旗艦とは、指揮官（と司令部）が乗船した軍艦のことで、艦隊の指揮を執る。指揮官を表す旗を掲げたことからその名がある。
英語でもそのままflagshipと言う。
基本的には所属艦隊のうち無線通信設備の充実や司令官の安全の為に最新鋭・攻防に優れた大型軍艦がその任にあたる事が多い。また同型艦でも後から建造された艦の方が先行して建造中の姉妹艦の問題点など明らかになり改める機会もある為に旗艦になりやすい事もある。
もっとも戦艦を擁しながらも巡洋艦を旗艦にしたり、愛着があるのかかって艦長をした軍艦を旗艦にする司令官もいる。レイテ沖海戦では戦艦大和・武蔵を擁する第二艦隊を中核とした第一遊撃部隊の旗艦は重巡洋艦愛宕であったが、これは第二艦隊の旗艦は重巡洋艦と規定されており、司令部の武蔵を旗艦にしたい要請を連合艦隊司令部は受け入れなかった為であった。
またドイツ帝国海軍の戦艦フリードリッヒ・デア・グロ―ゼのように高海艦隊旗艦用に建造されたものもある。
一国の全艦隊を指揮する艦隊司令長官の司令部は第二次世界大戦でのアメリカ太平洋艦隊や末期の連合艦隊、ドイツ艦隊司令長官司令部などのように戦域が広大となった事から海上の一軍艦から艦艇全ての指揮を執る事は困難となり、陸上に司令部を置き、指揮をするようになったが、現場では艦隊ごとの司令官の旗艦が存在する事に変わりは無かった。しかし、通信設備などが発達した現在ではアメリカ海軍や海上自衛隊などのように地上の司令部から指揮をする為に旗艦がない艦隊も存在する。
「艦隊これくしょん」における旗艦
艦隊の1番目に配置した艦娘。
第1～第4艦隊のそれぞれに旗艦が存在する。
特に第1艦隊の旗艦は秘書艦と呼ばれ、鎮守府におけるメイン画面で提督につつかれたり時報を告げたり工廠での開発に関与したりする。
旗艦となった艦娘は、戦闘や演習では、取得経験値にボーナスが付く。初期艦である駆逐艦娘をそのまま可愛がり、旗艦に就けている提督も多いようだが、夜戦以外ではダメージがいまいち低い（＝MVPを取りにくい）駆逐艦娘を育てるのにはいい手段なのかもしれない。
遠征でも、ほとんどの任務において、旗艦のレベルが成功条件を満たすことが必要。
旗艦はシステム上絶対に轟沈せず、また戦闘中他の僚艦にかばわれ攻撃対象をはずれることがあるためダメージを受けにくい。特に大事な艦娘をうっかり轟沈させないよう万一のため旗艦に置いておく手もある。
かつてはこの仕様を利用し、艦娘が大破しても入渠させずに旗艦にして単艦出撃を繰り返すことによる資源稼ぎやレベリングが流行していたが、現在は旗艦が大破すると強制的に艦隊が母港に帰投するように変更されたため不可能となっている。
ただしイベント限定の連合艦隊システムにおける第2艦隊旗艦の場合のみ、現在も大破状態でも進撃可能。
