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概要
ペンギン帝王のペンギン術によって精製される人工生物。帝王の指揮の下、諜報や工作活動はもちろんのこと、ペンギンロボの操縦まで幅広い任務をこなす。
人数は約2000名、性別は男性のみで年齢はみな23歳。
前作とは名称がやや異なるが例によって好色であり、アニメ版7話によると戦闘力はジェイクを除き小学生並にしか無いらしい。
見た目は皆同じに見えるが、個々に名前がついておりそれぞれ個性や特技を持っている。仲間意識が強く、いつでも応援や助け合いの精神を忘れない。
思考は基本的に鳥類のそれであるが、揃ってエロ本が大好きで人間の女性も性の対象であり興味を示す。
最大の特徴は「雄雄しく反り勃った前尻尾」。
新ペンギン計画
ペンギン帝国の目標らしいが詳細は不明、第一段階は向こうの世界の力を召喚すること（すなわちエヴォルトの成功）。
アニメ版最終回でHi-ERo粒子を奪うことにより全生命体をペンギンコマンドに変化させるというのが最終目的であることが明かされた。
名前付きのコマンド達
この手の戦闘員のご他聞に漏れず、外見上ではまったく見分けがつかないやられ役だが、一部のコマンド達には個性が与えられ、レギュラーとなっている。
以下、アニメ版に基づき主なペンギンコマンドを挙げる。
- マイケル（CV.村田太志）：陽気で明るい。デニスとはペンギンコマンド随一のコンビネーションを誇り、南極9号の自律データに行動パターンがインプットされている。過去にうっかり街に置き忘れたペンギンロボを人間に鹵獲され、技術を盗まれてダイミダラー建造のきっかけを与えてしまった。
- デニス（CV.浅沼晋太郎）：冷静沈着。6話では喜友名霧子を確保しようとママチャリで襲撃をかけるが、豪快に転倒して大流血を起こし（しかしすぐに復活）、第8話では砂漠を彷徨っている時にエビと間違えて捕まえたサソリに刺されて生死の境を彷徨った（ペンギン装置の欠陥により治癒した）。
- ジェイク（CV.伊藤健太郎）：武闘派で自信家。人間でありながらペンギン帝国への参加を望むリッツの実力を試そうと勝負を申し出るが、風邪で49度もの高熱を発していたため、勝負する前に倒れてしまう。第8話では前尻尾を使った格闘術を披露した。
- ジム（CV.保村真）：悟りの境地に達したござる口調のコマンド。5話では暴走する南極8号リッツカスタムに飛び乗り、リッツを手刀で昏倒させて救出する活躍を見せた。
- ネルソン（CV.福島潤）：お調子者。6話ではリッツの指示で背後から胸揉みをかけ、さらにリッツのゴッドスクラブで恍惚の表情を浮かべ、8話ではリッツのスリーサイズを測定している。
- ヘンリー（CV.中村悠一）：Hi-ERo粒子注入ペンギン被験者六号。実験の成功により前髪が生え、帝王からコマンダー・シックスの称号を与えられる。（その名前ゆえアレと言ってしまう人もいる）しかし、Hi-ERo粒子の副作用で外見が人間化した上に一時記憶を失ってしまい、偶然出会った楚南恭子に好意を抱いてしまう。記憶を取り戻した後、自らの行動を帝国への裏切りと恥じ、命令を無視して南極10号でダイミダラーとの決着に挑むも敗退。死亡したかに思われていたが生き延びており、Hi-ERo粒子が抜けて元の姿に戻り、帝国に復帰した。12話で再登場し、ペンギンコマンド化していた天久将馬に大量のHi-ERo粒子を注入して人間の姿に戻した。
- サム（CV.なし）：Hi-ERo粒子注入ペンギン被験者三号。カラーリングが白黒反転しただけで実験は失敗。第5話の西新宿での戦いの際に瓦礫の下敷きになって前尻尾をやられる重傷を負い、これがリッツ暴走のきっかけとなった。
- クリス（CV.なし）：Hi-ERo粒子注入ペンギン被験者一号。体が白地に黒の水玉模様になっただけで失敗。
- ジャック（CV.なし）：Hi-ERo粒子注入ペンギン被験者五号。前尻尾が後ろに移動した。当然、実験は失敗。
- ヨーゼフ（CV.竹内良太）：帝国随一の前尻尾を持つ絶倫紳士。10話では頭部を失ってエヴォルト出来なくなった南極8号リッツカスタム2に転送され、自身の前尻尾をアンテナに見立ててペンギン線を集め、リッツカスタム2を超南極Humboldt改にエヴォルトさせた。
- ショーマ（天久将馬）（CV.花江夏樹）：元は人間なのだが、どういうわけか突然ペンギンコマンドになってしまった。それまでの真面目な性格から一転して他のコマンドたちと同様スケベな性格になってしまっており、リッツに誘われるがまま恋人の喜友名霧子のもとからアッサリ離れてしまった。アニメ版では上記のような補足がされており、12話でヘンリーに大量のHi-ERo粒子を注入されたことで人間に戻った。
- ケネス（CV.なし）
- ジョシュア（CV.なし）
