概要
ファンタシースターオンライン2には様々なボスエネミーが登場する。
原生種
ロックベア
惑星ナベリウスの森林エリアに住む、ゴリラに似た巨大な熊のボスエネミー。巨体を生かしたパワー攻撃を得意とする。最初のボスエネミーだからか、予備動作が分かりやすい。
スノウバンシー（雌）/スノウバンサー（雄）
惑星ナベリウス凍土エリアのボス。その姿は巨大な白虎そのもの。俊敏な動きで相手を翻弄し、鋭い爪と牙でプレイヤーを引き裂く。また、口からアイスブレスを吐く。同型種にファングバンサー（バンシー）が存在し、そちらは森林エリアに出現する。
龍族
ヴォル・ドラゴン
CV：飛田展男
惑星アムドゥスキアの火山洞窟に登場するボスエネミー。その名の通り火山のドラゴンで、火炎放射や突進、火柱でプレイヤーに襲い掛かる。
クォーツ・ドラゴン
惑星アムドゥスキアの浮遊大陸に登場するボスエネミー。
ドラゴン・エクス
惑星アムドゥスキアの龍祭壇に登場するボスエネミー。
機甲種
ビッグヴァーダー
惑星リリーパの地下坑道エリアに登場する巨大戦艦に酷似したボスエネミー。
海王種
バル・ロドス
惑星ウォパルの海岸エリアに登場するボスエネミー。見た目は巨大な海龍で、口から水を吐きだす。海岸探索のボス戦では、揚陸艇に乗った状態で戦う事になり、揚陸艇に装備されてるビーム銛を釣りの要領で口に撃ち込む事で一定時間行動不能にすることが可能。浮上施設では道中の中ボスとしてフィールド上で直接戦うことになる（なおEトラの発生率は「水上艦動力源の破壊」と並んで結構高く、手間取るとあちこち動き回る）。なお、ギャザリングの釣りで手に入るバル・ロドスの幼体「プチ・ロドス」はデイリーオーダーの収集品として高値（1匹で10万メセタ）で取引される模様。
ビオル・メデューナ
惑星ウォパルの海底エリアに登場するボスエネミー。見た目は女性の姿に酷似した軟体生物で、ビームや電撃、ハサミを使ってプレイヤーに襲い掛かる。弱点は氷属性。「プチ・ロドス」同様幼体の「リトル・メデューナ」がデイリーオーダーの収集品として1匹10万メセタで取引されている。
黒ノ民
アンジャドゥリリ
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場する輪入道に酷似したボスエネミー。
ギグル・グンネガム
CV:立木文彦
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場するボスエネミー。見た目は巨大な鎧武者で、巨大な刀と冷気を用いて攻撃する。体力が低下すると必殺技「氷華一閃」を使用する。
マガツ(禍津)
惑星ハルコタンに封印されていた無数の顔を持つ巨大な悪神。
ダーカー
ダーク・ラグネ
ダーク・ビブラス
世壊種
アンガ・ファンダージ
壊世区域に登場するボスエネミー。
幻創種
幻創戦艦・大和
EP4序盤のレイドボス。
魔物種
エリュトロン・ドラゴン
異世界オメガに登場するレイドボス。
