概要
監督は青野昌。理由は、アニメ本編で監督を務めた庵野秀明が「燃え尽きた」ため。
1991年6月29日に東宝系劇場にて公開された。同時上映は『電影少女 -VIDEO GIRL AI-』。
TVアニメシリーズの続編（ただし、16歳になったマリーのエピローグを除いて）でTV版のラストから3年後を描く。
主人公・ナディアがイギリスで新聞記者見習い、ジャンは相変わらず発明に没頭しながらも自転車修理で食いつないでいる、グランディス一味は探偵業、そして、ガーゴイル死後のネオ・アトランティスの残党が世界征服を目論み、それを阻止すべくナディア一行（本作ではマリーは登場しない）は立ち上がる。
劇中ではナディア本編の回想シーンが大幅に挿入されて（使い回されて）いる。
登場キャラクター
CV：伊藤つかさ
本作での準ヒロインにしてカギとなる少女。ウーラー博士の娘。
ジャンが発明に没頭していた際、海岸に打ち上げられていたところを介抱される。
実は「世界征服なんて失敗する」と見たギーガーの部下・フライによって逃がされ、ギーガーのお尋ね者となっていた。
その正体は、父であるウーラー博士によって造られた人造人間であり、オリジナルであるファジイは殺人鬼によって殺されてしまった。
CV：大木民夫
ファジィの父。ギーガーのもとで働く「はぐれ科学者」。
以前は生命エネルギーの研究に没頭しており、その結果「人造生命」を産み出すことに成功した。それを学会で発表するが、そのことが「神の教えに背く」と見なされ学会から追放される。
その後、食い詰めた生活を送り、家計を支えるために夜の仕事をしていた娘が殺人鬼によって殺され、失意を抱き、自らの研究をもとに「人造人間のファジィ」をつくった。
CV：大塚周夫
本作の黒幕で、元ネオ・アトランティスの残党（おそらく幹部クラスだったと思われる）。
以前の上司だったガーゴイルの死後は、彼に代わって人造人間を用いた世界征服を目論む。
失敗した部下を殺害するなど、ガーゴイル同様、残忍かつ冷酷な性格だが、その目的に対する覚悟ではガーゴイルに劣っている。
CV：池田秀一
ギーガーの部下で、元ネオ・アトランティス残党。
ギーガーの世界征服計画に対しては、以前の上司だったガーゴイルが失敗の末死亡したことによって懲りており、「失敗する」と踏んでいた。そのことから、ウーラー博士の娘であるファジィを逃がした。その後、イギリスで新聞社に勤めているナディアに金とギーガーの情報を交換することを持ちかけるが、追跡していたギーガーの部下によって射殺されてしまう。
