政府以外では唯一レプリロイドのイレギュラー認定・現行犯処刑など、一介の公務員を超えた絶大な権力を誇る。また、X5のシーンを見る限りでは有事での復興指揮など、イレギュラー破壊以外での権限も大きい。そのために他の組織といざこざを起こしたり他のレプリロイドから不信感や不快感を持たれることも多い。場合によっては「悪魔のイレギュラーハンター」と名指しされる事もある。

シグマの反乱で多数のイレギュラーハンターが人類に牙を剥き、鎮圧以降も何らかの形で現役イレギュラーハンターや退役したハンターのイレギュラー化も多発しており、組織への反感を大きく煽ってしまっている。

また、レプリフォース大戦の様に短絡的にレプリフォース全体をイレギュラー認定した事が全面戦争に戦乱の原因になってしまった事もある（しかし、イレギュラー認定は基準そのものが曖昧であり、判断が非常に難しい。更にレプリフォース大戦はレプリフォースが「人類への反逆を否定」しながら武装蜂起しているとはいえ、行動に至る経緯は短絡そのものであったため、一概にイレギュラーハンター側に全ての原因があるとは言えない）。

漫画版X4では、シグマの反乱が起きた際に戦力の増強よりも上層部の面子を優先する形でレプリフォースに協力を要請しなかったせいで事件の被害を拡大させてしまった事が語られている。

つまり、二重の意味でイレギュラーハンター側が甚大な被害を与えたと言えるのだが、前述の失態の事実が公になった場合、イレギュラーハンター側への責任追及は避けられないのは火を見るよりも明らかであり、(大損害を出したにもかかわらず)事件解決後に世論がイレギュラーハンターを称賛してレプリフォースに対しては「非協力的」と糾弾した事から、上層部が保身のために失態の隠蔽に走ったと思われる。

PXZでの掛け合いによると、マスコミ対策は欠かさず行っているようだ。

部隊編成

部隊は0〜17までの全18部隊に得意とする任務ごとに分けられている。

第0特殊部隊:別名・忍び部隊。隠密・諜報活動に長けたチーム。

隊長:不明→ゼロ

副隊長:エクスプローズ・ホーネック

所属:マグネ・ヒャクレッガー

第4陸上部隊:砂漠など過酷な陸上地域での任務を主とする部隊。

隊長:バーニン・ナウマンダー

第6艦隊:海洋生物をモチーフとした部隊で、水中活動に特化している。

隊長:不明

副隊長:ホイール・アリゲイツ

所属:ランチャー・オクトパルド、バブリー・クラブロス

第7空挺部隊:鳥類をモチーフとした部隊で、飛翔能力を有する。

隊長:ストーム・イーグリード

所属:ソニック・オストリーグ

第8機甲部隊:装甲に優れたレプリロイドが多数所属。

隊長:アーマー・アルマージ

第9特殊部隊:別名・レンジャー部隊。ジャングルなどサバイバビリティが重要になる地域での活動をおこなう部隊。

隊長:不明

副隊長:スティング・カメリーオ(イレギュラーハンターX)

第13極地部隊:南極など寒冷地での活動を主とする部隊。

隊長:不明(X1にてペンギーゴによって破壊された)

所属:アイシー・ペンギーゴ

第14特殊部隊:高温のマグマ地帯など、他のレプリロイドが活動できないような特殊な環境下で活動できるレプリロイドが所属すると思われる。

隊長:マグマード・ドラグーン

第17精鋭部隊:特に戦闘能力で優れたレプリロイドが集まる部隊。この隊の隊長がイレギュラーハンター全体の総隊長のような立場にある。

隊長:シグマ→エックス

所属:ゼロ→第0部隊、VAVA、スパーク・マンドリラー、ブーメル・クワンガー、フレイム・スタッガー、グラビティー・ビートブード、ダブル

元隊員

ウェブ・スパイダス：第０特殊部隊→レプリフォースゲリラ部隊

ボルト・クラーケン：所属部隊不明→引退

シリーズごとの軌跡

ロックマンX・イレギュラーハンターX

シグマの起こした反乱に多くのイレギュラーハンターが加担してしまう。最終的にエックスとゼロの活躍により鎮圧されるが、ゼロはVAVAとの戦いで消息不明となる。

ロックマンX2

シグマの反乱は鎮圧したが、各地で反乱の残存勢力やイレギュラー生産工場が残されており、反乱の影響でイレギュラーハンターの数も四分の一に大きく減少してしまったため、戦力不足のハンター達は多忙を極めている。

