概要
サービス開始直後不具合の多さ・それに伴う全データのリセット及びサービスの一時中止・運営の対応の悪さ・そしてなによりプロデューサー見吉の体たらく（例えばサービス開始直後の混乱時にバランスボールで遊んでいた）もあって、PSO以来からのファンや新規プレイヤーの失望を買い挙句の果てに２００６年クソゲーオブザイヤーの大賞と言うレッテルを貼られてしまった。
イルミナスの野望発売後はある程度問題も改善され、ようやく普通のMORPGのレベルに達したが、いかんせん当初の悪いイメージが払拭されずMORPGの中では低い評価を付けられている。
その後、ゲームディレクターの交代・一部課金制（高性能の武器やPSO・PSPoの武器が手に入る・武器の強化がしやすくなるなど）・アップデートによるアイテムやエリアの追加・基本無料化など様々なテコ入れを行っているが、PS2ユーザーにはあまりメリットがなかったり、一部の課金反対ユーザーの反感もあって、苦戦が続いていた。
しかしながら、キャラクタークリエイト、チャットシステムの評価は高く、熱心なファンも少なくない。2012年9月27日をもってすべてのサービスが終了した。
（PS2での無印、イルミナスの野望のストーリーモードはオンラインではないのでプレイ可能。）
タグとしては略称のPSUの方が普及している。
過去作との関係
発売タイミング上本作はファンタシースターオンラインの続編と取られがちであるが、
ストーリー的な直接のつながりはない。
しかし過去のイベントでPSOのキャラクターであるアッシュ、スゥ、ルピカ、キリーク、モンタギュー博士などが登場。
また服装や武器にもPSOに登場したものがあり過去作へのファンサービスは多少なりともある。
登場キャラクター
キャラクタークリエイト
顔の微妙な輪郭の変化や体系が細かく設定でき、そのキャラクタークリエイトは今日に至っても高い評価を得ている。
そのためバラエティに富んだ思い思いの自キャライラストが投稿されている。
ファンタシースターポータブル2の発表、発売を受けて最近はこのファンタシースターポータブル2のキャラクター達のイラストが頻繁に投稿されており、賑わいを見せている。
