概要
なかま亜咲の漫画作品、カニメガ大接戦!、火星ロボ大決戦!、健全ロボダイミダラー（まとめてペンギンサーガと呼ばれる）に登場する組織。
首領であるペンギン帝王と、人造生命体ペンギンコマンダー（ダイミダラーではペンギンコマンド）を主力に様々な活動をしている。人知を越えた科学力を持っているのだが、なにぶんペンギン帝国は人間側の常識に疎いため、やることなすことが基本的にズレている。
一応、ポジション的には「悪の組織」なのだが、ペンギン帝王を始め所属メンバー同士の仲は良く、一般市民を傷つける、市街地を破壊する等の悪事は基本的にしない。むしろ主人公サイドの方がよっぽど市民に迷惑を掛けている印象があるくらいである（この辺は鷹の爪団やフロシャイムに通じるものがある）。
帝王曰く「ペンギン帝国は臣民に優しい優良国家」
作品によって帝国の活動内容はことなるが、共通しているのはペンギン帝王を筆頭に今日も楽しくすけべーなことをしているところであろうか。実に羨ましい。
遍歴
黎明期（カニメガ大接戦!）
当時は発足したばかりで、ペンギン帝王も「ペンギン番長」と名乗っていた。ペンギンコマンダーと「クチバシ四天王（ツバメの喜屋武、ニワトリの比嘉、カラスの安里、4人目は不明）」を率いて北谷第三高校を支配し、照屋カニメガ、大宜見小五郎、新垣智明らと激闘を繰り広げる。ちなみに支配と言ってもこれといった悪事はしておらず、ペンコマたちが生徒達と愉快に青春を謳歌しているだけであった。後の「南極シリーズ」に連なる試作ロボットの開発も行われていた。
黄金期（火星ロボ大決戦!）
カニメガ大決戦から数十年後、ロボット兵器「南極シリーズ」を運用するまでに勢力を拡大し、人類に挑むも与儀ヂョウの操る「火星ロボ」の前に壊滅寸前まで追い込まれる。
その後時間を掛けて組織を再編し、新たなメンバーとしてペンギン好きの人間「ペンギン帝国司令官（本名は不明）」、ペンギンから人間になった「最強五人衆（フンボルト、マカロニ、アデリー、キガシラ、コガタ）」を加え、新型の南極ロボと最強兵器「超南極シリーズ」を率いて再び立ち上がる。
地球上の全ての鳥類をペンギンに変える「ペンギン計画」を策謀し、超火力研究所の惑星ロボット軍団との激しい戦いの末、最終的には負けを認めて組織は解散したかに見えたが……。
復活期（健全ロボダイミダラー）
ペンギン帝王はカニメガ・火星ロボの地球から並行世界の地球へ転移し、ペンギンコマンドを増産して新たなペンギン帝国を建設した。超エネルギーHi-ERO粒子を狙う。
今回は当初平和的に国連と交渉に入ったが、友好の証として披露した「前シッポダンス」のせいで交渉決裂、やむを得ず武力をもってHi-ERO粒子確保の為に行動する。
しかし、ペンギンコマンドのデニスとマイケルが南極ロボをうっかり町中に忘れてくるという大ポカをやらかしてしまい、それを人間に鹵獲されてあちらの世界のテクノロジーが流出し（火星ロボとダイミダラーの世界では科学レベルに大きな差があった）、美容室プリンスが開発した巨大ロボ「ダイミダラー」と戦う事になった。
また、新たに人間のメンバーとしてリカンツ=シーベリーが加わっているほか、前作の最強五人衆もゲスト出演している。
続編のOGSでは突如現れた殺人ペンギンに対処すべく美容室プリンスと共闘することになる。
終盤にて殺人ペンギンとの戦いを終えて美容室プリンスと敵対関係に戻り団体戦勝負の末にペンギン帝国側が勝利したため、勝負の前の取り決め通りに美容室プリンスの女子たちに”すけべーなこと”をする権利を獲得。ペンギンコマンド達への勝利のご褒美として巨乳美女構成員の楚南恭子に性的暴行を加えることに成功し完全勝利を収めた。
