過激派連合赤軍最高指導者の森恒夫、永田洋子両名がメンバーに難癖をつけ、「総括」と称するリンチを加えメンバー12名を殺害、山中に埋めた。
元々は過去を振り返る「反省」の意味合いが強く、暴力は用いなかったが、だんだんエスカレートし正座をさせ食事を与えないなど陰湿なものになっていき、「総括に集中させる」という名目で殴る蹴るの暴力を伴うものになっていった。
度重なる暴力に加え、寒い中放置されたり変な格好で縛ったり、、森から「死刑」宣告されアイスピックで滅多刺しにされるなど様々な手段で次々殺害されていった。
その粛清理由は、当初は作業のミスや装備の不備を非難したものだったが次第に
「レイプしようとは何事だ、総括!」
「撃退できないとは何事だ、総括!」
「髪をセットするとは、革命戦士としての自覚はあるのか? 総括!」
「凍傷を避けるために靴下を乾かそうとしたな? 総括」
「飯に執着するとは何事だ、総括!」
……など、クメール・ルージュ真っ青の難癖レベルにまで悪化していった。
これには首謀者の1人永田洋子の健康状態も影響していた。永田はバセドウ病という甲状腺機能に異常をきたす難病に悩まされており、普段であれば投薬による症状がおさえられたものの逃亡生活のために薬を得ることができず、バセドウ病の症状である躁状態を悪化させ、猜疑心と嫉妬を余計に募らせることになっていった。
こんな中でも、厳寒の山奥で生き延びるためにメンバーは最低限の現実は見えていたようで手先が器用で大工仕事ができ、登山経験もあるメンバーを生かすなどしていた。
あさま山荘事件のメンバーの自供で事件が発覚し、成田闘争東峰十字路事件以降国民の間に芽生えた新左翼過激派に対する嫌悪感を決定的なものにした。