになっている。

他にも「瓦礫に押し潰されても死なない（※）」「どんなに高い所から落ちても大怪我をしない」「ワイリーマシンやカプセルの爆発でも割と無傷」「宇宙空間で撃墜された後に地球へ流星のごとく落下してとてつもない大きさのドクロ雲が立ち上る程の激突しても生きている（ワールド2）」「ワイリーUFOが脱出途中に墜落して爆発しても死なない（ワールド3）」という、ある意味人間離れしているところもある。

別の見方をすると、本当に人間なのか、そもそも本当にワイリー本人なのか疑う余地はある。ロックマンX2で明確な疑惑が投げかけられたが、それ以前の作品でもロックマン2でのホログラム投影装置、ロックマン3でのワイリー本人と見紛う姿のロボット、膨大な数のロボットを乗っ取って支配する、独創的な城まで建てておきながら未然に発見される事なく犯行に及んでいるなど、何かを偽装しようと思えば容易く行えるだけの科学力を持つ事は窺える。

※…ロックマン3のエピローグにおいて、脱出してきたとおぼしきワイリーのUFOが映っている。ただし、同作でワイリーマシン3号の破壊後、コックピットからワイリーの姿をしたロボットが出てきたという点は考慮する必要があるだろう。