かつて、彼は英雄だった。
しかし、今は暗黒の森の番犬。
悪夢と言う名の鎖が
彼をここに繋ぎ止めているのか？
（R's Museum碑文より抜粋）
この記事はネタバレを含みます。
ストーリー
「サタニック・ラプソディー」事件の最終局面にて、試作型R戦闘機R-13ケルベロスは地球の衛星軌道上に現れた異相次元へ突入し、見事バイドの中枢「バイドコア」の撃破に成功した。
しかし、バイドコアとの戦闘でアンカー・フォースを失ったケルベロスは機体の特異性故に異層次元から脱出できず、そのまま消息を絶ってしまった。
そして、数年の歳月が流れた第四次バイドミッション「オペレーション・ラストダンス」では、この異層次元に対して再び戦力が差し向けられた。そこには未だバイドが蠢いており、最深部では「サタニック・ラプソディー」事件から眠り続けていた番犬が目覚めようとしていた……
解説
『R-TYPE⊿』ではゲーム開始時に3種類の自機を選択できるが、そのうちの一つ「R-13ケルベロス」を選択して最終ステージをクリアすると、ケルベロスが異相次元からの脱出に失敗して消息不明になるというバッドエンドを迎える。「暗黒の森」とはこの最終ステージおよびエンディングに登場する不気味な空間のことであり、樹木のようなバイド体が無数に林立している。エンディングムービーはバイド体に囚われたケルベロスが静かに胎動する姿を映して幕を閉じる。
『⊿』の時点ではこの後ケルベロスがどうなるかは考えられていなかったようだが、シリーズ最終作『R-TYPE FINAL』では後日談にあたる隠しステージ「3.5 暗黒の森の番犬」として再登場。R-13系の始祖にあたる機体を異相次元へ突入させ、バイドの中枢と化したケルベロスを殲滅する事になる。
なお、同ステージボスとして登場するケルベロスは、失ったはずのアンカー・フォースを何故か再装備している。当然アンカー・フォースの鎖部分には攻撃判定があり、ライトニング波動砲や光子ミサイルなどの搭載火器も使用可能。更にアンカー・フォースの爪を使って周囲の物体を投げつけたり、光弾を発射するバイド体を召喚するなど本来のケルベロスよりも多彩な攻撃手段を得ている。
