1988年に国鉄の廃止対象路線となっていた能登線(1987年にJR西日本に一旦承継)を転換し開業した。1991年にはJR西日本七尾線の和倉温泉駅以南の電化に際し非電化区間の経営を引き継いだが、乗客の減少等により2001年に七尾線の穴水駅~輪島駅間、2005年に開業時からの路線だった能登線全線を廃止。現在は七尾線の七尾駅~穴水駅間のみを営業している。
なお、現在の営業路線は線路そのものはJR西日本が保有しており、のと鉄道はその線路上での営業のみを行う形となっている。また、七尾駅から和倉温泉駅まではJR西日本七尾線が特急列車のみ乗り入れており、両社の共用区間扱いとされている。
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宇宙人ジョーンズ(駅員に扮していた)