概要
サイバトロンのリーダーが代々受け継いできたクリスタル状のパーツ。歴代のリーダー達の魂（スパーク）が宿っており、「英知の結晶」と呼ばれている。
受け継ぐ素質のある者がいない時期は、セイバートロン星の長老であるアルファートリンが保管していた。
900万年前、彼がオライオン・パックスを初代コンボイへとリペアした際、その胸へと埋め込んだ。
ユニクロンは、このマトリクスから発せられる霊的な光「サイバトロンのエッセンス」を唯一の弱点としており、ガルバトロンに破壊を命じた。
因みにデストロンには、マトリクスに当たるパーツは存在しない。
なおアニメでは『ザ・ムービー』から登場した後付け設定である為、アニメ第1シリーズでは名前を含めて一切登場していない。
但し第1シリーズと並行して展開されていたアメコミ版では、トランスフォーマーに魂を与える事のできる「クリエーション・マトリクス」という物が登場しており、これがアニメ版マトリクスのアイディアの元になっている。
その後のシリーズでは
初代アニメシリーズのオフィシャルな続編である『ビーストウォーズメタルス』にも登場。初代コンボイのスパークが一体化していると説明された。
これを体内に一時収納したビーストコンボイを、パワードコンボイに変化させている。
国内版アニメシリーズでは、サイバトロンの各司令官が「太陽エネルギー・マトリクス」「エネルゴンマトリクス」「ウルトラマトリクス」といったパーツを「司令官の証」として所有しているが、これらは本来のアニメの作品世界には存在しないものである。
