概要
旗艦とは、指揮官（と司令部）が乗船した軍艦のことで、艦隊の指揮を執る。指揮官を表す旗を掲げたことからその名がある。
英語でもそのままflagshipと言う。
艦隊に必ず存在するというものではなく、陸上に司令部を置き海上には旗艦と言うものがない艦隊も存在する（第二次世界大戦末期の連合艦隊や、大戦期～現在のアメリカ太平洋艦隊など）。
「艦隊これくしょん」における旗艦
艦隊の1番目に配置した艦娘。
第1～第4艦隊のそれぞれに旗艦が存在する。
特に第1艦隊の旗艦は秘書艦と呼ばれ、鎮守府におけるメイン画面で提督につつかれたり時報を告げたり工廠での開発に関与したりする。
旗艦となった艦娘は、戦闘や演習では、取得経験値にボーナスが付く。初期艦である駆逐艦娘をそのまま可愛がり、旗艦に就けている提督も多いようだが、夜戦以外ではダメージがいまいち低い（＝MVPを取りにくい）駆逐艦娘を育てるのにはいい手段なのかもしれない。
遠征でも、ほとんどの任務において、旗艦のレベルが成功条件を満たすことが必要。
旗艦はシステム上絶対に轟沈せず、また戦闘中他の僚艦にかばわれ攻撃対象をはずれることがあるためダメージを受けにくい。特に大事な艦娘をうっかり轟沈させないよう万一のため旗艦に置いておく手もある。
かつてはこの仕様を利用し、艦娘が大破しても入渠させずに旗艦にして単艦出撃を繰り返すことによる資源稼ぎやレベリングが流行していたが、現在は旗艦が大破すると強制的に艦隊が母港に帰投するように変更されたため不可能となっている。
ただしイベント限定の連合艦隊システムにおける第2艦隊旗艦の場合のみ、現在も大破状態でも進撃可能。
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