2004年10月23日、新潟県中越地震発生時に同新幹線浦佐駅~長岡駅間を時速約200kmで走行中に震源地近くで地震の直撃を受けた。10両編成(200系K25編成)のうち8両が脱線。1964年の東海道新幹線開業以来、初めての営業運転中の新幹線の脱線事故となり、国内マスコミから「新幹線の安全神話崩壊!」と非難された。
だが対向列車がなかったこと等の幸運もあるが死者・負傷者とも皆無で、海外の高速鉄道関係者などからは逆に最大震度7の地震の直撃を受けたにも関わらず高架橋が崩壊しなかった点などからむしろ「新幹線の安全性が裏付けられた」と評価されている。なお、この事故の後、高速鉄道建設にあたり受注先を検討していた台湾(こちらも地震多発地域である)が日本の新幹線車両の導入を決定している。
死傷者皆無で済んだためか「325」は永久欠番とはならず、2021年3月現在も同じ号数を称する列車が東京駅14時40分発で運行されている(新潟行き、E7系12両編成)。