カウンターハンターに100体以上のイレギュラーハンターが破壊されてしまう。エックスと復活したゼロの活躍で事件は解決する。

ロックマンX3

突如反乱を起こしたドップラー博士の軍勢に攻められ、大きな被害を受ける。また、ドップラー博士によってイレギュラー化したイレギュラーハンターも多い。エックスとゼロの活躍により反乱は鎮圧される。

ロックマンX4

シグマの策略によって、相互協力を行いながらも立場の関係もあり、潜在的に対立していたレプリフォースと全面戦争に突入。レプリフォースに拠点を制圧されたりと後手後手に回るがエックスとゼロの活躍で鎮圧に成功し、シグマによって地球破壊に悪用された兵器はジェネラルの捨て身の手段で制止させられる。

この事件後に当時受け持っていた総監が責任を取って辞職したため、それ以降はシグナスが勤めることとなる。

ロックマンX5

シグマの企みによる、シグマヘッド破壊に伴うシグマウイルスの世界散布により組織の構成員がほとんどイレギュラー化。組織は壊滅状態となる(このあたりでイレギュラーハンターで活動可能なのがエックスとゼロのみとなり、各ハンターの部隊制が廃止されたと思われる。本作以降、2人の肩書が「『元』隊長」となっている)。

エンディングで地上の復興作業に当たるエックス達が垣間見れるあたり、そういった作業も営むようだ。

ロックマンX6

イレギュラーハンター主導で地上の復興を進めるが、ナイトメアウイルスの流行により弱体化、結局エックスを使わざるをえなくなる。しかもゼロが行方不明であり、本来救助側のハンターが逆に助けを求める始末である。

この時期ではイレギュラーハンターもレプリフォースもほぼ壊滅状態となっており、治安機能に大きな問題が生じている。

ロックマンX7

度重なる戦いに精神的に参り始め、平和的解決を求めるようになったエックスが一時戦線離脱したことで組織の弱体が深刻化、治安維持の役目を非正規組織であるレッドアラートに奪われるという失態を演じてしまう。最終的にシグマの洗脳によりイレギュラーとなったレッドアラートを解体し、ゼロ・アクセル、そして復帰を果たしたエックスによって事件を解決する。

ロックマンX8

VAVAに誘拐されたルミネの奪還と新世代レプリロイドの反乱鎮圧を行い、エックス・ゼロ・アクセルの活躍により成功、黒幕だったシグマとルミネを破壊する。

宇宙開発計画における施設の警護などの役目を果たしていた。

ちなみにコマンドミッションでは人工島ギガンティスにエックス達を派遣するだけ。用語自体もエックスの「俺はイレギュラーハンター…」というセリフでのみ。

ロックマンDASH及びロックマンDASH2

同名の組織が太古の昔からイレギュラーを処分する役目を担っていたことになっている。

ロックマンX5のとあるエンディングから繋がった世界観と仮定すると、Xシリーズのイレギュラーハンターと同一組織であると思われる。

主なメンバー

エックス

所属：第17精鋭部隊隊員（X・イレハン）→第17精鋭部隊隊長（X2～）

トーマス・ライトが晩年に開発したレプリロイドの先祖的存在。悩み考えることが出来る唯一のレプリロイド。敵に対して非情になりきれないため、実力はあるのにX1まではB級ハンターに甘んじていた。シグマを倒して以降その実力を広く知られるようになり、誰からも認められる一流ハンターとして、多くの人望を集めるようになる。悩みながらも平和を守るために戦う。

ゼロ

所属：第17精鋭部隊隊員（X・イレハン）→第0特殊部隊隊長（X3～）

アルバート・W・ワイリーがライトに対抗して開発したレプリロイドの先駆け的存在。当初はシグマを破壊寸前にするほど狂暴・強力なイレギュラーだったが、戦闘で機能停止して以降はその時の記憶を失い大人しくなり、イレギュラーハンターとなった。誰よりもイレギュラーに対する怒りを持っているが、X4以降は戦いに対して悩みを持つようになる。エックスの実力を見抜いている、エックスの親友・ライバル・理解者である。

