武田家が滅亡しても景勝は菊姫を正室のままにしていた（当時は、実家が滅亡したときに実子がいない場合は正室は側室に格下げされるのが常識だったが、景勝はそれをしなかった）。
前述した通り、菊姫と景勝の間に実子は生まれなかったものの、（当時は一夫多妻制だったにもかかわらず）景勝は長い間側室を持たなかった。菊姫が病床に伏すと、景勝は（後継者を作るために）桂岩院を側室にしたが、彼女が景勝との間に玉丸（のちの上杉定勝）を生んで以降は子供を作らなかった（また、景勝が生涯にわたって結婚した人物は菊姫と桂岩院だけである）。
後述する通り、景勝は病床に伏した菊姫を助けようと頑張った。その甲斐もむなしく菊姫が亡くなると、景勝は彼女の死を深く悲しんだ。

信玄の七男にして菊姫の異母弟・武田信清及び彼の子孫は菊姫の縁により上杉家に仕えた。

天正17年(1589年)9月、天下人・豊臣秀吉より「1万石以上の知行を持つ諸大名たちの妻女を3年間在京させる」という命令がくだされ、菊姫も同年12月、夫・景勝と共に上洛し、京都伏見の上杉邸で人質として生活する。その後、文禄4年(1595)年9月に景勝が伏見に屋敷を賜ると伏見邸に移る。このとき、お船の方（直江兼続の正室）も同行している。菊姫の警護役は、千坂景親が務めた。翌年に慶長伏見地震が発生すると、菊姫は梁を支えて女中たちを逃したため、上杉の伏見邸では一人も死者が出なかったと言われている。

ちなみに景勝は京に滞在する機会が多かったため、菊姫は人質生活とはいえ景勝と頻繁に会うことができていた。

在京中は公家衆の妻女たちとの交流をはかったとされる。上杉家と朝廷との取次を務めてくれた勧修寺晴豊夫妻とは特に交流を深めたとされ、ある時、景勝が晴豊から茶会に招かれるが、そのまま飲み会へと発展し飲み潰してしまったことがあり、その際も菊姫が気遣い、後日に晴豊の妻にフナを50匹贈らせたという。

重い碁盤を左手だけで軽々と持ち上げたというエピソードもある。

直江兼続とお船の方の長女・於松の名前は、菊姫の妹(もしくは姉)・松姫に由来しているという説がある。

慶長8年(1603年)冬より病床に伏す。

豊臣秀頼・千姫の祝言に出向いていた景勝は、以降伏見に滞在し、神社仏閣への祈願を行ったり、名医を招いたりなどして菊姫の快復を望んだが、翌9年(1604年)2月16日に上杉家の伏見屋敷で死去。享年47歳。彼女の訃報に景勝や上杉家の家臣たちはかなり悲嘆し、『上杉家御年譜』には「悲歎カキリナシ」とある。

因みに、歌舞伎における三姫（女形と大役）の一人である八重垣姫は本項の菊姫がモデルであるともいわれている。