概要
バンジョーとカズーイの大冒険の続編に当たる作品。
発売から２年経った事に因んでおり、２年後の世界となっている設定。
粗筋
前作にて、バンジョーとカズーイは宿敵であるグランチルダと戦い、大岩に生き埋めにする形で倒してから2年が過ぎた。グランチルダを封印している大岩は、部下であるクランゴがどかそうとしていたが、2年の歳月をかけても動かなかった。
一方バンジョーとカズーイは、クルクルやまのふもとの自宅でボトルズおよびマンボを相手に、トランプを使った賭博を行っていた。ゲーム展開が不利になったバンジョーとカズーイだが、カズーイはマンボとボトルズを「グランチルダが帰ってきた。」と騙し、気をそらしてチップを盗んだ。
その直後、突然大きな地震が発生し、巨大なドリルマシンがクルクルやまのふもとの壁から現れた。マシンの中から2人の魔女・ミンジェラとブラウベルダが降りてくる。彼女達は姉であるグランチルダを助けるためにやってきたのだ。
先ほどの地震に不安を覚えたバンジョーたちだが、マンボが様子を見に行く。そこで見た光景は、2年間動かなかった大岩がミンジェラとブラウベルダの魔法で破壊される光景だった。
そして、出てきたのは骨だけになりながらも生きながらえていたグランチルダだった。
カズーイの嘘が本当となったグランチルダの復活——これを知らせるためマンボはバンジョーの自宅へ戻るのだが、ミンジェラに気付かれ、復讐に燃えるグランチルダから追われることになる。
マンボはどうにかバンジョーの自宅へ戻り、グランチルダが今まさに魔法で攻撃してくることを知らせ、みんなを避難させようとするが、ボトルズは先ほどカズーイの嘘に騙されていた為、また騙されると思い込み、避難しようとしなかった。
その直後、ボトルズを残したまま、本当にグランチルダの魔法がバンジョーの自宅を貫いてしまう。グランチルダ達はドリルマシンに乗って出てきたトンネルへと消えていってしまった。
翌朝、無事だったバンジョー逹は壊された自宅の前に戻ってきたが、ボトルズの姿が見えない。すると自宅の中から真っ黒焦げになったボトルズがふらふらになりながら出てきて、その場で力尽きてしまった。バンジョーとカズーイはマンボと共に、ボトルズの敵討ちをするためグランチルダ逹を追いかける冒険に出発する。
登場キャラ
・バンジョー (Banjo)
主人公の1人で熊。温厚な性格で正義感も強い。前作では高い声だったが、2年経って成長したため声変わりしたようであり、本作ではかなり声が低くなる。グランチルダを追って再び冒険する。
・カズーイ (Kazooie)
主人公の1人で赤い鳥。バンジョーの相棒で、相変わらず口が悪い。前作ではずっとバンジョーのリュックに入っていたが、本作では単独行動もできるようになる。彼女の嘘が誠になることが本作の始まりとなる。
・マンボ・ジャンボ (Mumbo Jumbo)
ガイコツ頭のまじない師。この2年間は魔法医科大学に在籍していた。本作ではグローボを渡せば一時的に交代してステージ間だけ操作ができるようになり、魔法（マンボマジック）を使ってバンジョー達を助けるが、ステージの外に出る事はできない。
また、体力の最大値は「バンジョー&カズーイの状態−1」となる。前作ではゲームオーバー時にはグランチルダに肩入れしたりとどっちつかずの立場を取っていたが、グランチルダがバンジョーの家を襲ったのを期に全面的にバンジョー達のバックアップをするようになった。前作と比べて顔が丸くなっている。
・ボトルズ (Bottles)
モグラ。オープニングでグランチルダの魔法に巻き込まれ死亡し幽霊になってしまう。ただしその状態でも、前作で習った全てのアクションを復習させてもらえる。
終盤でバンジョー達が作動させたビッグブラスターで蘇生する。
・ジャムジャー (Jamjars)
ボトルズの兄で、モグラ軍隊の隊長。初登場時にカズーイから弟の死を知らされ、亡き弟に代わってバンジョー達に技を教える。カズーイに負けず劣らず口が悪い。モグラヅカに入っていたボトルズに対し、彼はハッチに入っている。
バンジョーを「クマコウ」、カズーイを「ヤキトリ」と呼ぶ。前作とは違い、アクションを教わるには一定のオンプが必要である。アクションを教えた後は中に入って戻るが、たまにドアをぶつかって帽子が落ちる場合もある。
