概要
各マップに点在する洞窟に眠るアーティファクトと呼ばれるアイテム（難易度が上がると他のアイテムも必要とするものもある）、それぞれ対応したオベリスクに捧げる（ローカルプレイ以外なら各オベリスク以外にも空中から降りてくる支援物資の入ったビーコンや、洞窟内や海底に出現する戦利品クレートからも可能）ことで専用アリーナへと転送される。
サバイバーの強さを試す試験のようなもので、具体的に表示はされないが制限時間がある。テイムした生物を最大20体まで同伴させることが可能（むしろ生物同伴が前提）。但しギガノトサウルス等一部転送できない生物もある。どれも強力な為、生半可な装備と生物では攻略不可能。難易度は低い順にγ、β、αの三段階に分けられる。倒すとTEK装備、設備が解禁され、制作に必要なアイテム「エレメント」に加え、各ボスのトロフィーや旗を入手可能。
当然ながら全てのボスはテイムが不可能だが、1部ボスがフィールド上に出現するようになるMODもある。
ボス生物一覧（ネタバレ注意）
The Island、(The Center、Ragnarok、Valguero)
ブルードマザー
巨大な蜘蛛。手下として人間大の蜘蛛「アラネオモーフス」を召喚する（その際腹部の先端から生み出しているため、名前通り母親である）。召喚に必要なアーティファクトは賢者、狩人、大物の三つ。昏睡値を上昇させる効果を持つ毒弾を撃ち出し、移動速度を低下させる糸を発射する厄介な相手。The Centerでは後述のメガピテクスと共に出現するが、Valgueroでは何故かボス戦からはぶられ、マップ上に野良で出現する。更にGenesis: Part1のとあるミッションでは他の生物と共に襲い掛かってくる。
メガピテクス
顔の右半分と右肩に傷跡がある巨大なゴリラ。召喚に必要なアーティファクトは野獣、暴食、群衆の三つ。遠距離攻撃として岩を投げる。手下としてメソピテクス、ギガントピテクスを召喚する。ちなみに転送先のフィールドは石像が並ぶ中華チックな城だが、転送地点からメガピテクスがいる部分をつなぐ橋部分は左右の空白部分に転落すると即死するため、ソロプレイの際は転送地点に生物を待機させ、おびき出した方が安定する。
ドラゴン
空を飛び、火を吐く伝説上の生物。召喚に必要なアーティファクトは狡猾、免疫、天帝、強者の四つ。ステータスが高いことに加え、上空を飛び回って銃器以外攻撃できなくなることがあったり、マグマに落ちる危険があるので、上記二体より難易度は高い。手下としてプテラノドンとディモルフォドンを召喚する。Ragnarokではマンティコアと共に（Valgueroでは更にメガピテクスも追加）戦うが、弱体補正で被ダメージが３．５倍になっており、フィールドもダメージや即死要素がない安全な仕様になっているので戦いやすくなっている。
監視者
Islandのラスボスで、プレイヤーの左手首に埋め込まれた「インプリント」と同じ菱形のオブジェ。手下として蟹のような風貌の「防衛ユニット」とジャイロヘリ型の「アタックドローン（一時期日本語訳では「ドローンを攻撃」なんてズッコケる様な表記になっていた）」を召喚する。召喚に必要なアイテムは上記三体のトロフィーで、それぞれに姿を変えて攻撃してきたところを撃破していく。今までの様な転送の前に上限突破したレベルの生物がワンサカいる洞窟を踏破しなくてはならず、更にこちらも（即死ではないが）通路の周辺にはマグマが流れているため、戦闘中に転落しないよう注意しなければならない。
Scorched Earth
マンティコア
伝承では人面だが、ビジュアル面の都合か蠍の尾と翼を持ったライオンそのまま。ブルードマザーの毒弾と同じ効果の毒針を飛ばしてくるほか、ダメージ具合に応じて手下としてデスワームとロックエレメンタルを召喚する。ちなみに基本アルゲンタヴィスの様な飛行生物は一律転送不能だが、飛行能力を持つためか、Scorched Earthでは可能になっている。また他マップでは倒すと肢体が消滅してしまう。
Aberration
ロックウェル
フルネームはエドモンド・ロックウェル。19世紀のイギリス出身の錬金術師で、プレイヤーの先輩サバイバーだが、「エレメント」に魅了され、プライドの高さもあって現地で接触した未来人たちへの対抗意識から自ら取り込んだ結果、異形の怪物と成り果てた人間。周囲の触手を全部撃破して、ダウンしたところにむき出しの心臓に攻撃を仕掛けていくのが戦闘の流れで、触手から放出されるエネルギー弾や電撃で攻撃してくる他、手下としてネームレスとリーパーを召喚するため、弱体化させる発光生物が必須。
Extinction
アイスタイタン
3本角の獣型で、近接では飛び掛かりや叩き付け、遠距離では雪玉や冷凍ブレスが武器。デザート、フォレストと共に身体の各所にある汚染部位を破壊して気絶させることでテイムが可能で、単純なステータスはテイム可能なタイタンでは1番高く、飛び掛かりでの跳躍もあって移動能力も高い。
デザートタイタン
フライングマンタとも呼ばれるエイに似た風貌のタイタン。別名の通り浮遊しており、落雷（自分の汚染部位にも当たるため、利用すればテイムが楽）や手下として召喚する騎乗解除効果を持つ小型の眷属「デザートタイタンの群れ」で攻撃する。
フォレストタイタン
別名ラオウ最終形態。樹木の巨人を思わせる風貌で、周囲に毒を発する樹木を生やしたり、種子状の爆弾を散布する他、汚染部位を破壊して両腕を破壊することで北斗剛掌波よろしく手のひらから蔦を放ち、当たった獲物を引き寄せて投げる即死攻撃を放つようになる。手下としてフォレストワイバーンを召喚するが、こちらに攻撃しないばかりか、地面に降りた時に騎乗が可能な上、放つブレスは特効がある（時間経過化一定数ブレス発射で消滅。またテイム後は召喚不能）。他2体に比べ足が遅く踏破能力も低いため、移動が大変。
キングタイタン
上記3種のタイタンよりも巨大なラスボス。「キング」の名前通り強さも伊達ではなく、実質タイタン以外では太刀打ち不能。αに至っては見た目も大きく変わり、全身が機械化する。プレイヤー側も4体の戦闘ロボ「MEK」を分解、合体させた「メガMEK」での戦闘が可能になる。
