メインキャラクター
MVのヒロイン（女主人公）。初楽曲『秒針を噛む』から登場し、以降全てのMVに登場している。主に短髪の少女として描かれ、容姿・設定や背景なども各楽曲では様々となっている。また稀に、別楽曲で前の彼女が登場することもある。
蝶ネクタイが特徴のハリネズミ。初楽曲『秒針を噛む』から登場し、にらちゃん同様以降全てのMVに何かしらの形で登場している。容姿はMV担当のイラストレーターによって変わっているおり、大きさや顔なども変わっている。
その他キャラクター
（以降、独自研究や考察を含む内容となっています。また内容も不十分であり、情報が分かり次第追記をお願いします。）
- 「君」
主ににらちゃんが行為を抱いている・またはにらちゃんにとっての重要人物となる。
また、正式な名称は不明のキャラクターが多い。
（イラスト後ろの人物）
白のシャツを着た少年・青年。前面に大きな眼があり、後面に口が付いている顔をしており、顔は少しばかり浮いているように見える。にらちゃんと付き合っていた人物とされるが、夕食中に別れ話を切り出し、別れた。別れた理由は「浮気」ではと考察されている。
（イラスト後ろの人物）
赤いスーツを着ており、顔はトランプのハート・ダイヤ・クラブ・スペードの型に別れている。
黒髪で、少年・少女ともとれる容姿をしており、またこのMVのにらちゃんと対になる白をベースにした衣装となっている。この楽曲は主人公（にらちゃん）が相思相愛のヒューマノイドを作ろうとする物語で、この人物はそのヒューマノイドではと考察されている。
顔は切手となっており、青色の服を着ている。体は大柄。にらちゃんとの関係性は「恋人」というより「家族」に近いようにも見え、テーブルで一緒に食事をしたり、電話で話すなどのシーンもあった。また、続編とされる『蹴っ飛ばした毛布』では大切な人を失った主人公の悲しみが表されており、楽曲中にも一度も登場しないことから大切な人はこの人物ではと考察されている。
・『ハゼ馳せる果てるまで』（担当：Waboku）
（イラスト後ろの人物）
黒と白のしましまの布を被り、着物を着ている。またMVでは土星に置き換えられる描写がある。
・『Dear Mr.「F」』（担当：すとレ）
タイトルの「F」（MVの黒い小さな生き物）と、「にらちゃん」の二人となっている。
正式な名称は、設定画より「アフロ☆ザムライ」となる。黒の着物を着ており、髪は赤色のアフロ、目にはハートのサングラスが欠けており、厚い唇も特徴。家には古い書物などが置かれていた。
後記の「グレイ」を参照。
（黒色の服とフードを被っている人物）
MVにて突如としてにらちゃんの前に現れた謎の人物。にらちゃんを見つけた直後に逃走し、楽曲の二番目のサビ時ではスコップを持って対決することになった。茶色のパーカーを着ており、フードにより素顔は分からない。またにらちゃんの過去にて登場した、グレー色の髪をした子供と同一人物と思われる。
- グレイ
現在少なくとも3曲にて登場している人物にて記述する。
MV中の写真では青い服を着ていた、白（薄いグレー色）髪の子供。MV中1分54秒時時にて、存在が明らかとなった新種のウイルス「Ham」に感染し、植物的有機物へと変貌した様子が描かれていた。
白いシャツに黒のズボンを着た少年。設定画での名称は「グレイくん」。序盤から謎の組織に捕らえられており、首元に謎の黒い物体を埋め込まれ、終盤では「MAYONAKA」という巨人に変貌させられたが、にらちゃんの活躍により何とか救出された。
腕には互いの位置が分かる指針を付けており、にらちゃんとはランドセルを背負っていた頃から知り合ってたことから長い付き合いと分かる。
犬人として描かれており、設定画での名称は「グレイヌ（グレイとイヌをかけている）」。狩猟許可免許を持っており、害獣とされ懸賞金がかかっていたにらちゃんを目標としていた。また、MV中ににらちゃんへ銃を撃つシーンも存在する。
- 栗ムント
『秒針を噛む』にて登場する謎の人物。またMV中に出たあるシーンが、油絵『クリムトの接吻』がモチーフとなっており、名前もそれが由来となっていると考えられる。
- みみゆかしちゃん
『脳裏上のクラッカー』『ハゼ馳せる果てるまで』に登場する。うにぐりくんと同じハリネズミのメスであり、リボンの位置が顔の左側と異なっている。
- しゃくま男
『ヒューマノイド』にて登場する。実際はMV担当のsakiyama氏によるオリジナルキャラクターであり、ずとまよ以外でも描かれている（参照）。
- カラスの男（正式な名称不明）
『眩しいDNAだけ』に登場する。
- インク猫
『正義』に登場する。黒い猫で、人の様な姿をしている。
- シャミィ(鮭美)
『お勉強しといてよ』に登場する。MV担当のはなぶし氏によるオリジナルコンテンツ『ピギーワン』のオリジナルキャラクターであり、コラボとしてゲスト出演した。
- NAGA
『MILABO』に登場する。その正体はうにぐりくんだが、原因不明でこの様な姿となった。終盤にはにらちゃんに襲い掛かったが、アフロ☆ザムライが自分を犠牲にしたことによって結果的に元のうにぐりくんに戻った。
- ハカセ
『Ham』に登場する。その名の通り本業は博士だろうが、『低血ボルト』にも登場したりと謎の多い人物でもある。
『暗く黒く』に登場する。赤子の頃に半壊した建物の中で、ニラメイドとロボタに見つけられ育てられた。白髪で、皮膚は黒く、頭には角のようなものが生えている。