・フンバ・ウンバ (Humba Wumba)
女性のまじない師。このゲームでは数少ない人間キャラである。一人称は「ミー」、「ウンバ」で語尾に「 - ネ」を付ける。前作のマンボ同様、バンジョーたちを何らかの姿に変身させる。変身するにはグローボを渡す必要がある。マンボとはいわば同業者でありライバル。このためマンボとウンバの仲は悪く、マンボがウンバのテントに入ると「出て行け」と言われてしまう（テント内にワープパッドがある場合も同様にワープ不可能）。
・グランチルダ (Gruntilda)
復活した悪の魔女。2年間埋まっていた為に体が骨になっているがそれでも生きている。妹のミンジェラとブラウベルダによって助けられたのだが、仲はあまり良くなかったらしい。前作での特徴的な喋り方はミンジェラに直すよう強要されたため、ストーリー冒頭の一部のみでしか見られない（英語版でも同様に韻を踏むのをやめている）。クイズ好きなところと、自分で主催したミニゲームをクリアされると素直にジグソーを渡したり、クイズショーでミンジェラとブラウベルダがポイントで負けた際にもルール通りに脱落させる[1]など、妙に律儀なところは変わらない。また復讐を行なっているにも関わらず最終局面の手前ではバンジョーらに対し「前回同様に屋上で待ってるよ」と語りかけるなど、やけにフレンドリーな面も見られた。フルネームは「グランチルダ・ウィンキーバニオン」。この名前は本人もあまり良い名前とは思っていなかったのだが、ラスボス戦終盤にうっかり自ら明かしてしまい、バンジョー逹にからかわれる。最後は切り札である「サイキョウでサイアクのマホウ」をドリルマシンの中に落としたため、マシンに引火して爆発に巻き込まれ、砕け散った。だが、それでも頭だけでしぶとく生きていたが、エンディングでは頭を袋詰めにされ、ボールのごとくバンジョー逹に蹴られた末、袋から目玉が飛び出た。
・ミンジェラ (Mingella)
グランチルダの妹。不健康なレベルまで痩せている。常に本を持っており、姉妹の中では最も知的で、ブラウベルダと共にグランチルダの作戦の手助けを行う。表向きではグランチルダを褒めていたが、本心はグランチルダのことが嫌いだったらしい。英語版では語順を入れ替えて話すことが多い。終盤、クイズショーの対戦相手の一人としてバンジョー逹と対決するが、最後は敗れてオモリに潰される。
・ブラウベルダ (Blobbelda)
グランチルダの妹。帽子は被っておらずグランチルダ以上に太っている。猫を片手に持っている。ミンジェラとはあれこれ正反対で、がさつな性格をしている。カ行をガ行に変えて話す（例：なくなった→なぐなった）。英語版ではミンジェラ同様、語順を入れ替えて話すことが多い。クイズショーの対戦相手の一人で、ミンジェラよりも回答が遅い。ミンジェラ同様、最後はオモリの下敷きになる。
・クランゴ (Klungo)
グランチルダの部下。グランチルダを最も尊敬しており、出世の機会や休日はおろか給料さえもないにも拘わらず、どんな命令でも忠実に実行する。前作はデモ画面のみの登場だったが、本作ではボスとしてバンジョー達と3回対決する。サブネームはそれぞれ「グランチルダのこぶん」「リベンジ」「なやみおおき こぶん」。彼は魔法こそ使えないが、自ら作った薬（それぞれ巨大化、透明、分身）でパワーアップする他、薬を投げつけて攻撃する。言葉は全てカタカナ表記。英語版ではつづりの「s」を伸ばして話す。負けるたびにグランチルダに箒で殴られ、服用した薬の副作用もあってボロボロになっていくため、「ハンサムでなくなってくる」と悩んでいた。しかも3回目の登場では負けるとモンスターのエサにされてしまう状況で、敗北がきっかけで遂にグランチルダに愛想を尽かして手下を辞め、新しい仕事を求め城から逃げ出した。その後、ボトルズの家で開かれたパーティーに参加しており、キング・ジンガリンからは「ハンサムな男」と評されている。またバンジョーらに対しても「グランチルダを倒してくれたから私は自由になれた」と解釈しており、特段恨んでいない模様。奥さんが居るらしい。
なお、今作は前作にいた チューティとブレンチルダは登場しない（ただし写真はゲーム内にいくつかある）。
