1991年4月に開局したが、実は1990年10月に開局するはずだった。この開局の遅れ故に、1990年10月から1991年3月までは、福岡放送が長崎支局を設け、長崎県内の取材を行っていた。ちなみに1990年9月までは、フジテレビ系列局のはずのテレビ長崎が、日本テレビ向けにもニュースの送配信を行っていた。そのせいか、本局の株主にフジテレビ（フジメディアホールディングス）が名を連ねている。ちなみに、テレビ長崎は、日本テレビとの縁が切れた今でも、日本テレビの親会社である読売新聞が筆頭株主になっている。もっとも、元々は佐賀県の民放第2局用に割り当てられていた周波数を長崎県に割り当ててもらった上での設立･開局ではあった。
歴史上有名な出島の跡地に本社を構えるが、スタジオが狭すぎるからか、今や地方テレビ局では当たり前となっている平日夕方のローカルバラエティ番組を制作･放送していない。また、本社ビルには、読売新聞の長崎支局も置かれている。
「デジタル所さん」、「NANA」、「HUNTER×HUNTER」のほかにも、日本テレビ制作の深夜アニメをかなり放送しており（例:「エアマスター」、テレビアニメ版「ごくせん」）、最近では「ばらかもん」を放送している。ただ放送日時は金曜34時－34時30分･･････。もう少しマシな時間に放送出来なかったのか?「ハヤテのごとく!」第1期やどこぞのTBS系列局における「たまごっち」じゃないんだから･････････。ただし、本来の曜日・時間に換算すれば、土曜10時－10時30分なので、深夜アニメを深夜以外の放送日時に放送･･････どこぞのテレビ朝日系列（および日本テレビ系列）における「花田少年史」やどこぞのフジテレビ系列における「のだめカンタービレ」かよ･･････。また、何を血迷ったか、2002年1月から3月にかけて、WOWOWアニメ「あぃまぃみぃ!ストロベリー・エッグ」の放送をやらかしたことがある。
