最大の特徴は口と後頭部で、名前の通りほかの翼竜とちがって歯が無いため、ペリカンの嘴のような大きな顎を持っている。後頭部のトサカは成熟したオスのみが長く発達しておりメスや子供の物はかなり短い、役割は種の特定の目印、体温調節の器官、首を支点にバランスを取って嘴を動きやすくした、飛行中の気流の察知に役立った…など諸説ある。

種類によってトサカの形状はまちまちで、一般的な後頭部から後ろに伸びるブレード状のもの（プテラノドン・ロンギケプス）もあれば、斧の刃のように出っ張ったもの（プテラノドン・ステルンベルギ、ゲオステルンベルギア属とする説もある）も存在する。

魚食性で、水面を低空飛行しながら顎を水面に浸して水面にいる魚を浚って捕獲していたと推察される。他にも初期の哺乳類や、恐竜の子供、ハゲワシの様に動物の死体を餌にしていたとも考えられている。

翼を広げた時の縦横の比率は1:9とアホウドリの1:8に近く、収斂進化が見て取れる。

昨今、化石から鱗から発達した体毛が発見され、羽毛を持つ爬虫類という新たな特性を得ている。

なお、イラストではティラノサウルス・レックスやトリケラトプスの背景を飾る存在としておなじみだが、実際はこれらの恐竜よりも1000万年以上前に生息していたので、物語を描く際は注意が必要。因みこの両者の背景を飾る翼竜はケツァルコアトルスである。

※させていただいた一例。恐竜をテーマにした商用作品だと見栄えの問題で一緒くたにされやすい。

またARK:Survival_Evolvedやジュラシック・パークIIIなどのメディア作品では、見栄えを優先してか名前の意味に反して歯を付けられることもある。

プテラノドンをモチーフにしたキャラクター

平成二期

プトティラコンボ・プテラノドンヤミー・恐竜グリード・プテラカンドロイド・ギル(仮面ライダーOOO)
レギオン(仮面ライダーウィザード)※プテラノドンの意匠を持つ、悪魔の軍団レギオンがモチーフの怪人
シザーズロストスマッシュ(仮面ライダービルド)※プテラノドンの意匠を持つ、ハサミの怪人

アニメ

ゲーム

漫画

古代王者恐竜キング

第1紀から草属性のパーの超わざ「メタルウィング」に登場。3頭のプテラノドンが翼で敵恐竜を斬るわざ。草属性なのに「メタル」になっている（鋼属性はないが）。ショルダーネームは「天空の王者」。

わざカードの中で唯一説明文に「生物学上は恐竜に分類されない」と記載されている。

アニメでは10話で初登場。たくさんのカードが入った冊子の中にあったのをマルムが使用した。

自由に飛べるので敵を避けながら攻撃が出来る為か、パラパラのわざカードの中では使用回数も勝率も高く、さらに人を乗せて飛ぶことも出来るなど汎用性にも優れる。

もっとも、原作では草属性のわざは他の恐竜や翼竜を呼ぶわざばかりだったというのもあるのだろうが。

他の恐竜を呼ばないわざは「ネイチャーズブレッシング」「エメラルドガーデン」「ソーンウィップ」の3種だけ。しかも「ネイチャーズブレッシング(第1紀の最終話に限り攻撃にも使用されていた)」は体力を回復させるわざの為、他の恐竜や翼竜を呼ばずに攻撃するわざは「エメラルドガーデン(7つのかけらで先行登場)」の登場まで待つ事になった。

「7つのかけら」では北アメリカでリュウタやレックスを乗せて運んでくれる。

もっとも、こちらに登場するプテラノドンは、とさかの形から現在ではゲオステルンベルギアという別種として分類されているP・ステルンベルギと思われる。

ARK:Survival_Evolved

序盤からテイムし、騎乗することができる飛行生物。昏睡させ、肉類を与えてテイムする。低い体力、重量、スタミナゆえにアルゲンタヴィステイム後はリストラされがちだが、アイランドの飛行生物では最速の飛行速度を誇る。また、回転攻撃でさらに加速することもできる。

最古シリーズ

プテラノドンを描いた現存最古のイラストは、MAXやすひろ「プテラノドンはかわいい」（2007年 10月21日11時59分投稿）（『最古シリーズ』タグ付き、孤立タグ『最古のプテラノドン』付き）。この作品は、翼竜を描いた現存最古のイラストでもあり（孤立タグ『最古の翼竜』付き）、ロックタグ「恐竜」付きで恐竜が描かれていない現存最古のイラストでもある（※『恐竜ではない』タグ付きイラストで投稿日が最も古いものでもある）。