カガリはオーブ議会のゴリ押しに負けオーブは中立国としての立場を失い、セイラン家の根回しとユウナ・ロマ・セイランの口八丁とトーン・ポリシングによりカガリは「実権も政治家としての資質も無いお飾りの姫」扱いされオーブ政権内で孤立し、カガリはユウナの口車に乗せられどんどん自信を失い「ユウナと政略結婚するしかない」とまで思い詰めるようになってしまった。

ちなみにユウナはカガリの婚約者ではあるが、その実態は彼女に自由な行動を一切許さず、カガリに対する人格否定を繰り返し髪型や喋り方まで矯正しようとするモラハラ男。

カガリを徹底的に孤立させ、自由な行動を許さずキラ達にも会わせずに正常な判断を奪って彼女を「お人形」の花嫁にするユウナの策略から救うため、カガリの侍女であるマーナはカガリの手紙をキラ達に届け、キラ達はカガリの置かれた異常な状況を察し、きょうだいであるキラさえ呼ばれていない異常な結婚式を潰しアークエンジェルでカガリを連れ去るのだった。

カガリがユウナの毒牙にかかるという最悪の事態は避けられたが、その代わりにオーブの実権は完全にセイラン家に乗っ取られてしまう。

もはや「国を追われた姫」となったカガリを護る騎士の役目として（また、ギルバート・デュランダルの野望を解明するため）、アークエンジェルは地球軍の傀儡となったオーブを止めるべく戦いに介入することになる。

アスランはキラ達の真意を問うが、現在のプラントに疑念を抱くキラはカガリを一人にした上に無断でザフトに復隊し、命令に従うままオーブを討とうとするアスランに激怒する事になり、明確にそれを指摘した上で彼の乗機であったセイバーを破壊する。

ここに至って、自分がカガリ達に対して大きな不義理を働いてしまっていた事を自覚したアスランは苦悩するが、エンジェルダウン作戦を機にデュランダルの本性と、自分が騙されていた事を悟ってザフトから2度目の離反を行い、ようやくカガリと手を取り合う。

そして、ザフトのオーブ侵攻によってセイラン家は滅亡し、代表としての実権を取り戻したカガリはアスランからもらった指輪を外した。

それはカガリが一人の女性としての幸せより、「オーブの国家元首」としての研鑽を積む決意であったが、メイリン・ホークの存在もあり、二人の関係は果たしてどうなってしまったのか…。

そして、現実世界で20年の時が過ぎた…。

SEED FREEDOM

カガリは前大戦同様に政治、アスランはターミナルでコンパスの裏方とそれぞれの戦いを続けており、一緒に過ごせる時間は前よりも少なくなっている。

だが、2人の心は確かに繋がっており、作品終盤にはそれが読み取れるシーンが散りばめられている。

また、同じくターミナルに所属しているメイリンは結局はアスランに対して恋愛感情を抱くこと無く、むしろ彼とカガリの関係の進展を最前列で応援する(と言うか楽しんでいる)立ち位置となり、また、カガリを姉の様に慕い、オーブ代表の後継者として教育を受けるトーヤ・マシマの存在もあって、二人に幸せな未来が待っている可能性が示唆されている。

さらに本作の入場者特典第1弾として配布された短編小説「二人の逃避行」では、2人の束の間の休息が描かれている。