※以下、『コードギアス双貌のオズO2』本編の重要なネタバレを含みます！閲覧注意！
概要
第99代ブリタニア皇帝に即位したルルーシュ・ヴィ・ブリタニアは反対する者達を徹底的に弾圧した。皇族及びそれに近い貴族達は皆、新皇帝を盲目的に支持している。
その中で、ナンバーズの解放によってスペインの名を取り戻したエリア24の総督であったマリーベル・メル・ブリタニアは共犯者のある男と共にある計画を練っていた。そのためにマリーベルはエリア24の戦力提供を申し出、ルルーシュはあるナイトギガフォートレスを提供する。ルルーシュはマリーベルに自分達の似ている道は似ていると称するが、マリーベルはそれをはぐらかす。
その後、帝都ペンドラゴンの消滅と日本での決戦により世界はルルーシュ皇帝の手に落ちる。そして、マリーベルは天空要塞ダモクレスの防衛の総責任者となり、エリア24に留まっていた。正に彼女は魔王に荷担する悪辣な魔女となっていた。
ダモクレスの決戦から二ヶ月が経とうという頃、ナナリーを始めとした反乱分子の処刑を直轄領の日本で行う事を掴んだコーネリア率いる反対派は旧知のノネット・エニアグラムを通じてオルドリン・ジヴォン率いるグリンダ騎士団とピースマークのオズにフレイヤを搭載したダモクレスの攻撃を要請、ダモクレスのマリーベルを牽制しつつ、ナナリー救出とルルーシュ暗殺を行う計画である。
スペイン上空で繰り広げられた決戦は苛烈を極め、マリーベルは自らルルーシュから提供されたエルファバで出撃、オルドリン達を蹂躙し…これまで溜まっていた悪意を八つ当たりのようにまき散らす。
同じ頃、恋人のエウリアの仇にして自身の叔父であるオイアグロ・ジヴォンとの死闘を通じてオルフェウスはマリーベルの真意に気付く。
二人のオズが戦っている間にノネット率いる突入部隊がダモクレスに突撃してフレイヤの無力化を図る。しかし、内部にはフレイヤが一発も存在しない。そんなことを知りもしないオルドリンはダモクレスの鍵を取り出したマリーベルを斬ろうとする。だが、間に入ったオルフェウスはギアスで自身をオルドリンに偽装、マリーベルと共にエルファバから落下する。
マリーベルはこれまで、父のギアスで与えられた偽りの記憶によって踊らされていたとはいえ、テロの根絶というさも崇高な理念を掲げながらも、只自分自身の怨念晴らしをしていた。そのためにオルドリンとオルフェウスを復讐の道具にしていた。
自分の悪戯心が招いた悲劇で母と妹を死なせてしまった上に、親友と恋人を復讐の道具にして殺戮を繰り返していたマリーベルは最後まで殺戮の魔女である覚悟を決める。そのために、悪逆皇帝である義兄に荷担し、彼と同じく自らを恐怖の象徴としてそれをオルドリンに討たせることで今後の世界の争いの芽を見張る番人にしようとしていた。
皇族として守るべき市民も、部下の命も全く省みない災厄の魔女は最後の最後で己の罪を償うべく、良い魔女として親友に願った。本当の意味でテロの根絶をしてほしいと………
兄と親友の死を見たオルドリンは慟哭するが、二人の遺体は発見されなかった。その後、一連の戦いが報道されたことでグリンダ騎士団は超合集国と黒の騎士団の間に立ち、紛争地へと赴く役割を担う事となる。当初の計画とは若干のイレギュラーがあったとはいえ、計画そのものは成功。
悪意の象徴たる魔王と恐怖を象徴する魔女が消えたことで、世界は平和の道を歩み始める。それを守るのは悪逆皇帝を討った仮面の英雄と英雄皇女を討った紅の騎士である。
しかし、紅の騎士の母が眠る墓にはもう一人の筆頭騎士の仮面がナイフを刺された状態で供えられていた。
