概要
「ミルキィホームズ」と「怪盗帝国」の戦いから2年後の偵都ヨコハマ。
平和になったヨコハマに、違う探偵学園に通う幼馴染みの「常盤カズミ」と「明神川アリス」のふたりがいた。
違う探偵学園に通っているが待ち合わせて一緒に帰ったりする程の仲良しなふたりは、ある日、その帰り道で怪盗に見かけて追いかける、そこに、新たな怪盗「カラー・ザ・ファントム」と出会い、まだ探偵の資格が無いふたりは秘密の探偵として「フェザーズ」を結成して、「カラー・ザ・ファントム」との戦う。
キャラクター
「フェザーズ」
「ミルキィホームズ」
シャーロック・シェリンフォード（CV:三森すずこ）
エルキュール・バートン（CV:佐々木未来)
コーデリア・グラウカ（CV:橘田いずみ)
「警察」（Genius4）
「フェザーズの親族」
「カラー・ザ・ファントム」
紫怪盗・バイオレットシャドウ（CV:興津和幸）
黄怪盗・イエローブラックホール / リョウコ・コマツ（CV:久川綾）
黒怪盗・ダークサイドレボリューション（CV:高倉有加）
「伝説の怪盗」
「怪盗帝国」
アルセーヌ / アンリエット・ミステール（CV:明坂聡美）
ふたりはフェザーズ
ショートヘアに黒いコスチュームの勝ち気な女の子とロングヘアに白いコスチュームのおっとりした女の子で、タイトルに「ふたりは」がつくと、「どこか」で見た気もするかもしれないが、気にしない気にしない。
番組
番組としての「ふたりはミルキィホームズ」は、前半パートはバラエティーコーナー「ミルキィ情報局」で声優ユニット「ミルキィホームズ」および「ミルキィホームズフェザーズ」または「ミルキィホームズシスターズ」による実写パート、後半パートは本項目の「ふたりはミルキィホームズ」のアニメパートの二部構成になっている。
30分番組で、二部構成になっているから、アニメパートは15分（実質的には10分ちょい）の作品である。
ニコニコ動画でも本作品の配信が行われたが、配信されたのは後半のアニメパートのみで前半パートはニコニコ生放送で数回分をまとめて放送していた。なお第1話だけ前半パートも配信されたが、これは配信データのミスである。
2017年4月からはTOKYOMXが第1シリーズから一挙放送を行っており、9月からは「ふたりはミルキィホームズ」のターンになるが、30分枠で2話一挙放送の為にアニメパートのみを放送と言う形になると思われる。
(しかも、30分枠×2枠分で放送される為、アニメパート4話分を午後7時台に放送する事に……)
2020年2月には、まさかのTOKYOMXで再放送が実施される。こちらに関してはA3!(エーアニ)がコロナウイルスの一件で延期になった事による代打扱い。アニメパートのみになるかは不明。
主題歌
オープニング
『ぐろーりーぐろーいん☆DAYS』
歌手：ミルキィホームズ・歌詞：こだまさおり・作曲：高田暁
エンディング
『セイシュンビギナー！』
歌手：ミルキィホームズフェザーズ・歌詞：こだまさおり・作曲：高田暁