アクセル

所属：なし（X8・CM～）

元レッドアラート所属。X7で現場に居合わせ逮捕されてから、所属することになった不思議ない経緯を持つ新世代型レプリロイドのプロトタイプ。幼さゆえに行動力は高く、幼さゆえにイレギュラーに対して残酷。「悪は悪」と正々堂々切り捨てるのはいいとして、「悪は悪事を起こした分だけ苦しまなければならない」と考えている節もあるため､若干心配されているが、X8においてはもうS級ハンターとして活躍している。

シグナス

イレギュラーハンター総監。レプリフォース大戦後に責任を取って辞職した前総監に代わり就任。戦闘は不得意だが回路が超高性能コンピューターである参謀用レプリロイド。事あるごとにエックス達に指令を出す。度重なる争乱に頭を悩ませている。

エイリア

組織に所属するナビゲーター。元レプリロイド工学の研究員。あらゆる言語をマスターするなど幅拾い知識を持つことからオペレーターとして引き抜かれた。ゲイトとは研究員時代からの同僚。

レイヤー、パレット

組織に所属するナビゲーターでエイリアの後輩。X8のみの登場。

ダグラス

組織に所属するメカニックのリーダー。X5,X6のみ登場。

ライフセーバー

ハンターたちのダメージの回復を担う一般レプリロイド。一体だけでなく多数の同じタイプがいる。

X5のみの登場。

オペレーター

イレハンのみに登場する女性型レプリロイド。個人名は不明。他にも男性型を含めたオペレーターが多数いる。

元メンバー

シグマ

所属：第17精鋭部隊隊長（X・イレハン）

エックスが所属していた第17部隊隊長であり、宿敵。X1で人間を守る事に疑問を感じて反乱を起こして以降、幾度となく復活して世界を破滅に導こうと企む。正体はイレギュラー化の原因とされるシグマウイルスそのもの。

イレハンにおいて、エックスの持つ無限の可能性に自分たちレプリロイド全員の可能性があると考えて反乱を起こしたとされている。

X1の8ボスたち

設定上A〜特A級のイレギュラーハンターである。シグマの反乱にある者は興味を持って加わり、あるものは人質を取られて加わり、ある者は力試しに加わっていた。反乱側に付いたハンター達は体のどこかにシグマのロゴマークを記載している。

これ以降の作品でもX2、X3、X4、X5ではイレギュラー化した元ハンターが8ボスの中に含まれている。特にX2ではX1のシグマの反乱の残党勢力という側面があるため、8ボスの内、5体が元ハンターである（ただし、反乱に加わっていたと明言されているのはフレイム・スタッガーのみ。ソニック・オストリーグはシグマに新たな能力を見出されたことを感謝していると書かれているが、反乱参加のタイミングは不明）。

VAVA

所属：第17精鋭部隊隊員（X・イレハン）

肩部装備や脚部装備等ある意味全身火器であり、圧倒的火力に身を任せて敵を蹂躙する。しかし、やり方がやり方のため組織内では「イレギュラー一歩手前」「暴走野郎」と危険視されていた。X1において反乱に加わり､エックス達を追いつめた。イレハンでは反乱の理由がB級ハンターでしかないエックスがシグマ達に評価されてることへの嫉妬によるものだとされており、本人の級はA級と説明されている。

余談

ロックマンの時点では存在しない。そもそもロックマンは「レプリロイド」ではなく「ロボット」である。レプリロイドはケイン博士がライト博士が遺したエックスの回路を参考に生み出した者。という事はエックスとゼロも「ロボット」に分類されるかもしれない(ただし、レプリロイドの「プロトタイプ」または「雛型」とも表現できるため、二人に関しては曖昧)。

ロックマンゼロの時代では組織自体は既に崩壊しているが、ネオ・アルカディアに所属する高位のレプリロイド達が当時のハンターと同様にイレギュラーを裁いている。

しかし、統治者として製作されたエックスのコピーの政治体制が人間贔屓な為、不当にイレギュラー認定される者が多数存在するなど、仮初の平和の裏では多数の罪無きレプリロイドが犠牲になり、それに反発したレプリロイドたちがレジスタンスを結成して反抗するという、本末転倒な結果を招いてしまっている。